第十六条
機構は、水資源開発施設について第十二条第一項第二号の業務を行おうとする場合においては、施設管理規程を作成し、関係都道府県知事（操作を伴う特定施設で政令で定めるもの（以下「操作特定施設」という。）に係る施設管理規程にあっては、政令で定めるところにより、関係都道府県知事又は関係都道府県知事及び関係市町村長）及び当該水資源開発施設の新築又は改築に要する費用について第十三条第三項の規定による同意をした者（事業からの撤退をした者を除く。）に協議するとともに、主務大臣の認可を受けなければならない。これを変更しようとするときも、同様とする。
2機構は、愛知豊川用水施設について第十二条第一項第二号の業務を行おうとする場合においては、施設管理規程を作成し、関係県知事、愛知豊川用水施設を利用して流水を発電、水道又は工業用水道の用に供しようとする者及び愛知豊川用水施設を利用して流水をかんがいの用に供しようとする者の組織する土地改良区に協議するとともに、主務大臣の認可を受けなければならない。これを変更しようとするときも、同様とする。
3前二項の施設管理規程には、政令で定める事項（操作特定施設、河川法第四十四条に規定するダム（以下「利水ダム」という。）その他操作を伴う施設に係るものにあっては、政令で定める操作に関する事項を含む。）を定めなければならない。
4主務大臣は、第一項又は第二項の認可をしようとするときは、あらかじめ、国の関係行政機関の長に協議しなければならない。
5主務大臣は、第一項又は第二項の認可をしようとする場合において、当該施設管理規程が利水ダムに係るものであるときは、あらかじめ、河川管理者に協議しなければならない。
6河川管理者は、操作特定施設又は利水ダムに係る施設管理規程の操作に関する事項についての定めによっては、当該操作特定施設若しくは利水ダムに関する工事又は河川の状況の変化その他当該河川に関する特別の事情により、河川管理上支障を生ずると認める場合においては、当該操作に関する事項の変更を要請することができる。
7河川管理者は、前項の要請をしようとする場合において、当該施設管理規程が利水ダムに係るものであるときは、あらかじめ、主務大臣に協議しなければならない。
8機構は、河川管理者から第六項の規定による要請があったときは、速やかに、その要請に応じなければならない。