通則法第三十七条の規定により定める機構の会計（産業基盤整備業務に係る部分を除く。）については、この省令の定めるところによるものとし、この省令に定めのないものについては、一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に従うものとする。
2金融庁組織令（平成十年政令第三百九十二号）第二十四条第一項に規定する企業会計審議会により公表された企業会計の基準は、前項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に該当するものとする。
3平成十一年四月二十七日の中央省庁等改革推進本部決定に基づき行われた独立行政法人の会計に関する研究の成果として公表された基準（以下「独立行政法人会計基準」という。）は、この省令に準ずるものとして、第一項に規定する一般に公正妥当と認められる企業会計の基準に優先して適用されるものとする。
機構は、機構法附則第五条第一項及び第二項に規定する業務を行う場合には、第十七条の規定による勘定のほかに工業再配置等業務特別勘定を設けて整理しなければならない。
2機構は、機構法附則第六条第一項から第四項までに規定する業務を行う場合には、第十七条の規定による勘定のほかに産炭地域経過業務特別勘定を設けて整理しなければならない。
3機構は、機構法附則第八条に掲げる業務を行う場合には、第十七条の規定による一般勘定の中で繊維関連業務経理として他の経理単位と区分して整理しなければならない。
4工業再配置等業務特別勘定、産炭地域経過業務特別勘定及び機構法附則第九条第一項に規定する出資承継勘定を設けて整理する場合には、第二十一条第一項中「及び施設整備等勘定」とあるのは「、施設整備等勘定、工業再配置等業務特別勘定及び産炭地域経過業務特別勘定」と、同条第二項中「各勘定又は経理」とあるのは「各勘定（工業再配置等業務特別勘定、産炭地域経過業務特別勘定及び機構法附則第九条第一項に規定する出資承継勘定を含む。）又は経理（繊維関連業務経理を含む。）」と、第二十二条中「複数の勘定」とあるのは「複数の勘定（工業再配置等業務特別勘定、産炭地域経過業務特別勘定及び機構法附則第九条第一項に規定する出資承継勘定を含む。以下この項において同じ。）」とする。