第九十九条
沖縄振興計画に基づいて行う二級河川の改良工事、維持又は修繕で、沖縄の振興のため特に必要があるものとして国土交通大臣が内閣総理大臣に協議して指定した区間に係るものは、河川法（昭和三十九年法律第百六十七号）第十条の規定にかかわらず、国土交通大臣が行うことができる。
2前項の指定は、沖縄県知事の申請に基づいて行うものとする。
3国土交通大臣は、第一項の規定により二級河川の改良工事、維持又は修繕を行う場合においては、政令で定めるところにより、沖縄県知事に代わってその権限を行うものとする。
4第一項の規定により国土交通大臣が行う河川の改良工事、維持又は修繕に要する費用については、国は、政令で定めるところにより、河川法に規定する負担割合以上の負担を行うことができる。
5前項の規定により国がその費用の一部を負担することとなる場合においては、沖縄県は、政令で定めるところにより、その残額を負担する。
6第一項の規定により国土交通大臣が自ら新築するダムについては、特定多目的ダム法（昭和三十二年法律第三十五号）第二条第一項中「河川法第九条第一項」とあるのは「沖縄振興特別措置法（平成十四年法律第十四号）第九十九条第一項」と、同法第八条中「河川法第六十条第一項」とあるのは「沖縄振興特別措置法第九十九条第五項」と、「同法第六十条第一項に定める都道府県の負担割合」とあるのは「一から同法第九十九条第四項の政令で定める国の負担割合を控除した割合」と読み替えて、同法の規定を適用する。
7国土交通大臣は、河川法第十条の規定にかかわらず、前項の規定により特定多目的ダム法の適用を受けるダムの管理を行うことができる。
8前項の規定により国土交通大臣が管理するダムの管理に要する費用のうち、河川法第五十九条の規定により沖縄県が負担すべきものについては、国は、同条の規定にかかわらず、政令で定めるところにより、その一部を負担することができる。
9第五項の規定は、前項の場合について準用する。