主務大臣は、当分の間、第三十四条第二項(第三十九条第四項において準用する場合を含む。)の規定にかかわらず、水資源開発公団法施行令の一部を改正する政令(平成二年政令第三百十八号。次項において「平成二年改正令」という。)の施行の際現に公団が行っていたかんがい排水等施設の新築又は改築の工事であって法附則第二条第一項の規定により機構が承継して行うものにつきその一部が完了した場合において、当該新築又は改築の工事に係る土地改良区負担金及び法第二十六条第一項の規定により都道府県に負担させる負担金のうちその完了した工事の部分に応ずる負担金の部分を当該新築又は改築の工事が完了する以前に負担させることが適当であると認めるときは、当該新築又は改築の工事の一部が完了した年度の翌年度以降の年度を当該負担金の部分についての支払期間の始期として指定することができる。この場合には、主務大臣は、あらかじめ、当該土地改良区及び当該都道府県の同意を得なければならない。
2都道府県は、当分の間、第三十九条第五項の規定にかかわらず、平成二年改正令の施行の際現に公団が行っていたかんがい排水等施設の新築又は改築の工事であって法附則第二条第一項の規定により機構が承継して行うものにつきその一部が完了した場合において、当該新築又は改築の工事に係る法第二十六条第二項の規定により市町村に負担させる負担金のうちその完了した工事の部分に応ずる負担金の部分を当該新築又は改築の工事が完了する以前に負担させることが適当であると認めるときは、当該新築又は改築の工事の一部が完了した年度の翌年度以降の年度を当該負担金の部分についての支払期間の始期として指定することができる。この場合には、当該都道府県は、あらかじめ、当該市町村の同意を得なければならない。