（治水特別会計の歳入及び歳出の特例等）
河川法附則第五項若しくは第六項、砂防法第五十二条第一項若しくは第二項、地すべり等防止法附則第八条第一項、旧水公団法附則第九条第一項若しくは第十条第一項、独立行政法人水資源機構法附則第五条第一項、土地区画整理法附則第二項又は民間都市開発の推進に関する特別措置法附則第十五条第一項の規定による無利子の貸付け（旧水公団法附則第九条第一項の規定による無利子の貸付けにあっては旧水公団法第十八条第一項第一号及び第二号に掲げる事業（治水関係災害復旧事業関係事業に該当するものを除く。）で旧水公団法第五十五条第二号に規定する施設に係るものに要する費用に係るものに、土地区画整理法附則第二項又は民間都市開発の推進に関する特別措置法附則第十五条第一項の規定による無利子の貸付けにあっては附則第百三条第二項第一号から第三号までに掲げる事業（治水関係災害復旧事業関係事業に該当するものを除く。）に要する費用に係るものに限る。以下この条において同じ。）に関する経理は、この法律の施行の日から平成十九年度の末日までの間、第百九十八条第一項並びに附則第四十九条第一項及び第百三条第一項の規定にかかわらず、治水特別会計において行うものとする。
2前項の規定により同項に規定する経理を治水特別会計において行う場合又は社会資本整備特別措置法第七条第六項の規定により産業投資特別会計の社会資本整備勘定から治水特別会計に繰入れを行う場合における附則第百六条及び第百八条の規定の適用については、附則第百六条第一項第一号イ中「一般会計からの繰入金」とあるのは「附則第百八条第一項又は第百十三条第六項の規定による一般会計からの繰入金及び社会資本整備特別措置法第七条第五項又は第六項の規定による産業投資特別会計の社会資本整備勘定からの繰入金」と、同号ヘ中「納付金」とあるのは「納付金及び河川法附則第五項若しくは第六項、砂防法第五十二条第一項若しくは第二項、地すべり等防止法附則第八条第一項、旧水公団法附則第九条第一項若しくは第十条第一項、独立行政法人水資源機構法附則第五条第一項、土地区画整理法附則第二項又は民間都市開発の推進に関する特別措置法附則第十五条第一項の規定による貸付金の償還金」と、同項第二号ニ中「交付金」とあるのは「交付金及び河川法附則第五項若しくは第六項、砂防法第五十二条第一項若しくは第二項、地すべり等防止法附則第八条第一項、独立行政法人水資源機構法附則第五条第一項、土地区画整理法附則第二項又は民間都市開発の推進に関する特別措置法附則第十五条第一項の規定による貸付金」と、同号ト中「一般会計への繰入金」とあるのは「附則第百十条の規定による一般会計への繰入金及び附則第百十三条第三項から第五項まで又は第七項の規定による産業投資特別会計の社会資本整備勘定への繰入金」と、同条第二項第一号イ中「一般会計からの繰入金」とあるのは「附則第百八条第二項又は第百十三条第六項の規定による一般会計からの繰入金及び社会資本整備特別措置法第七条第六項の規定による産業投資特別会計の社会資本整備勘定からの繰入金」と、同項第二号ハ中「一般会計への繰入金」とあるのは「附則第百十条の規定による一般会計への繰入金及び附則第百十三条第五項又は第七項の規定による産業投資特別会計の社会資本整備勘定への繰入金」と、附則第百八条第一項中「）に要する費用」とあるのは「）に要する費用（社会資本整備特別措置法第七条第六項の規定により産業投資特別会計の社会資本整備勘定から治水勘定に繰り入れられる金額をもって充てるものを除く。）」と、「事務費、同項第四号」とあるのは「事務費（社会資本整備特別措置法第七条第六項の規定により産業投資特別会計の社会資本整備勘定から治水勘定に繰り入れられる金額をもって充てるものを除く。）、附則第百三条第三項第四号」と、同条第二項中「費用」とあるのは「費用（社会資本整備特別措置法第七条第六項の規定により産業投資特別会計の社会資本整備勘定から特定多目的ダム建設工事勘定に繰り入れられる金額をもって充てるものを除く。）」とする。
3治水勘定において河川法附則第五項若しくは第六項、砂防法第五十二条第一項若しくは第二項、地すべり等防止法附則第八条第一項、旧水公団法附則第九条第一項若しくは第十条第一項、独立行政法人水資源機構法附則第五条第一項、土地区画整理法附則第二項又は民間都市開発の推進に関する特別措置法附則第十五条第一項の規定による無利子の貸付金の償還（返還を含む。以下この項において同じ。）を受けた場合においては、当該償還の日の属する年度に、当該貸付金の償還金（返還金を含む。）に相当する金額を、同勘定から産業投資特別会計の社会資本整備勘定に繰り入れるものとする。
4社会資本整備特別措置法第七条第五項の規定により産業投資特別会計の社会資本整備勘定から治水勘定に繰り入れられた繰入金の額が、当該年度における河川法附則第五項若しくは第六項、砂防法第五十二条第一項若しくは第二項、地すべり等防止法附則第八条第一項、旧水公団法附則第十条第一項、独立行政法人水資源機構法附則第五条第一項、土地区画整理法附則第二項又は民間都市開発の推進に関する特別措置法附則第十五条第一項の規定による無利子の貸付金の合計額を超過する場合においては、当該超過額に相当する金額は、翌年度において社会資本整備特別措置法第七条第五項の規定による産業投資特別会計の社会資本整備勘定からの繰入金額から減額し、なお残余があるときは、翌々年度までに治水勘定から産業投資特別会計の社会資本整備勘定に繰り入れるものとする。
5社会資本整備特別措置法第七条第六項の規定により産業投資特別会計の社会資本整備勘定から治水勘定又は特定多目的ダム建設工事勘定に繰入れを行った場合においては、当該繰入金を治水勘定又は特定多目的ダム建設工事勘定に繰り入れた会計年度及びこれに続く五箇年度以内に、当該繰入金に相当する金額（第七項の規定により繰入れを行った場合においては、当該繰入金に相当する金額を控除した金額）に達するまでの金額を、予算で定めるところにより、治水勘定又は特定多目的ダム建設工事勘定から産業投資特別会計の社会資本整備勘定に繰り入れるものとする。
6附則第六十七条第三項において読み替えて適用する第六条（以下「読替え後の第六条」という。）の規定にかかわらず、前項の規定により繰入れを行う場合には、同項の繰入金に相当する金額を、一般会計から治水勘定又は特定多目的ダム建設工事勘定に繰り入れるものとする。
7社会資本整備特別措置法第七条第六項の規定により産業投資特別会計の社会資本整備勘定から治水勘定又は特定多目的ダム建設工事勘定に繰り入れられた繰入金の額が、同項に規定する当該公共的建設事業であって治水勘定又は特定多目的ダム建設工事勘定において経理されるものの当該年度において要した費用（当該年度において国が負担した費用に限る。）を超過する場合においては、当該超過額に相当する金額は、翌年度において同項の規定による産業投資特別会計の社会資本整備勘定の繰入金額から減額し、なお残余があるときは、翌々年度までに治水勘定又は特定多目的ダム建設工事勘定から産業投資特別会計の社会資本整備勘定に繰り入れるものとする。