第二十九条
環境大臣又は都道府県知事は、それぞれ鳥獣保護区の区域内で鳥獣の保護又は鳥獣の生息地の保護を図るため特に必要があると認める区域を特別保護地区として指定することができる。
2特別保護地区の存続期間は、当該特別保護地区が属する鳥獣保護区の存続期間の範囲内において環境大臣又は都道府県知事が定める期間とする。
3環境大臣又は都道府県知事は、鳥獣の生息の状況の変化その他の事情の変化により第一項の規定による指定の必要がなくなったと認めるとき、又はその指定を継続することが適当でないと認めるときは、その指定を解除しなければならない。
4第二項の規定は第一項の規定による指定の変更について、第三条第三項の規定は第一項の規定により環境大臣が行う指定及びその変更（特別保護地区の区域を拡張し、又は存続期間を延長するものに限る。）について、第四条第四項及び第十二条第四項の規定は第一項の規定により都道府県知事が行う指定及びその変更（第四条第四項の場合にあっては、特別保護地区の区域を拡張し、又は存続期間を延長するものに限る。）について、第十五条第二項、第三項、第十三項及び第十四項並びに第二十八条第二項から第六項までの規定は第一項の規定による指定及びその変更（同条第三項から第六項までの場合にあっては、特別保護地区の区域を拡張し、又は存続期間を延長するものに限る。）について準用する。この場合において、第十二条第四項中「環境大臣に届け出なければ」とあるのは「特別保護地区の存続期間の終了後引き続き当該特別保護地区の区域と同一の区域を特別保護地区として指定する場合又は特別保護地区の存続期間を延長する場合にあっては環境大臣に届け出、これら以外の場合にあっては環境大臣に協議しなければ」と、第十五条第二項中「その旨並びにその名称、区域及び存続期間」とあるのは「その旨並びに特別保護地区の名称、区域、存続期間及び当該特別保護地区の保護に関する指針」と、同条第三項中「前項の規定による公示」とあるのは「第二十九条第四項において読み替えて準用する前項の規定による公示」と読み替えるものとする。
5第十二条第四項の規定は第三項の規定により都道府県知事が行う指定の解除について、第十五条第二項及び第三項の規定は第三項の規定による指定の解除について準用する。この場合において、第十二条第四項中「届け出なければ」とあるのは「協議しなければ」と、第十五条第二項中「その旨並びにその名称、区域及び存続期間」とあるのは「その旨及び解除に係る区域」と、同条第三項中「前項の規定による公示」とあるのは「第二十九条第五項において読み替えて準用する前項の規定による公示」と読み替えるものとする。
6環境大臣は、第四項の規定により読み替えて準用する第十二条第四項の規定による協議を受けた場合（第一項の規定による指定の変更の場合にあっては、特別保護地区の区域を拡張するときに限る。）は、農林水産大臣に協議しなければならない。
7特別保護地区の区域内においては、次に掲げる行為は、第一項の規定により環境大臣が指定する特別保護地区（以下「国指定特別保護地区」という。）にあっては環境大臣の、同項の規定により都道府県知事が指定する特別保護地区（以下「都道府県指定特別保護地区」という。）にあっては都道府県知事の許可を受けなければ、してはならない。ただし、鳥獣の保護に支障がないと認められる行為として国指定特別保護地区にあっては環境大臣が、都道府県指定特別保護地区にあっては都道府県知事がそれぞれ定めるものについては、この限りでない。
- 一建築物その他の工作物を新築し、改築し、又は増築すること。
- 二水面を埋め立て、又は干拓すること。
- 三木竹を伐採すること。
- 四前三号に掲げるもののほか、国指定特別保護地区にあっては環境大臣が、都道府県指定特別保護地区にあっては都道府県知事がそれぞれ指定する区域内において、鳥獣の保護に影響を及ぼすおそれがある行為として政令で定めるものを行うこと。
8前項の許可を受けようとする者は、環境省令で定めるところにより、国指定特別保護地区にあっては環境大臣に、都道府県指定特別保護地区にあっては都道府県知事にそれぞれ許可の申請をしなければならない。
9環境大臣又は都道府県知事は、前項の許可の申請があったときは、当該申請に係る行為が次の各号のいずれかに該当する場合を除き、第七項の許可をしなければならない。
- 一当該行為が鳥獣の保護に重大な支障を及ぼすおそれがあるとき。
- 二当該行為が鳥獣の生息地の保護に重大な支障を及ぼすおそれがあるとき。
10環境大臣又は都道府県知事は、鳥獣の保護又は鳥獣の生息地の保護を図るため必要があると認めるときは、第七項の許可に条件を付することができる。