第二条
この政令の施行により新たに船員法第一条第一項の船舶に含まれることとなる漁船（以下「新適用船」という。）については、同法第十八条第一項の規定にかかわらず、この政令の施行後一月を経過する日（この政令の施行の際現に航海中である新適用船にあつては、当該航海の終了後一月を経過する日）までは、同項の書類を備え置かなくてもよい。
2この政令の施行の際現に労働基準法（昭和二十二年法律第四十九号）第十八条第二項の規定により新船員（この政令の施行の際現に新適用船に乗り組む船長及び海員並びに新適用船に乗り組むため雇用されている予備船員をいう。以下同じ。）の委託を受けてその貯蓄金を管理している船舶所有者がこの政令の施行後においても引き続き新船員の委託を受けてその貯蓄金を管理しようとする場合においては、同項の規定による届出をした協定（労働基準法の一部を改正する法律（昭和二十七年法律第二百八十七号）附則第二項の規定により届出があつたものとみなされるものを含む。）は、船員法第三十四条第二項の規定による届出をした協定とみなす。
3この政令の施行前に生じた新船員に対する賃金の支払の債務については、この政令の施行後においても、なお労働基準法第十七条の規定を適用する。この場合においては、船員法第三十五条の規定は、適用しない。
4船員法第三十六条及び第三十七条の規定の適用については、この政令の施行の際現に存する新船員の雇入契約は、この政令の施行の際成立したものとみなす。
5この政令の施行前に新船員の労働契約について解除の意思表示がされた場合におけるこの政令の施行後の当該労働契約の終了並びにこれに係る旅費の負担、使用証明書の交付及び金品の返還については、この政令の施行後においても、なお労働基準法第十五条第三項、第十九条から第二十三条まで及び第六十八条の規定を適用する。この場合においては、船員法第三十九条から第四十九条まで及び第五十四条の規定は、適用しない。
6新船員は、船員法第五十条第一項の規定にかかわらず、この政令の施行後一月を経過する日（この政令の施行の際現に航海中である新適用船に乗り組んでいる新船員にあつては、当該航海の終了後一月を経過する日）までは、船員手帳を受有しなくてもよい。
7この政令の施行前に労働基準法第三十九条第一項又は第二項の規定により新船員に対して付与すべきこととなつた有給休暇については、この政令の施行後においても、なお同条の規定を適用する。
8この政令の施行の日の前日までに六月以上継続勤務した新船員が引き続きこの政令の施行後六月間において継続勤務した場合において、継続勤務した期間が一年以上となるときは、当該一年以上の継続した勤務に関しては、この政令の施行後においても、なお労働基準法第三十九条の規定を適用する。
9この政令の施行の際現に航海中である新適用船で船員法第八十条第二項の命令の定めるものについては、当該航海が終了するまでは、同項の規定は、適用しない。
10この政令の施行の際現に航海中である新適用船については、当該航海が終了するまでは、船員法第八十一条第一項及び第百十三条の規定は、適用しない。
11新適用船については、船員法第八十三条第一項の規定にかかわらず、この政令の施行後一月を経過する日（この政令の施行の際現に航海中である新適用船にあつては、当該航海の終了後一月を経過する日）までは、健康証明書を持たない者を乗り組ませてもよい。
12新船員のこの政令の施行前（船員法第一条第一項の船員であつた期間を除く。以下次項及び附則第四条において同じ。）に生じた業務上の負傷若しくは疾病又はこれらによる身体に存する障害若しくは死亡に係る災害補償については、この政令の施行後においても、なお労働基準法第八章の規定を適用する。この場合においては、船員法第十章（第八十九条第二項及び第九十二条の二を除く。）及び第百十五条（災害補償に係る部分に限る。）の規定は、適用しない。
13新船員のこの政令の施行前に生じた職務外の負傷若しくは疾病又は職務上の行方不明については、船員法第八十九条第二項及び第九十二条の二の規定は、適用しない。
14この政令の施行により新たに船員法第九十七条第一項又は第二項の規定により就業規則を届け出るべきこととなつた船舶所有者は、この政令の施行後一月を経過する日までに届け出ればよい。
15第三項、第五項、第七項、第八項又は第十二項の規定によりこの政令の施行後においてもなお適用することとされる労働基準法の規定の施行については、この政令の施行後においても、なお同法第百一条、第百二条、第百四条及び第百五条の規定を適用する。この場合においては、船員法第百一条、第百六条から第百九条まで及び第百十二条の規定は、適用しない。
16第五項、第七項又は第八項の規定によりこの政令の施行後においてもなお適用することとされる労働基準法第二十条又は第三十九条第四項の規定に違反した使用者の附加金の支払については、この政令の施行後においても、なお同法第百十四条の規定を適用する。
17第五項、第七項、第八項又は第十二項の規定によりこの政令の施行後においてもなお適用することとされる労働基準法の規定による賃金、災害補償その他の請求権の時効については、この政令の施行後においても、なお同法第百十五条の規定を適用する。この場合においては、船員法第百十七条の規定は、適用しない。
18第三項、第五項、第七項、第八項、第十二項又は第十五項の規定によりこの政令の施行後においてもなお適用することとされる労働基準法の規定に違反する行為については、この政令の施行後においても、なお同法第百十九条から第百二十一条までの規定を適用する。