排水基準は、排出水の汚染状態（熱によるものを含む。以下同じ。）について、環境省令で定める。
2前項の排水基準は、有害物質による汚染状態にあつては、排出水に含まれる有害物質の量について、有害物質の種類ごとに定める許容限度とし、その他の汚染状態にあつては、前条第二項第二号に規定する項目について、項目ごとに定める許容限度とする。
3都道府県は、当該都道府県の区域に属する公共用水域のうちに、その自然的、社会的条件から判断して、第一項の排水基準によつては人の健康を保護し、又は生活環境を保全することが十分でないと認められる区域があるときは、その区域に排出される排出水の汚染状態について、政令で定める基準に従い、条例で、同項の排水基準にかえて適用すべき同項の排水基準で定める許容限度よりきびしい許容限度を定める排水基準を定めることができる。
4前項の条例においては、あわせて当該区域の範囲を明らかにしなければならない。
5都道府県が第三項の規定により排水基準を定める場合には、当該都道府県知事は、あらかじめ、環境大臣及び関係都道府県知事に通知しなければならない。
この法律の施行の際現に臨時措置法第五条第一項に規定する区域において改正前の水質汚濁防止法（以下「旧水質汚濁防止法」という。）第二条第二項に規定する特定施設を設置している者（設置の工事をしている者及び臨時措置法第五条第一項の許可を受けた者又は旧水質汚濁防止法第五条の規定による届出をした者であつて設置の工事に着手していないものを含む。）であつて旧水質汚濁防止法第二条第三項に規定する排出水を排出するものは、この法律の施行の日から六十日以内に、総理府令で定めるところにより、排出水の排水系統別の汚染状態及び量を府県知事（特別措置法第二十二条第一項の政令で定める市の区域内の特別措置法第五条第一項に規定する特定施設に係る場合にあつては当該市の長とし、改正後の水質汚濁防止法第二十八条第一項の政令で定める市の区域内の同法第二条第二項に規定する特定施設（特別措置法第五条第一項に規定する特定施設を除く。）に係る場合にあつては当該市の長とする。）に届け出なければならない。
2前項の規定による届出をせず、又は虚偽の届出をした者は、十万円以下の罰金に処する。
3法人の代表者又は法人若しくは人の代理人、使用人その他の従業者が、その法人又は人の業務に関し、前項の違反行為をしたときは、行為者を罰するほか、その法人又は人に対して同項の刑を科する。
新法第十二条の三及び第十三条の二第一項の規定は、この法律の施行の際現に水質汚濁防止法第二条第二項に規定する特定施設を設置している者（設置の工事をしている者を含む。）の特定事業場から浸透する特定地下浸透水については、この法律の施行の日から六月間は、適用しない。
2前項の場合において、旧法第十四条第五項の規定は、なおその効力を有する。
前条に定めるもののほか、この法律の施行に伴い必要な経過措置は、政令で定める。
この法律の施行の際現に工場若しくは事業場において新法第二条第八項に規定する有害物質使用特定施設（以下「有害物質使用特定施設」という。）を設置している者（新法第五条第一項又は第二項の規定に該当する場合を除き、設置の工事をしている者を含む。）又は工場若しくは事業場において新法第五条第三項に規定する有害物質貯蔵指定施設（以下「有害物質貯蔵指定施設」という。）を設置している者（設置の工事をしている者を含む。次条において同じ。）は、この法律の施行の日から三十日以内に、環境省令で定めるところにより、同項各号に掲げる事項を都道府県知事（新法第二十八条第一項の政令で定める市（特別区を含む。以下この項において同じ。）の区域内の有害物質使用特定施設又は有害物質貯蔵指定施設に係る場合にあっては、当該市の長とする。）に届け出なければならない。
2前項の規定による届出をした者は、新法第六条第一項の規定による届出をした者とみなす。
3第一項の規定による届出をせず、又は虚偽の届出をした者は、三十万円以下の罰金に処する。
4法人の代表者又は法人若しくは人の代理人、使用人その他の従業者が、その法人又は人の業務に関し、前項の違反行為をしたときは、行為者を罰するほか、その法人又は人に対して同項の刑を科する。
前条に定めるもののほか、この法律の施行に伴い必要な経過措置は、政令で定める。