第四十六条
第四十条第一項若しくは第二項、第四十一条、第四十二条第二項、第四十三条第二項若しくは第五項又は前条第一項若しくは第四項の規定による検査において、その検査に係る物が家畜伝染病の病原体により汚染し、汚染しているおそれがあり、又は汚染するおそれがあると認められた場合における第六条第一項、第七条、第八条、第十四条から第十七条まで、第十八条から第二十一条まで、第二十三条から第二十五条まで、第二十六条、第二十九条及び第三十一条第一項並びに同条第三項において準用する第七条及び第八条の規定の適用については、これらの規定中「都道府県知事」（第十五条の場合にあつては「都道府県知事又は市町村長」）とあるのは「動物検疫所長」と、「家畜防疫員」とあるのは「家畜防疫官」と読み替えるものとする。
2農林水産大臣は、前項の検査において、届出伝染病の病原体により汚染し、又は汚染しているおそれがあると認められた動物その他の物につき、農林水産省令の定めるところにより、その所有者に対し、これらを隔離し、若しくは消毒すべき旨を命じ、又は家畜防疫官に隔離、注射、薬浴、投薬若しくは消毒を行わせることができる。
3農林水産大臣は、第一項の検査中にその検査に係る動物が新疾病にかかり、又はかかつている疑いがあると認められたときは、当該動物又はその敷料その他これに準ずる物につき、農林水産省令の定めるところにより、その所有者に対し、これらを隔離し、若しくは消毒すべき旨を命じ、又は家畜防疫官に隔離、注射、薬浴、投薬若しくは消毒を行わせることができる。ただし、当該新疾病が家畜の伝染性疾病でないと認められる場合は、この限りでない。
4家畜防疫官は、第一項の検査の結果、その検査に係る物品の輸入又は輸出について第三十六条、第三十七条第一項、第三十八条、第四十条第一項、第四十二条第一項又は前条第一項の規定に違反している事実があると認めるときは、農林水産省令で定める基準に基づき、当該物品を廃棄することができる。