第二十一条
法第二十一条第一項の交付金の額は、特定施設の新築又は改築に要する費用で前条に規定するものの額（機構が納める義務がある消費税及び地方消費税に相当する額を除くほか、次に掲げる額が含まれるときは、当該額を控除した額）に、洪水調節、高潮防御、かんがいその他流水の正常な機能の維持と増進のための用途（以下「治水関係用途」という。）に係る特定多目的ダム方式負担割合を乗じて得た額及びその額に対応する前条の利息の額（法第二十四条第一項に規定する者が負担すべきものが含まれるときは、その部分を控除した額）とする。
- 一本工事費、附帯工事費、用地費又は補償費に係る前条の利息の額
- 二当該特定施設の新築又は改築に関する事業が縮小された場合における当該事業の縮小に係る不要支出額（前号に掲げる額を除く。）
- 三
- 四法第二十七条の規定により機構が負担させる費用の額
- 五
- 六当該特定施設のうち発電に係る部分の新築又は改築を機構に委託した者が負担すべき費用の額
2特定施設の新築又は改築に関する事業が縮小された場合（治水関係用途に係る部分の縮小に伴う場合に限る。）における法第二十一条第一項の交付金の額は、前項の規定にかかわらず、同項の規定により算出した額に、次の各号に掲げる場合の区分に応じて、当該各号に定める額を加えた額とする。ただし、これにより算出することが著しく公平を欠くと認められるときは、国土交通大臣が関係行政機関の長と協議して定める方法により算出した額とすることができる。
- 一治水関係用途に係る部分の縮小のみがあった場合次に掲げる額を合算した額及びその額に対応する前条の利息の額（法第二十四条第一項に規定する者が負担すべきものが含まれるときは、その部分を控除した額）
- イ当該事業の縮小に係る不要支出額（前条の利息があるときは、当該利息の額を控除した額）
- ロ当該事業の縮小後において、流水を水道又は工業用水道の用に供する者の当該特定施設に係る費用の負担についての第三十条第一項第二号に掲げる額に当該者に当該特定施設を利用させることにつき課されるべき消費税に相当する額及び当該課されるべき消費税の額を課税標準として課されるべき地方消費税に相当する額の合計額からその額に含まれる機構が納める義務がある消費税及び地方消費税に相当する額を控除した額を加えた額が、当該者の投資可能限度額を超える場合にあっては当該超える額（当該投資可能限度額を超える者が二以上あるときは、当該超える額の合計額）、当該投資可能限度額を超えない場合にあっては零
- イ
- 二
3特定施設の新築又は改築に関する事業が縮小された場合（水道若しくは工業用水道に係る部分の縮小又は事業からの撤退に伴う場合に限る。）において、治水関係用途について第一項の規定により算出した額（前条の利息があるときは、当該利息の額を控除した額）が、当該用途に係る投資可能限度額（治水関係用途に係る部分の縮小があったときは、当該用途に係る部分の縮小がないものと仮定した場合における当該用途に係る投資可能限度額）を超える場合には、法第二十一条第一項の交付金の額は、前二項の規定にかかわらず、これらの規定により算出した額から、当該超える額及びその額に対応する前条の利息の額（法第二十四条第一項に規定する者が負担すべきものが含まれるときは、その部分を控除した額）に相当する額を控除した額とする。
4法第二十四条第一項の負担金について同項に規定する者が負担すべき利息がある場合における法第二十一条第一項の交付金の額は、前三項の規定にかかわらず、これらの規定により算出した額に当該利息の額を加えた額とする。
5特定施設の新築又は改築に関する事業が廃止された場合における法第二十一条第一項の交付金の額は、前各項の規定にかかわらず、特定施設の新築又は改築に要した費用（当該事業の廃止に伴い追加的に必要となる費用を含む。）で前条に規定するものの額（次に掲げる額が含まれるときは、当該額を控除した額）に、治水関係用途に係る特定多目的ダム方式負担割合を乗じて得た額及びその額に対応する同条の利息の額並びに法第二十四条第一項に規定する者が負担することとされていた利息の額とする。ただし、これにより算出することが著しく公平を欠くと認められるときは、国土交通大臣が関係行政機関の長と協議して定める方法により算出した額とすることができる。
- 一本工事費、附帯工事費、用地費又は補償費に係る前条の利息の額
- 二当該事業の廃止前に事業からの撤退をした者がある場合において、当該者の当該特定施設に係る費用の負担について第三十条第二項の規定により算出した額（前号に掲げる額を除く。）
- 三
- 四当該特定施設のうち発電に係る部分の新築又は改築を機構に委託した者が負担すべき費用の額
6機構が承継した国の水資源開発事業に係る法第二十一条第一項の交付金の額は、前各項の規定にかかわらず、これらの規定により算出した額から、当該機構が承継した国の水資源開発事業を行うにつき国が要した費用で治水関係用途に係るものの額を控除した額とする。
7法第二十一条第一項の交付金は、当該特定施設の新築又は改築が完了するまでの間（当該特定施設の新築又は改築に関する事業が廃止されたときは、その廃止に伴う追加的な工事が完了するまでの間）において、毎年度、国土交通大臣の定めるところにより機構に交付するものとする。ただし、当該交付金の額のうち法第二十四条第一項の規定により同項に規定する者が負担すべき費用の額に相当する金額については、同条第二項の規定による都道府県知事の納付の状況に応じて、別に国土交通大臣が財務大臣に協議して定めるところによる。