第三十九条
法第六十四条第一項の規定により補償金、対価又は清算金の額から控除する同項に規定する政令で定める金額は、同項に規定する収用等（以下この条において「収用等」という。）により譲渡（消滅及び価値の減少を含む。以下第三十九条の三までにおいて同じ。）をした資産（以下この条において「譲渡資産」という。）の譲渡に要した経費の金額の合計額が、当該収用等に際し譲渡に要する経費に充てるべきものとして交付を受けた金額の合計額を超える場合におけるその超える金額のうち、当該譲渡資産に係るものとして財務省令で定めるところにより計算した金額とする。
2法第六十四条第一項に規定する代替資産（以下この条及び次条第九項において「代替資産」という。）は、法第六十四条第一項各号の場合の区分に応じ次に掲げる資産とする。
- 一法第六十四条第一項第一号、第二号、第三号の二又は第三号の三の場合にあつては、譲渡資産が土地又は土地の上に存する権利、建物（その附属設備を含む。）又は建物に附属する財務省令で定める構築物、当該構築物以外の構築物、その他の資産の区分のいずれに属するかに応じそれぞれこれらの区分に属する資産（譲渡資産がその他の資産の区分に属するものである場合には、当該資産と種類及び用途を同じくする資産）
- 二法第六十四条第一項第三号又は第三号の四から第四号までの場合にあつては、譲渡資産が当該各号に規定する資産の区分のいずれに属するかに応じそれぞれ当該各号に規定する資産
- 三法第六十四条第一項第五号から第七号までの場合にあつては、当該譲渡資産と同種の権利（当該譲渡資産が内水面に係る漁業権である場合には、当該漁業権を有していた漁業協同組合又は漁業協同組合連合会がその行う水産動植物の増殖に関する事業に関し設置する基金の運用資産として取得する有価証券を含む。）
- 四法第六十四条第一項第八号の場合にあつては、譲渡資産が第一号又は前号に規定する譲渡資産の区分のいずれに属するかに応じそれぞれこれらの区分に属する資産
3譲渡資産が前項第一号に規定する区分（その他の資産の区分を除く。）の異なる二以上の資産で一の効用を有する一組の資産となつているものである場合には、同号の規定にかかわらず、財務省令で定めるところにより、その効用と同じ効用を有する他の資産をもつて当該譲渡資産の全てに係る代替資産とすることができる。
4譲渡資産の譲渡をした法人が、その事業の用に供するため、当該譲渡資産に係る前二項の代替資産に該当する資産以外の資産（当該事業の用に供する減価償却資産、土地及び土地の上に存する権利に限る。）の取得（製作及び建設を含む。以下この条において同じ。）をする場合には、前二項の規定にかかわらず、当該資産をもつて当該譲渡資産の代替資産とすることができる。
5法第六十四条第一項に規定する取得に係る部分の金額として政令で定める金額は、同項に規定する補償金、対価又は清算金の額のうち次に掲げる金額の合計額とする。
- 一既に代替資産の取得に充てられた額
- 二法第六十四条第一項の既に取得をした代替資産が同条第三項（同条第十項において準用する場合を含む。）の規定により代替資産とみなされた資産であり、かつ、当該代替資産につき同条第一項又は第九項の規定の適用を受ける場合における当該代替資産の取得価額のうちその適用に係る部分の金額
6法第六十四条第一項第一号、第二号及び第五号に規定する政令で定める場合は、都市再開発法による第二種市街地再開発事業（その施行者が同法第五十条の二第三項に規定する再開発会社（以下この条において「再開発会社」という。）であるものに限る。）の施行に伴い、当該再開発会社の株主又は社員である者が、資産又は資産に関して有する所有権以外の権利が収用され、買い取られ、又は消滅し、補償金又は対価を取得する場合とする。
7法第六十四条第一項第三号に規定する政令で定める場合は、土地区画整理法による土地区画整理事業（その施行者が同法第五十一条の九第五項に規定する区画整理会社（以下この項及び第十九項第二号において「区画整理会社」という。）であるものに限る。）の施行に伴い、当該区画整理会社の株主又は社員である者が、その有する土地等（法第六十四条第一項第三号に規定する土地等をいう。以下この項、第十七項及び第十九項において同じ。）につき当該土地等に係る換地処分により土地区画整理法第九十四条の規定による清算金（同法第九十五条第六項の規定により換地を定められなかつたことにより取得するものに限る。）を取得する場合とする。
8法第六十四条第一項第三号の二に規定するやむを得ない事情により都市再開発法第七十一条第一項又は第三項の申出をしたと認められる場合として政令で定める場合は、同号の第一種市街地再開発事業の施行者が、次に掲げる場合のいずれか（同条第一項又は第三項の申出をした者が同法第七十条の二第一項の申出をすることができる場合には、第一号に掲げる場合に限る。）に該当することを、同法第七条の十九第一項、第四十三条第一項若しくは第五十条の十四第一項の審査委員の過半数の同意を得て、又は同法第五十七条第一項若しくは第五十九条第一項の市街地再開発審査会の議決を経て、認めた場合とする。この場合において、当該市街地再開発審査会の議決については、同法第七十九条第二項後段の規定を準用する。
- 一
- 二申出人が当該権利変換に係る都市再開発法第二条第三号に規定する施行地区内において同条第六号に規定する施設建築物（以下この項において「施設建築物」という。）の保安上危険であり、又は衛生上有害である事業を営んでいる場合
- 三申出人が前号の施行地区内において施設建築物に居住する者の生活又は施設建築物内における事業に対し著しい支障を与える事業を営んでいる場合
- 四前三号に掲げる場合のほか、施設建築物の構造、配置設計、用途構成、環境又は利用状況につき申出人が従前の事業を継続することを困難又は不適当とする事情がある場合
9法第六十四条第一項第三号の二に規定する補償金を取得するときから除かれる同号に規定する政令で定める場合及び同項第六号に規定する政令で定める場合は、資産につき都市再開発法による第一種市街地再開発事業（その施行者が再開発会社であるものに限る。）が施行された場合において、当該再開発会社の株主又は社員である者が、当該資産に係る権利変換により、又は当該資産に関して有する権利で権利変換により新たな権利に変換をすることのないものが消滅したことにより、同法第九十一条の規定による補償金を取得するときとする。
10法第六十四条第一項第三号の三に規定する政令で定める規定は、密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律施行令第四十三条の規定により読み替えられた密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第二百十二条第三項の規定とする。
11法第六十四条第一項第三号の三に規定するやむを得ない事情により密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第二百三条第一項又は第三項の申出をしたと認められる場合として政令で定める場合は、同号の防災街区整備事業の施行者が、次に掲げる場合のいずれか（同条第一項又は第三項の申出をした者が同法第二百二条第一項の申出をすることができる場合には、第一号に掲げる場合に限る。）に該当することを、同法第百三十一条第一項、第百六十一条第一項若しくは第百七十七条第一項の審査委員の過半数の同意を得て、又は同法第百八十七条第一項若しくは第百九十条第一項の防災街区整備審査会の議決を経て、認めた場合とする。この場合において、当該防災街区整備審査会の議決については、同法第二百十二条第二項後段の規定を準用する。
- 一
- 二申出人が当該権利変換に係る密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第百十七条第二号に規定する施行地区内において同条第五号に規定する防災施設建築物（以下この項において「防災施設建築物」という。）の保安上危険であり、又は衛生上有害である事業を営んでいる場合
- 三申出人が前号の施行地区内において防災施設建築物に居住する者の生活又は防災施設建築物内における事業に対し著しい支障を与える事業を営んでいる場合
- 四前三号に掲げる場合のほか、防災施設建築物の構造、配置設計、用途構成、環境又は利用状況につき申出人が従前の事業を継続することを困難又は不適当とする事情がある場合
12法第六十四条第一項第三号の三に規定する補償金を取得するときから除かれる同号に規定する政令で定める場合及び同項第六号の二に規定する政令で定める場合は、資産につき密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律による防災街区整備事業（その施行者が同法第百六十五条第三項に規定する事業会社であるものに限る。）が施行された場合において、当該事業会社の株主又は社員である者が、当該資産に係る権利変換により、又は当該資産に関して有する権利で権利変換により新たな権利に変換をすることのないものが消滅したことにより、同法第二百二十六条の規定による補償金を取得するときとする。
13法第六十四条第一項第七号に規定する地方公共団体の設立に係る団体で政令で定めるものは、その出資金額又は拠出された金額の全額が地方公共団体により出資又は拠出をされている法人とする。
14法第六十四条第一項第八号に規定する政令で定める法令の規定は、漁港及び漁場の整備等に関する法律第五十九条第二項（第二号に係る部分に限る。）、港湾法第四十一条第一項、鉱業法第五十三条（同法第八十七条において準用する場合を含む。）、海岸法第二十二条第一項、水道法第四十二条第一項又は電気通信事業法第百四十一条第五項とする。
15法第六十四条第二項に規定する同項第二号の土地の上にある資産のうちその補償金に対応するものとして政令で定める部分は、当該資産のうち、当該資産に係る同号に規定する補償金の額が当該資産の価額のうちに占める割合に相当する部分とする。
16法第六十四条第二項第一号に規定する土地等の価値が著しく減少する場合として政令で定める場合は、法人税法施行令第百三十八条第一項の規定に該当する場合とする。
17法第六十四条第二項第一号に規定する土地等の価値が著しく減少する場合から除かれる同号に規定する政令で定める場合は、都市再開発法による第二種市街地再開発事業（その施行者が再開発会社であるものに限る。）の施行に伴い、土地等が使用され、補償金を取得する場合（土地等について使用の申出を拒むときは都市計画法第六十九条の規定により適用される土地収用法の規定に基づいて使用されることとなる場合において、当該土地等が契約により使用され、対価を取得するときを含む。）において、当該再開発会社の株主又は社員の有する土地等が使用され、補償金又は対価を取得するときとする。
18法第六十四条第二項第二号に規定する資産の対価又は資産の損失に対する補償金で政令で定めるものは、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める対価又は補償金とする。
- 一法第六十四条第二項第二号に規定する土地の上にある資産について同号に規定する土地収用法等の規定に基づき収用の請求をしたときは収用されることとなる場合において、当該資産が買い取られ、対価を取得するとき当該資産の対価
- 二法第六十四条第二項第二号に規定する土地の上にある資産について同号の取壊し又は除去をしなければならなくなつた場合において、当該資産の損失に対する補償金を取得するとき当該資産の損失につき土地収用法第八十八条（所有者不明土地の利用の円滑化等に関する特別措置法第三十五条第一項において準用する場合を含む。）、河川法第二十二条第三項、水防法第二十八条第三項、土地改良法第百十九条、道路法第六十九条第一項、土地区画整理法第七十八条第一項（大都市地域における住宅及び住宅地の供給の促進に関する特別措置法第七十一条及び新都市基盤整備法第二十九条において準用する場合を含む。）、都市再開発法第九十七条第一項、密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律第二百三十二条第一項、建築基準法第十一条第一項、港湾法第四十一条第三項又は大深度地下の公共的使用に関する特別措置法第三十二条第一項の規定により受けた補償金その他これに相当する補償金
19法第六十四条第二項第二号に規定する政令で定める場合は、次に掲げる場合とする。
- 一都市再開発法による市街地再開発事業（その施行者が再開発会社であるものに限る。）の施行に伴い、土地等が収用され、又は買い取られることとなつたことにより、その土地の上にある当該再開発会社の株主又は社員（同法第七十三条第一項第二号若しくは第七号又は第百十八条の七第一項第二号に規定する者を除く。）の有する資産につき、収用をし、又は取壊し若しくは除去をしなければならなくなつた場合において、当該資産の対価又は当該資産の損失につき補償金を取得するとき。
- 二土地区画整理法による土地区画整理事業（その施行者が区画整理会社であるものに限る。）の施行に伴い、土地等が買い取られることとなつたことにより、その土地の上にある当該区画整理会社の株主又は社員（換地処分により土地等又は同法第九十三条第四項若しくは第五項に規定する建築物の一部及びその建築物の存する土地の共有持分を取得する者を除く。）の有する資産につき、取壊し又は除去をしなければならなくなつた場合において、当該資産の損失につき補償金を取得するとき。
- 三密集市街地における防災街区の整備の促進に関する法律による防災街区整備事業（その施行者が同法第百六十五条第三項に規定する事業会社であるものに限る。）の施行に伴い、土地等が買い取られることとなつたことにより、その土地の上にある当該事業会社の株主又は社員（同法第二百五条第一項第二号又は第七号に規定する者を除く。）の有する資産につき、取壊し又は除去をしなければならなくなつた場合において、当該資産の損失につき補償金を取得するとき。
20法第六十四条第三項に規定する政令で定めるやむを得ない事情は、工場、事務所その他の建物、構築物又は機械及び装置（以下この項及び第二十三項第三号において「工場等」という。）の敷地の用に供するための宅地の造成並びに当該工場等の建設及び移転に要する期間が通常一年を超えると認められる事情その他これに準ずる事情とし、同条第三項に規定する政令で定める期間は、三年とする。
21法第六十四条第三項に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、同項の代替資産となるべき資産に係る同項に規定する乗じて計算した金額に、第一号に掲げる金額のうちに第二号に掲げる金額の占める割合を乗じて計算した金額に相当する金額とする。
- 一当該資産の当該事業年度開始の日の前日における取得価額
- 二当該資産の前号に規定する開始の日の前日における帳簿価額
22代替資産が法第六十四条第三項（同条第十項において準用する場合を含む。）の規定により代替資産とみなされた資産であり、かつ、当該代替資産が減価償却資産である場合における同条第八項（同条第十項において準用する場合を含む。）に規定する当該代替資産の取得価額に算入しない金額は、同条第一項又は第九項の規定により損金の額に算入された金額に、前項第二号に掲げる金額に対する同項第一号に掲げる金額の割合を乗じて計算した金額に相当する金額とする。
23法第六十四条の二第一項に規定する政令で定める場合及び同条第二項に規定する政令で定めるときは、次の各号に掲げる場合とし、同条第一項に規定する政令で定める日及び同条第二項に規定する政令で定める日は、当該各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める日とする。
- 一収用等に係る事業の全部又は一部が完了しないため、当該収用等のあつた日以後二年を経過する日までにイ又はロに掲げる資産を代替資産として取得をすることが困難であり、かつ、当該事業の全部又は一部の完了後において当該資産の取得をすることが確実であると認められる場合それぞれイ又はロに定める日
- イ当該収用等に係る事業の施行された地区内にある土地又は当該土地の上に存する権利（当該事業の施行者の指導又はあつせんにより取得するものに限る。）当該収用等があつた日から四年を経過する日（同日前に当該土地又は土地の上に存する権利の取得をすることができると認められる場合には、当該取得をすることができると認められる日とし、当該収用等に係る事業の全部又は一部が完了しないことにより当該四年を経過する日までに当該取得をすることが困難であると認められる場合において財務省令で定めるところにより納税地の所轄税務署長の承認を受けたときは、同日から四年を経過する日までの期間内の日で当該取得をすることができる日として当該税務署長が認定した日とする。）から六月を経過する日
- ロ当該収用等に係る事業の施行された地区内にある土地又は当該土地の上に存する権利を有する場合に当該土地又は当該権利の目的物である土地の上に建設する建物又は構築物当該収用等があつた日から四年を経過する日（同日前に当該土地又は当該権利の目的物である土地を当該建物又は構築物の敷地の用に供することができると認められる場合には、当該敷地の用に供することができると認められる日とし、当該収用等に係る事業の全部又は一部が完了しないことにより当該四年を経過する日までに当該敷地の用に供することが困難であると認められる場合において財務省令で定めるところにより納税地の所轄税務署長の承認を受けたときは、同日から四年を経過する日までの期間内の日で当該敷地の用に供することができる日として当該税務署長が認定した日とする。）から六月を経過する日
- イ
- 二収用等に係る譲渡資産が内水面に係る漁業権であり、かつ、当該漁業権を有していた漁業協同組合又は漁業協同組合連合会が代替資産として水産動植物の増殖に関する事業を実施するために必要な土地若しくは土地の上に存する権利又は減価償却資産（以下この項及び次項において「増殖施設」という。）の取得をする場合において、収用等に係る事業又は生態影響調査（当該事業の全部又は一部の完了後において行われる内水面に係る河川、湖沼等の水質、流量等の変化の水産動植物の生態に与える影響に関する調査をいう。以下この項及び次項において同じ。）の全部又は一部が完了しないため、当該収用等のあつた日以後二年を経過する日までに当該増殖施設の取得をすることが困難であり、かつ、当該収用等に係る事業又は生態影響調査の全部又は一部の完了後において当該増殖施設の取得をすることが確実であると認められるとき当該収用等があつた日から四年を経過する日（同日前に当該増殖施設の取得をすることができると認められる場合には、当該取得をすることができると認められる日とし、当該収用等に係る事業又は当該生態影響調査の全部又は一部が完了しないことにより当該四年を経過する日までに当該取得をすることが困難であると認められる場合において財務省令で定めるところにより納税地の所轄税務署長の承認を受けたときは、当該取得をすることができる日として当該税務署長が認定した日（当該四年を経過する日から同日以後八年を経過する日までの期間内の日に限る。）とする。）から六月を経過する日
- 三収用等のあつたことに伴い、工場等の建設又は移転を要することとなつた場合において、当該工場等の敷地の用に供するための宅地の造成並びに当該工場等の建設及び移転に要する期間が通常二年を超えるため、当該収用等のあつた日以後二年を経過する日までに当該工場等又は当該工場等の敷地の用に供する土地その他の当該工場等に係る資産を代替資産として取得をすることが困難であり、かつ、当該収用等のあつた日から三年を経過する日までに当該資産の取得をすることが確実であると認められるとき当該資産の取得をすることができることとなると認められる日
24前項第二号に掲げる場合において、同号に規定する税務署長が認定した日が当該収用等があつた日から八年を経過する日を含む事業年度終了の日後であり、かつ、同日までに同号の承認に係る増殖施設の取得をしていないときは、当該承認を受けた漁業協同組合又は漁業協同組合連合会は、同日を含む事業年度の法人税法第二条第三十一号に規定する確定申告書に当該収用等に係る事業の施行の状況、当該生態影響調査の実施の状況、当該増殖施設の取得をすることができると見込まれる日その他参考となるべき事項を記載した書面を添付しなければならない。
25法第六十四条の二第一項に規定する政令で定めるときは、同項に規定する収用等のあつた日を含む事業年度終了の日後に同項の法人が被合併法人、分割法人又は現物出資法人となる適格合併、適格分割又は適格現物出資を行う場合において、当該適格合併、適格分割又は適格現物出資に係る合併法人、分割承継法人又は被現物出資法人が同項に規定する指定期間内に同項に規定する補償金、対価又は清算金の額の一部に相当する金額をもつて代替資産の取得をする見込みであるときとする。
26法第六十四条の二第七項に規定する政令で定める場合は、次の各号に掲げる場合とし、同項に規定する政令で定める期間は、当該各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める期間とする。
- 一法第六十四条の二第七項に規定する特別勘定の金額が同条第四項の規定により引継ぎを受けた同項各号に定める特別勘定の金額である場合当該引継ぎを受けた日から同条第一項に規定する指定期間の末日までの期間
- 二法第六十四条の二第七項に規定する特別勘定の金額が同条第四項の規定により引継ぎを受けた同項第二号に定める期中特別勘定の金額である場合同条第二項に規定する期間
27法人が法第六十四条の二第一項の特別勘定を設けている場合において、第二十三項各号に掲げる場合に該当するときは、当該法人については、同条第七項又は第八項に規定する代替資産は、当該各号に規定する代替資産に該当する資産とする。
28法第六十四条の二第十項に規定する政令で定める金額は、千万円とする。
29法第六十四条の二第十一項に規定する政令で定める金額は、千万円とする。
30法第六十四条の二第十一項に規定する法人が同項に規定する通算開始直前事業年度又は通算加入直前事業年度終了の時に同項に規定する特別勘定の金額（以下この項において「特別勘定残額」という。）を有する場合において、当該特別勘定残額が次の各号に掲げる法人の区分に応じ当該各号に定める特別勘定の金額に該当するときは、当該特別勘定残額については、同条第十一項の規定は、適用しない。
- 一法人税法第六十四条の十一第一項に規定する内国法人（同項に規定する親法人を除く。）法人税法施行令第百三十一条の十三第二項第三号ロに掲げる特別勘定の金額
- 二法人税法第六十四条の十二第一項に規定する他の内国法人法人税法施行令第百三十一条の十三第三項第三号ロに掲げる特別勘定の金額
31法第六十四条の二第十七項に規定する政令で定める日は、同条第七項に規定する指定期間の末日の翌日から起算して二年以内の日で代替資産の取得をすることができるものとして同条第十七項の所轄税務署長が認定した日とする。
32法第六十四条第一項若しくは第九項又は第六十四条の二第一項若しくは第二項の規定を適用する場合において、これらの規定に規定する補償金、対価又は清算金の額のうち既に同条第一項の特別勘定の金額及び同条第二項に規定する期中特別勘定の金額の計算の基礎とした同条第一項及び第二項に規定する取得に充てようとするものの額があるときは、法第六十四条第一項に規定する代替資産の取得価額又は法第六十四条の二第一項の特別勘定の金額若しくは同条第二項に規定する期中特別勘定の金額を計算する場合におけるこれらの規定に規定する補償金、対価又は清算金の額は、当該補償金、対価又は清算金の額から当該取得に充てようとするものの額に相当する金額を控除した金額とする。
33法第六十四条の二第七項から第九項までの規定を適用する場合（次項の規定の適用がある場合を除く。）において、法第六十四条第一項に規定する代替資産の取得価額が法第六十四条の二第七項又は第八項の特別勘定の金額の計算の基礎となつた同条第一項に規定する取得に充てようとするものの額（既に収用等のあつた日を含む事業年度後の各事業年度において当該取得に充てようとするものの額の一部に相当する金額をもつて取得した他の代替資産で同条第七項及び第八項の規定の適用を受けたものがある場合には、当該取得に充てようとするものの額から当該他の代替資産の取得価額に相当する金額を控除した金額）を超えるときは、その超える金額を控除した金額をもつて当該代替資産の取得価額とする。
34法第六十四条の二第四項の規定により引継ぎを受けた特別勘定の金額を有する同項に規定する合併法人等が同条第七項から第九項までの規定を適用する場合において、法第六十四条第一項に規定する代替資産の取得価額が当該引継ぎを受けた特別勘定の金額の計算の基礎となつた法第六十四条の二第一項、第二項又は第四項第二号に規定する取得に充てようとするものの額（既に当該特別勘定の金額の引継ぎを受けた日以後に当該取得に充てようとするものの額の一部に相当する金額をもつて取得した他の代替資産で同条第七項及び第八項の規定の適用を受けたものがある場合には、当該取得に充てようとするものの額から当該他の代替資産の取得価額に相当する金額を控除した金額）を超えるときは、その超える金額を控除した金額をもつて当該代替資産の取得価額とする。
35法人が、法第六十四条第九項（法第六十四条の二第八項において準用する場合を含む。）又は法第六十四条の二第二項の規定の適用を受ける場合には、これらの規定の適用に係る資産が法第六十四条第一項各号又は第二項各号に掲げる場合に該当することとなつたことを証する書類として財務省令で定める書類を保存しなければならない。