第十三条
機構は、前条第一項第一号の業務を行おうとするときは、政令で定めるところにより、水資源開発基本計画に基づいて事業実施計画を作成し、関係都道府県知事に協議するとともに、主務大臣の認可を受けなければならない。これを変更しようとするときも、同様とする。
2主務大臣は、前項の認可をしようとするときは、あらかじめ、国の関係行政機関の長に協議しなければならない。
3機構は、第一項の規定により事業実施計画を作成し、又は変更しようとするときは、政令で定めるところにより、あらかじめ、当該水資源開発施設を利用して流水を水道若しくは工業用水道の用に供しようとする者（当該事業実施計画の変更に際し、事業からの撤退（当該事業実施計画に係る水資源開発施設を利用して流水を水道又は工業用水道の用に供しようとした者が、その後の事情の変化により当該事業実施計画に係る水資源開発施設を利用して流水を水道又は工業用水道の用に供しようとしなくなることをいう。以下同じ。）をする者を含む。）又は当該事業実施計画に係る水資源開発施設を利用して流水をかんがいの用に供しようとする者の組織する土地改良区の意見を聴くとともに、第二十五条第一項の規定による費用の負担について当該費用の負担をする者の同意を得なければならない。
4土地改良区は、前項の同意をするには、政令で定めるところにより、総会又は総代会の議決を経、かつ、その組合員のうち同項の流水をかんがいの用に供しようとする者（施設の更新のために行う前条第一項第一号の改築の業務で当該改築に係る施設の有している本来の機能の維持を図ることを目的とし、かつ、当該改築に係る施設を利用して現に流水をかんがいの用に供する者の権利又は利益を侵害するおそれがないことが明らかなものとして政令で定める要件に適合するものにあっては、当該現に流水をかんがいの用に供する者を除く。）の三分の二以上の同意を得なければならない。
5主務大臣は、かんがい排水に係る前条第一項第一号の業務（特定施設に係るものを除く。）について第一項の規定による事業実施計画の認可をしたときは、政令で定めるところにより、その旨を公示しなければならない。
6機構は、事業実施計画に基づく事業を廃止しようとするときは、政令で定めるところにより、関係都道府県知事に協議するとともに、主務大臣の認可を受けて、当該事業実施計画を廃止しなければならない。この場合においては、第二項の規定を準用する。
7機構は、前項の規定により事業実施計画を廃止しようとするときは、政令で定めるところにより、あらかじめ、第三項の規定により意見を聴いた者（当該事業実施計画の廃止前に事業からの撤退をした者を除く。）の意見を聴くとともに、第二十五条第二項の規定による費用の負担について当該費用の負担をする者の同意を得なければならない。