機構の資本金は、中小企業総合事業団法及び機械類信用保険法の廃止等に関する法律（平成十四年法律第百四十六号。以下「廃止法」という。）附則第二条第九項、第四条第十一項及び第十二項並びに中小企業金融公庫法及び独立行政法人中小企業基盤整備機構法の一部を改正する法律（平成十六年法律第三十五号。以下「改正法」という。）附則第三条第六項及び第七項の規定により政府及び政府以外の者から出資があったものとされた金額の合計額とする。
2政府は、必要があると認めるときは、予算で定める金額の範囲内において、機構に追加して出資することができる。この場合において、政府は、当該出資した金額の全部又は一部が第二十条第一項の第一種信用基金又は第二十一条第一項の第二種信用基金に充てるべきものであるときは、それぞれの基金に充てるべき金額を示すものとする。
3機構は、前項の規定による政府の出資があったときは、その出資額により資本金を増加するものとする。
機構は、平成二十二年度の終了の日までの間に限り、第十五条第一項及び第二項並びに前条第一項及び第二項の業務のほか、旧産炭地域振興臨時措置法（昭和三十六年法律第二百十九号）附則第二項本文の規定にかかわらず、同項ただし書に規定する地方債に係る利子補給金を支給する業務を行う。
2機構は、政令で定める日までの間、第十五条第一項及び第二項、前条第一項及び第二項並びに前項の業務のほか、株式会社日本政策投資銀行法（平成十九年法律第八十五号）附則第十五条第一項の規定による解散前の日本政策投資銀行が石炭鉱業の構造調整の完了等に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成十二年法律第十六号）第六条の規定の施行の日前に同条の規定による改正前の地域振興整備公団法（以下「平成十二年改正前の公団法」という。）第十九条第一項第四号において規定する地域において当該地域の振興に必要な鉱工業等を営む者に対して株式会社日本政策投資銀行法附則第二十六条の規定による廃止前の日本政策投資銀行法（平成十一年法律第七十三号）第二十条第一項第一号の規定により行った貸付けについて、株式会社日本政策投資銀行に対し、利子補給金を支給する業務を行うことができる。
3機構は、前項の政令で定める日までの間、第十五条第一項及び第二項、前条第一項及び第二項並びに前二項の業務のほか、次に掲げる業務を行う。
4機構は、前項の業務の円滑な実施を図るため、第十五条第一項及び第二項、前条第一項及び第二項並びに前三項の業務のほか、第十五条第一項、前条第一項及び前三項の業務の遂行に支障のない範囲内で、委託を受けて、平成十二年改正前の公団法第十九条第二項各号に掲げる業務（同条第一項第四号に規定する地域における鉱工業等の振興に係るものに限る。）を行うことができる。
5機構は、前各項の業務に係る経理については、その他の経理と区分し、特別の勘定を設けて整理しなければならない。
6機構は、第一項から第四項までの業務を終えた場合において、その際前項に規定する特別の勘定に属する資産の価額が負債の金額を上回るときは、その差額に相当する金額の全部又は一部を、政令で定めるところにより国庫に納付しなければならない。
7機構は、前項の規定により国庫納付をしたときは（同項に規定する場合において同項に規定する資産の価額が負債の金額を下回るときは、第一項から第四項までの業務を終えた後遅滞なく）、第五項に規定する特別の勘定を廃止するものとし、その廃止の際現に当該勘定に所属する権利及び義務を一般勘定に帰属させるものとする。
8前項の規定による第五項に規定する特別の勘定の廃止の時において、改正法附則第三条第六項の規定により政府から機構に対し出資されたものとされた額については、機構に対する政府からの出資はなかったものとし、機構は、その額により資本金を減少するものとする。
この法律の施行の日が独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成二十一年法律第 号。以下「整備法」という。）の施行の日前である場合には、附則第四条の印紙税法別表第三の改正規定中「、第十一号並びに第十二号」とあるのは「、第十二号並びに第十三号」と、「並びに第十一号から第十三号まで」とあるのは「並びに第十二号から第十四号まで」とし、前条のうち次の表の上欄に掲げる独立行政法人中小企業基盤整備機構法の改正規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句とする。
2前項の場合において、整備法第十九条の印紙税法別表第三の改正規定中「、第十二号並びに第十三号」とあるのは「並びに第十二号から第十四号まで」と、「、第十一号並びに第十二号」とあるのは「並びに第十一号から第十三号まで」とし、整備法第百十条のうち次の表の上欄に掲げる独立行政法人中小企業基盤整備機構法の改正規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句とする。
政府は、この法律の施行後五年を目途として、この法律による改正後の規定の実施状況を勘案し、必要があると認めるときは、当該規定について検討を加え、その結果に基づいて必要な措置を講ずるものとする。
この法律の施行前にした行為及びこの附則の規定によりなお従前の例によることとされる場合におけるこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。