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（退職給与引当金に関する経過規定）
附則施行日の前日において旧令第十五条の七第三項ただし書（退職給与引当金の累積限度額の特例）の規定による国税庁長官の承認を受けていた法人の施行日から二年以内の日の属する事業年度については、旧令第十五条の七から第十五条の十四まで（退職給与引当金）の規定は、なおその効力を有する。この場合において、当該事業年度については、法第五十五条（退職給与引当金）及び新令第百五条から第百十条まで（退職給与引当金に係る細目）の規定は、適用しない。
2法第五十五条第四項及び第五項の規定は、前項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第十五条の七の規定を適用する場合について準用する。
3法附則第八条（引当金に関する経過規定）の規定は、第一項の法人が施行日から二年を経過した日の前日の属する事業年度終了の時において有する同項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第十五条の七第一項第二号の退職給与引当金勘定の金額について準用する。
4法第五十五条第二項に規定する退職給与引当金勘定の金額（以下この条において「退職給与引当金勘定の金額」という。）を有する法人が、中小企業退職金共済法の一部を改正する法律（昭和三十九年法律第百七号）附則第二条第一項（従前の積立事業についての取扱い）の退職金共済契約の締結に伴い、当該契約の効力が生じた日（以下この項において「契約発効日」という。）における退職給与引当金勘定の金額の計算の基礎となつた使用人について附則第十一条（中小企業退職金共済事業団に対する納付金額に関する経過規定）に規定する金額を納付した場合において、第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額をこえるときは、その法人は、その納付した日における退職給与引当金勘定の金額のうち、契約発効日における退職給与引当金勘定の金額に、第一号に掲げる金額のうちにそのこえる部分の金額（当該金額がその納付した金額をこえる場合には、当該納付した金額）の占める割合を乗じて計算した金額に相当する金額を取りくずさなければならない。
- 一
その使用人（契約発効日の属する事業年度の前事業年度終了の日から契約発効日までの間引き続き在職していたものに限る。以下この項において同じ。）につき当該事業年度の前事業年度終了の時において定められている新令第百六条第一項第一号イ（退職給与引当金勘定への繰入限度額）に規定する退職給与規程により計算した場合のその時における新令第百八条第一項第一号（退職金共済契約等を締結している場合の繰入限度額の特例）に規定する事業主の支給する退職給与の額
- 二
その使用人につき契約発効日において定められている前号に規定する退職給与規程により計算した場合の当該事業年度の前事業年度終了の時における同号に規定する事業主の支給する退職給与の額
5前項の規定の適用がある場合における新令第百七条第一項（退職給与引当金勘定の金額の取りくずし）の規定の適用については、同項第九号中「次条第二項各号」とあるのは、「次条第二項各号及び附則第九条第四項（退職給与引当金に関する経過規定）」とする。
（農畜産物の価格安定等のための負担金の損金算入に関する経過規定）
附則新令第百三十六条の二（農畜産物の価格安定等のための負担金の損金算入）の規定は、法人が昭和四十三年四月一日以後に支出する同条に規定する負担金について適用し、同日前に支出した当該負担金については、なお従前の例による。
（所得税法施行令等の一部改正に伴う経過規定）
附則前三条の規定による改正後の所得税法施行令第二百十五条第一号、法人税法施行令第七十七条第一号及び租税特別措置法施行令第四十条第一号の規定（海洋科学技術センターに係る部分に限る。）は、海洋科学技術センター法第十四条第二項の規定による海洋科学技術センターの成立の日以後同センターに対して支出する所得税法（昭和四十年法律第三十三号）第七十八条第二項第三号に掲げる寄付金及び法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第三十七条第三項第三号に規定する寄付金並びに同日以後同センターに対して贈与をする租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第七十条の二第一項に規定する財産について適用する。
（適格退職年金契約の要件に関する経過措置）
附則新令第百五十九条第八号及び第九号（適格退職年金契約の要件）の規定は、法人が施行日以後に提出する第百六十条第一項（適格退職年金契約の承認）（同条第五項において準用する場合を含む。）に規定する申請書又は同条第六項に規定する届出書に係る同条第一項に規定する信託又は生命保険の契約につき同項（同条第五項において準用する場合を含む。）の承認を受けようとする場合について適用し、同日前に提出したこれらの規定に規定する申請書又は届出書に係る当該契約につき当該承認を受けようとする場合については、なお従前の例による。
（適格退職年金契約の要件に関する経過措置）
附則新令第百五十九条（適格退職年金契約の要件）の規定は、法人が施行日以後に提出する新令第百六十条第一項（適格退職年金契約の承認）（同条第五項において準用する場合を含む。）に規定する申請書又は同条第六項に規定する届出書に係る同条第一項に規定する信託又は生命保険の契約に係る同項（同条第五項において準用する場合を含む。）の承認について適用し、法人が同日前に提出した旧令第百六十条第一項（同条第五項において準用する場合を含む。以下同じ。）に規定する申請書又は同条第六項に規定する届出書に係る当該契約に係る同条第一項の承認については、なお従前の例による。
（適格退職年金契約の要件等に関する経過措置）
附則新令第百五十九条（適格退職年金契約の要件）及び第百六十条（適格退職年金契約の承認）の規定は、法人が施行日以後に提出する同条第一項（同条第五項において準用する場合を含む。）に規定する申請書又は同条第六項若しくは第七項に規定する届出書に係る同条第一項に規定する信託、生命保険又は生命共済の契約に係る同項（同条第五項において準用する場合を含む。）の承認について適用する。
（留保金額の計算上控除する道府県民税の額等に関する経過措置）
附則新令第百四十条（留保金額の計算上控除する道府県民税及び市町村民税の額）及び第百四十二条第一項（外国税額の控除限度額の計算）の規定は、法人の平成四年一月一日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の同日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
（国内にある資産の譲渡による所得に関する経過措置）
附則新令第百七十七条第二項（国内にある資産の譲渡による所得）の規定は、法人の施行日以後に行われる同項第二号に掲げる資産の譲渡により生ずる所得について適用し、法人の施行日前に行われた当該資産の譲渡により生ずる所得については、なお従前の例による。
（貸倒引当金に関する経過措置）
附則法人（施行日に存するものに限る。）の施行日から平成十四年三月三十一日までの間に開始する各事業年度に係る法人税法施行令の一部を改正する政令（平成十三年政令第百三十五号）による改正後の法人税法施行令（以下「平成十三年新令」という。）第九十六条第二項（貸倒引当金勘定への繰入限度額）の規定の適用については、施行日以後最初に開始する事業年度前の各事業年度の同項第一号に掲げる金額は、当該法人の当該各事業年度の旧令第九十七条第二項第一号（貸倒引当金勘定への繰入限度額）の規定の例により計算した金額に相当する金額とし、施行日以後最初に開始する事業年度以前の各事業年度の平成十三年新令第九十六条第二項第二号に掲げる金額は、当該法人の当該各事業年度の旧令第九十七条第二項第二号の規定の例により計算した金額に相当する金額とする。
2法人税法等の一部を改正する法律（平成十三年法律第六号。以下「平成十三年改正法」という。）第十二条の規定による改正後の法人税法等の一部を改正する法律（平成十年法律第二十四号。以下「平成十三年改正後の改正法」という。）附則第五条（貸倒引当金に関する経過措置）に規定する相互会社に準ずるものとして政令で定めるものは、保険業法（平成七年法律第百五号）第二条第十項（定義）に規定する外国相互会社とする。
3平成十三年改正後の改正法附則第五条に規定する政令で定める金銭債権は、その債務者から受け入れた金額があるためその全部又は一部が実質的に債権とみられない金銭債権とし、同条に規定する政令で定める金額は、その債権とみられない部分の金額に相当する金額とする。
4昭和五十五年四月一日に存する法人（当該法人が平成十三年四月一日以後に行われる平成十三年改正法第一条の規定による改正後の法人税法（以下「平成十三年新法」という。）第二条第十二号の八（定義）に規定する適格合併（以下「適格合併」という。）に係る合併法人である場合には、当該法人及び当該適格合併に係る被合併法人のすべてが昭和五十五年四月一日に存していたもの（当該適格合併が法人を設立する合併である場合にあつては、当該適格合併に係る被合併法人のすべてが同日に存していたもの）に限る。）については、平成十三年改正後の改正法附則第五条に規定する政令で定める金銭債権は第一号に掲げる債権とし、同条に規定する政令で定める金額は第二号に掲げる金額とすることができる。
- 一
当該法人の当該事業年度終了の時における平成十三年改正後の改正法附則第五条の一括評価金銭債権（次号において「一括評価金銭債権」という。）のすべて
- 二
当該法人の当該事業年度終了の時における一括評価金銭債権の額に、昭和五十五年四月一日から昭和五十七年三月三十一日までの間に開始した各事業年度終了の時における売掛金、貸付金その他これらに準ずる金銭債権の額の合計額（平成十三年四月一日以後に行われる適格合併に係る合併法人については、当該各事業年度終了の時において当該合併法人及び当該適格合併に係る被合併法人がそれぞれ有していた売掛金、貸付金その他これらに準ずる金銭債権の額の合計額）のうちに当該各事業年度終了の時における前項に規定する債権とみられない部分の金額の合計額の占める割合（当該割合に小数点以下三位未満の端数があるときは、これを切り捨てる。）を乗じて計算した金額
5平成十三年改正後の改正法附則第五条に規定する政令で定める割合は、法人の次の各号に掲げる事業年度の区分に応じ当該各号に定める割合とする。
- 一
平成十年四月一日から平成十一年三月三十一日までの間に開始する事業年度その法人の営む主たる事業が次に掲げる事業のいずれに該当するかに応じそれぞれ次に定める割合- イ
旧令第九十七条第一項第一号に掲げる事業（以下この条において「卸小売業」という。）千分の八
- ロ
旧令第九十七条第一項第二号に掲げる事業（以下この条において「製造業」という。）千分の六・五
- ハ
旧令第九十七条第一項第三号に掲げる事業（以下この条において「金融保険業」という。）千分の二・五
- ニ
旧令第九十七条第一項第四号に掲げる事業（以下この条において「割賦小売業等」という。）千分の十・五
- ホ
イからニまでに掲げる事業以外の事業（以下この条において「その他の事業」という。）千分の五
- 二
平成十一年四月一日から平成十二年三月三十一日までの間に開始する事業年度その法人の営む主たる事業が次に掲げる事業のいずれに該当するかに応じそれぞれ次に定める割合- イ
卸小売業千分の六・五
- ロ
製造業千分の五
- ハ
金融保険業千分の二
- ニ
割賦小売業等千分の八・五
- ホ
その他の事業千分の四
- 三
平成十二年四月一日から平成十三年三月三十一日までの間に開始する事業年度その法人の営む主たる事業が次に掲げる事業のいずれに該当するかに応じそれぞれ次に定める割合- イ
卸小売業千分の五
- ロ
製造業千分の四
- ハ
金融保険業千分の一・五
- ニ
割賦小売業等千分の六・五
- ホ
その他の事業千分の三
- 四
平成十三年四月一日から平成十四年三月三十一日までの間に開始する事業年度その法人の営む主たる事業が次に掲げる事業のいずれに該当するかに応じそれぞれ次に定める割合- イ
卸小売業千分の三
- ロ
製造業千分の二・五
- ハ
金融保険業千分の一
- ニ
割賦小売業等千分の四
- ホ
その他の事業千分の二
- 五
平成十四年四月一日から平成十五年三月三十一日までの間に開始する事業年度その法人の営む主たる事業が次に掲げる事業のいずれに該当するかに応じそれぞれ次に定める割合- イ
卸小売業千分の一・五
- ロ
製造業千分の一
- ハ
金融保険業千分の〇・五
- ニ
割賦小売業等千分の二
- ホ
その他の事業千分の一
（有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の方法の特例に関する経過措置）
附則新令第百十九条の三第五項（証券投資信託の元本払戻金の交付を受けた場合の受益権の一単位当たりの帳簿価額の算出の特例）の規定は、法人が施行日以後に交付を受ける同項に規定する金銭について適用する。
（外国法人税の範囲等に関する経過措置）
附則新令第百四十一条第三項の規定は、内国法人の平成十三年四月一日以後に開始する事業年度又は特定信託の同日以後に開始する計算期間の所得に対する法人税について適用し、内国法人の同日前に開始した事業年度又は特定信託の同日前に開始した計算期間の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
（特定信託に係る外国税額の控除の対象とならない取引に関する経過措置）
附則新令第百五十六条の六の二第一項（特定信託に係る外国税額の控除の対象とならない取引）の規定は、特定信託の受託者である内国法人が当該特定信託の信託財産につき施行日以後に行う同項に規定する取引に基因して生ずる所得に対する外国法人税を納付することとなる場合について適用し、特定信託の受託者である内国法人が当該特定信託の信託財産につき施行日前に行った旧令第百五十六条の六の二（特定信託に係る外国税額の控除の対象とならない取引）に規定する取引に基因して生ずる所得に対する外国法人税を納付することとなる場合については、なお従前の例による。
（連結同族会社の特別税率に関する経過措置）
附則連結法人の平成十四年四月一日から平成十六年三月三十一日までの間に開始する各連結事業年度における新法人税法施行令第百五十五条の二十五の規定の適用については、同条中「百分の二十・七」とあるのは、「経済社会の変化等に対応して早急に講ずべき所得税及び法人税の負担軽減措置に関する法律（平成十一年法律第八号）第十六条第二項の表の第一号（法第八十一条の十二第一項に係る部分に限る。）の第四欄に掲げる税率に相当する割合を乗じて得た額を租税特別措置法第六十八条の八第一項の表の第一号イの第四欄に掲げる税率に相当する割合で除して計算した金額に百分の二十・七」とする。
（寄附金の損金不算入に対する特例に関する経過措置）
附則新令第七十七条第一項第一号の二並びに第三号コ、エ及びア（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲）の規定は、法人が附則第一条第三号（施行期日）に定める日以後に支出する寄附金について適用し、法人が同日前に支出した寄附金については、なお従前の例による。
2新令第七十七条第一項第三号サ及び第四号の規定は、法人が施行日以後に支出する寄附金について適用し、法人が施行日前に支出した寄附金については、なお従前の例による。
（寄附金の損金不算入に対する特例に関する経過措置）
附則新令第七十七条第一項第一号の二から第三号まで（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲）の規定は、法人が施行日以後に支出する寄附金について適用し、法人が施行日前に支出した寄附金については、なお従前の例による。
2法人が民法（明治二十九年法律第八十九号）第三十四条（公益法人の設立）の規定により設立された法人で施行日の前日において旧令第七十七条第一項第二号ル（公益の増進に著しく寄与する法人の範囲）に掲げるものに該当するものに対して支出する寄附金のうち施行日から二年以内の期間で財務省令で定める期間内に支出するものについては、新令第七十七条第一項第三号に掲げる法人に対して支出する寄附金とみなす。
（分割型分割の場合の譲渡対価の額及び譲渡原価の額等に関する経過措置）
附則新令第百十九条の八第三項（分割型分割の場合の譲渡対価の額及び譲渡原価の額等）の規定は、法人が施行日以後に行う分割型分割について適用し、法人が施行日前に行った分割型分割については、なお従前の例による。
（有価証券に準ずるものの範囲に関する経過措置）
附則法人が会社法施行日前に取得した改正前の法人税法施行令（以下「旧令」という。）第十一条第一号（有価証券に準ずるものの範囲）に掲げる端数の部分については、なお従前の例による。
（所有株式に対応する資本金等の額又は連結個別資本金等の額の計算方法等に関する経過措置）
附則新令第二十三条第一項第二号から第四号まで（所有株式に対応する資本金等の額又は連結個別資本金等の額の計算方法等）の規定は、法人が施行日以後に行う同項第二号に規定する分割型分割、同項第三号に規定する払戻し等又は同項第四号に規定する自己株式の取得等について適用し、法人が施行日前に行った旧令第二十三条第一項第二号（所有株式に対応する資本金等の額又は連結個別資本金等の額の計算方法等）に規定する分割型分割、同項第三号に規定する払戻し等又は同項第四号に規定する自己株式の取得等については、なお従前の例による。
2新令第二十三条第三項第三号の規定は、附則第一条第五号（施行期日）に定める日以後に生ずる同項第三号に掲げる事由による取得について適用する。
（再生計画認可の決定に準ずる事実等に関する経過措置）
附則新令第二十四条の二第一項第四号ニ及び第二項第一号（再生計画認可の決定に準ずる事実等）の規定は、平成二十年十月一日以後に新法第二十五条第三項（資産の評価益の益金不算入等）に規定する事実が生ずる場合について適用し、同日前に改正法第二条（法人税法の一部改正）の規定による改正前の法人税法（以下「旧法」という。）第二十五条第三項（資産の評価益の益金不算入等）に規定する事実が生じた場合については、なお従前の例による。
2新令第二十四条の二第一項第四号ホの規定は、平成二十年四月一日以後に新法第二十五条第三項に規定する事実が生ずる場合について適用する。
（寄附金の損金算入限度額に関する経過措置）
附則改正法附則第八条（法人税額から控除する外国子会社の外国税額の益金算入に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第二十八条（法人税額から控除する外国子会社の外国税額の益金算入）の規定の適用を受ける法人に係る新令第七十三条第二項（一般寄附金の損金算入限度額）及び第七十七条の二第二項（特定公益増進法人に対する寄附金の特別損金算入限度額）の規定の適用については、これらの規定中「掲げる規定」とあるのは、「掲げる規定及び所得税法等の一部を改正する法律（平成二十一年法律第十三号）附則第八条（法人税額から控除する外国子会社の外国税額の益金算入に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条（法人税法の一部改正）の規定による改正前の法人税法第二十八条（法人税額から控除する外国子会社の外国税額の益金算入）の規定」とする。
（陳腐化した減価償却資産の償却限度額の特例に関する経過措置）
附則改正法附則第七十九条第五項（法人の減価償却に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる改正法第十八条の規定による改正前の租税特別措置法（昭和三十二年法律第二十六号）第四十七条（第一項に係る部分に限る。）（優良賃貸住宅の割増償却）の規定の適用を受ける法人に係る新令第六十条の二第一項（陳腐化した減価償却資産の償却限度額の特例）の規定の適用については、同項中「）又は」とあるのは「）若しくは」と、「）の規定」とあるのは「）又は所得税法等の一部を改正する法律（平成二十二年法律第六号）附則第七十九条第五項（法人の減価償却に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十八条の規定による改正前の租税特別措置法第四十七条（第一項に係る部分に限る。）（優良賃貸住宅の割増償却）の規定」とする。
（有価証券の取得価額等に関する経過措置）
附則新令第百十九条第一項（第九号及び第十一号に係る部分に限る。）（有価証券の取得価額）の規定は、法人が施行日以後に行われる株式交換又は株式移転により取得をする同項第九号又は第十一号に掲げる有価証券について適用し、法人が施行日前に行われた株式交換又は株式移転により取得をした旧令第百十九条第一項第九号又は第十一号（有価証券の取得価額）に掲げる有価証券については、なお従前の例による。
2新令第百十九条の三第一項（第二号に係る部分に限る。）（移動平均法を適用する有価証券について評価換え等があった場合の一単位当たりの帳簿価額の算出の特例）の規定は、法人が施行日以後にする同号に掲げる評価換えについて適用し、法人が施行日前にした旧令第百十九条の三第一項第二号（移動平均法を適用する有価証券について評価換え等があった場合の一単位当たりの帳簿価額の算出の特例）に掲げる評価換えについては、なお従前の例による。
（控除限度額の計算に関する経過措置）
附則新令第百四十二条第一項（控除限度額の計算）の規定は、内国法人の平成二十四年四月一日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、内国法人の同日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。この場合において、改正法附則第五十五条（エネルギー需給構造改革推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる改正法第十九条の規定による改正前の租税特別措置法第四十二条の五（エネルギー需給構造改革推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）の規定の適用を受ける内国法人に係る同項の規定の適用については、同項中「）の規定」とあるのは、「）並びに経済社会の構造の変化に対応した税制の構築を図るための所得税法等の一部を改正する法律（平成二十三年法律第百十四号）附則第五十五条（エネルギー需給構造改革推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十九条の規定による改正前の租税特別措置法第四十二条の五第五項（連結納税の承認を取り消された場合のエネルギー需給構造改革推進設備等に係る法人税額）の規定」とする。
2内国法人の平成二十四年四月一日から平成二十六年三月三十一日までの間に開始する各事業年度における新令第百四十二条第三項の規定の適用については、同項中「所得の金額を」とあるのは、「所得の金額の六分の五に相当する金額を」とする。
（更正等により還付すべき所得税額等の充当の順序に関する経過措置）
附則施行日から平成二十四年十二月三十一日までの間における新令第百七十三条の二（更正等により還付すべき所得税額等の充当の順序）の規定の適用については、同条中「第百五十二条」とあるのは、「第百五十一条の二」とする。
（控除限度額の計算に関する経過措置）
附則新令第百四十二条第一項（控除限度額の計算）の規定は、内国法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、内国法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。この場合において、改正法附則第六十三条（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除の特例に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる改正法第八条の規定による改正前の租税特別措置法第四十二条の四の二第七項（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除の特例）の規定により読み替えて適用する改正法第八条の規定による改正後の租税特別措置法第四十二条の四（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除）の規定の適用がある場合における新令第百四十二条第一項の規定の適用については、同項中「試験研究費の額に係る法人税額）、同法」とあるのは、「試験研究費の額に係る法人税額）（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十五年法律第五号）附則第六十三条（試験研究を行つた場合の法人税額の特別控除の特例に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第八条の規定による改正前の租税特別措置法第四十二条の四の二第七項（試験研究を行つた場合の法人税額の特別控除の特例）の規定により読み替えて適用する場合を含む。）、租税特別措置法」とする。
（連結留保金額の計算上控除する道府県民税及び市町村民税の額に関する経過措置）
附則新令第百五十五条の二十五（第一号に係る部分に限る。）（連結留保金額の計算上控除する道府県民税及び市町村民税の額）の規定は、連結法人の施行日以後に終了する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、連結法人の施行日前に終了した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。
2新令第百五十五条の二十五（各号列記以外の部分に限る。）の規定は、連結法人の連結親法人事業年度（法人税法第十五条の二第一項（連結事業年度の意義）に規定する連結親法人事業年度をいう。以下この項において同じ。）が平成二十六年十月一日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、連結法人の連結親法人事業年度が同日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。
3新令第百五十五条の二十五の規定を適用する場合において、改正法附則第百十二条第二項（連結法人の雇用者給与等支給額が増加した場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定の適用があるときは、新令第百五十五条の二十五中「第六十八条の十五の五（連結親法人が同条第一項」とあるのは、「第六十八条の十五の五（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）附則第百十二条第二項（連結法人の雇用者給与等支給額が増加した場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）の規定により読み替えて適用する場合を含むものとし、連結親法人が租税特別措置法第六十八条の十五の五第一項」とする。
（外国税額の控除に関する経過措置）
附則新令第百四十一条の二から第百四十一条の八まで（国外所得金額）、第百四十二条第三項及び第五項（控除限度額の計算）並びに第百四十二条の二第七項（外国税額控除の対象とならない外国法人税の額）の規定は、内国法人の平成二十八年四月一日以後に開始する事業年度の所得に対する法人税について適用し、内国法人の同日前に開始した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
（有価証券の取得価額に関する経過措置）
附則新令第百十九条第一項（第九号ロ及び第十一号ロに係る部分に限る。）（有価証券の取得価額）の規定は、法人が施行日以後に行われる株式交換又は株式移転により取得をする当該株式交換に係る株式交換完全子法人又は当該株式移転に係る株式移転完全子法人の株式について適用し、法人が施行日前に行われた株式交換又は株式移転により取得をした当該株式交換に係る株式交換完全子法人又は当該株式移転に係る株式移転完全子法人の株式については、なお従前の例による。
（役員給与の損金不算入に関する経過措置）
附則新令第六十九条（定期同額給与の範囲等）及び第七十一条の三（確定した数の株式を交付する旨の定めに基づいて支給する給与に係る費用の額等）の規定は、法人が施行日以後にその支給に係る決議（当該決議が行われない場合には、その支給）をする給与について適用し、法人が施行日前にその支給に係る決議（当該決議が行われない場合には、その支給）をした給与については、なお従前の例による。
2十月新令第六十九条第十九項（定期同額給与の範囲等）の規定は、法人が平成二十九年十月一日以後にその支給に係る決議（当該決議が行われない場合には、その支給）をする給与について適用する。
3施行日から平成二十九年九月三十日までの間にその支給に係る決議（当該決議が行われない場合には、その支給）をする給与に係る新令第六十九条、第七十一条の二（関係法人の範囲）及び第七十一条の三の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる新令の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
（返品調整引当金に関する経過措置）
附則改正法附則第二十五条第一項（法人の返品調整引当金に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十三条（返品調整引当金）（旧法第百四十二条第二項（恒久的施設帰属所得に係る所得の金額の計算）の規定により準じて計算する場合を含む。次項から第四項までにおいて同じ。）の規定に基づく旧令第九十九条から第百二条まで（返品調整引当金）及び第百八十四条第一項（第十五号に係る部分に限る。）（恒久的施設帰属所得に係る所得の金額の計算）の規定は、なおその効力を有する。この場合において、旧令第百一条第一項第一号中「法第六十三条第六項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（令和七年法律第十三号。以下この号において「令和七年改正法」という。）第二条の規定による改正前の法人税法（以下この号において「令和七年旧法」という。）第六十三条第一項（リース譲渡に係る収益及び費用の帰属事業年度）に規定するリース譲渡又は所得税法等の一部を改正する法律（平成三十年法律第七号）附則第二十八条第一項（長期割賦販売等に係る収益及び費用の帰属事業年度に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条の規定による改正前の法人税法（以下この号において「旧効力法」という。）第六十三条第六項」と、「同条第一項本文又は第二項本文の規定の適用を受けたものに」とあるのは「令和七年旧法第六十三条第一項本文若しくは第二項本文、令和七年改正法附則第十七条第二項（リース譲渡に係る収益及び費用の帰属事業年度に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる令和七年改正法第二条の規定による改正前の法人税法（以下この号において「令和七年旧効力法」という。）第六十三条第一項本文若しくは第二項本文（リース譲渡に係る収益及び費用の帰属事業年度）又は旧効力法第六十三条第一項本文の規定の適用を受けたものに」と、「同条第六項」とあるのは「令和七年旧法第六十三条第一項に規定するリース譲渡又は旧効力法第六十三条第六項」と、「同条第一項本文又は第二項本文の規定の適用を受けたものを」とあるのは「令和七年旧法第六十三条第一項本文若しくは第二項本文、令和七年旧効力法第六十三条第一項本文若しくは第二項本文又は旧効力法第六十三条第一項本文の規定の適用を受けたものを」と、旧令第百八十四条第一項第十五号中「法第六十三条第六項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（令和七年法律第十三号。以下この号において「令和七年改正法」という。）第二条の規定による改正前の法人税法（以下この号において「令和七年旧法」という。）第六十三条第一項（リース譲渡に係る収益及び費用の帰属事業年度）に規定するリース譲渡又は所得税法等の一部を改正する法律（平成三十年法律第七号）附則第二十八条第一項（長期割賦販売等に係る収益及び費用の帰属事業年度に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条の規定による改正前の法人税法（以下この号において「旧効力法」という。）第六十三条第六項」と、「同条第一項本文又は第二項本文」とあるのは「令和七年旧法第六十三条第一項本文若しくは第二項本文、令和七年改正法附則第十七条第二項（リース譲渡に係る収益及び費用の帰属事業年度に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる令和七年改正法第二条の規定による改正前の法人税法第六十三条第一項本文若しくは第二項本文（リース譲渡に係る収益及び費用の帰属事業年度）又は旧効力法第六十三条第一項本文」とする。
2改正法附則第二十五条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十三条の規定の適用がある場合における法人税法施行令第十四条の七（課税所得等の範囲等）の規定の適用については、同条第二項中「規定と」とあるのは「規定並びに法人税法施行令等の一部を改正する政令（平成三十年政令第百三十二号）附則第九条第一項（返品調整引当金に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同令第一条の規定による改正前の法人税法施行令（次項及び第六項において「旧効力令」という。）第百一条第二項（返品調整引当金勘定への繰入限度額）の規定と」と、同条第三項中「規定を」とあるのは「規定並びに所得税法等の一部を改正する法律（平成三十年法律第七号）附則第二十五条第一項（法人の返品調整引当金に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条の規定による改正前の法人税法（第六項において「旧効力法」という。）第五十三条第一項（返品調整引当金）及び旧効力令第百一条第二項の規定を」と、同条第六項中「規定と」とあるのは「規定並びに旧効力法第百四十二条第二項（恒久的施設帰属所得に係る所得の金額の計算）の規定により旧効力法第五十三条の規定に準じて計算する場合における旧効力令第百一条第二項の規定と」とする。
3法人が、施行日以後に終了する事業年度（以下この項において「経過措置事業年度」という。）において旧法第五十三条第一項に規定する対象事業に係る棚卸資産の販売を行った場合において、当該経過措置事業年度において返金負債勘定を設けているときは、その返金負債勘定の金額から当該経過措置事業年度において設けている返品資産勘定の金額を控除した金額に相当する金額は、当該法人が当該経過措置事業年度において損金経理（法人税法第七十二条第一項第一号（仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等）又は第百四十四条の四第一項第一号若しくは第二号若しくは第二項第一号（仮決算をした場合の中間申告書の記載事項等）に掲げる金額を計算する場合にあっては、同法第七十二条第一項又は第百四十四条の四第一項若しくは第二項に規定する期間（通算子法人にあっては、同法第七十二条第五項第一号に規定する期間）に係る決算において費用又は損失として経理することをいう。）により返品調整引当金勘定に繰り入れた金額又は当該法人が設けた旧法第五十三条第四項に規定する期中返品調整引当金勘定の金額とみなして、改正法附則第二十五条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十三条第一項及び第四項の規定を適用する。
4改正法附則第二十五条第四項に規定する政令で定める金額は、施行日の属する事業年度において旧法第五十三条第六項の規定又は改正法附則第二十五条第一項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十三条第六項の規定により引継ぎを受けた返品調整引当金勘定の金額又は旧法第五十三条第四項に規定する期中返品調整引当金勘定の金額とする。
（合併による移転資産等の譲渡利益額又は譲渡損失額の計算における原価の額に関する経過措置）
附則新令第百二十三条の二の規定は、施行日後に行われる合併について適用し、施行日以前に行われた合併については、なお従前の例による。
（デリバティブ取引に係る利益相当額又は損失相当額の益金又は損金算入等に関する経過措置）
附則新令第百五十五条の三の三の規定は、連結法人の法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度が施行日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用する。
（控除対象外国法人税の額が減額された部分の金額のうち益金の額に算入するもの等に関する経過措置）
附則新法人税法施行令第二十六条第一項の規定の適用については、同項第二号に規定する控除対象外国法人税の額（新法人税法第六十九条第一項に規定する控除対象外国法人税の額をいう。以下この条において同じ。）が減額された部分とされる金額には旧法人税法施行令第二十五条の規定により個別控除対象外国法人税の額が減額された部分とされる金額及び旧法人税法施行令第百五十五条の十一の二の規定により個別控除対象外国法人税の額又は控除対象外国法人税の額が減額された部分とされる金額を含むものとし、同号に規定する納付控除対象外国法人税額からの控除には旧法人税法施行令第百五十五条の三十五第一項の規定による同項に規定する個別納付控除対象外国法人税額からの控除を含むものとし、同号に規定する控除限度超過額からの控除には同条第三項の規定による同項に規定する個別控除限度超過額からの控除を含むものとする。
（少額の減価償却資産等に関する経過措置）
附則新令第百三十三条及び第百三十三条の二の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする減価償却資産について適用し、法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした減価償却資産については、なお従前の例による。
（移動平均法を適用する有価証券について評価換え等があった場合の一単位当たりの帳簿価額の算出の特例等に関する経過措置）
附則第一条の規定（附則第一条第一号に掲げる改正規定に限る。）による改正後の法人税法施行令（以下「令和八年新令」という。）第百十九条の三第二十八項及び第百十九条の四第一項（令和八年新令第百十九条の三第二十八項に係る部分に限る。）の規定は、令和八年四月一日以後に行われる令和八年新令第百十九条の三第二十八項に規定する交付について適用する。
（特定多国籍企業グループ等に係る報告事項等の提供に関する経過措置）
附則所得税法等の一部を改正する法律（令和八年法律第十二号。次項において「改正法」という。）附則第十六条第一項の規定の適用がある場合における新令第二百十四条第一項から第三項まで及び第七項の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
2前項に定めるもののほか、改正法附則第十六条第一項の規定により読み替えられた改正法第二条の規定による改正後の法人税法第百五十条の三第一項の規定による令和八年一月一日から同年三月三十一日までの間に開始した対象会計年度に係る同項に規定するグループ国際最低課税額等報告事項等の提供に関し必要な事項は、財務省令で定める。