（船内の日常生活に伴い生ずるふん尿等の種類及び排出基準）
第三条
法第十条第二項第一号の政令で定めるふん尿等は、別表第二上欄に掲げるふん尿等とする。
2法第十条第二項第一号の排出海域及び排出方法に関し政令で定める基準は、別表第二上欄に掲げる船舶及びふん尿等の区分に応じ、それぞれ同表中欄に掲げる排出海域ごとにそれぞれ同表下欄に掲げる排出方法によることとする。
3前項の規定にかかわらず、公用に供する潜水船であつてその構造上当該船舶について同項の基準を適用することが困難であると認めて国土交通大臣が指定するものからのふん尿等については、海面下に排出することができる。
4前二項の基準に従つてする排出は、できる限り、海岸から離れて少量ずつ行い、かつ、当該ふん尿等が速やかに海中において拡散するように必要な措置を講じて行うよう努めなければならない。
5別表第二第二号の表第一号から第四号までの上欄に掲げるふん尿等を第二項の基準に従つて排出する場合においても、できる限り氷の密接度が国土交通省令で定める密接度以上である海域（同表第三号及び第四号上欄に掲げるふん尿等を同項の基準に従つて排出する場合にあつては、領海の基線、氷棚、定着氷及び氷の密接度が国土交通省令で定める密接度以上である海域）から離れて行うよう努めなければならない。
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（海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律施行令の一部改正に伴う経過措置）
附則この政令の施行の際現に第二条の規定による改正前の海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律施行令別表第三第三号上欄に規定する廃棄物の処理及び清掃に関する法律施行令第三条第四号イ（２）に掲げる廃棄物の排出を行っている者に係る同表第三号上欄に規定する同条第四号イ（２）に掲げる廃棄物の排出については、海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律施行令別表第三の規定にかかわらず、この政令の施行の日から起算して五年を経過する日までの間は、なお従前の例による。
（船級協会等の登録の有効期間）
改正法附則第六条第三項及び第十二条第四項において準用する船舶安全法第二十五条の四十八第一項の政令で定める期間については、船舶安全法施行令（昭和九年勅令第十三号）第三条の規定を準用する。
（罰則に関する経過措置）
附則この政令の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
施行日前に海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律（次条において「法」という。）第九条の六第三項の規定により査定されている物質に係る当該査定（次条第二項の規定による査定を除く。）は、施行日にその効力を失う。
（手数料の納付を要しない独立行政法人）
改正法附則第二条第四項の政令で定める独立行政法人は、独立行政法人水産大学校、独立行政法人水産総合研究センター、独立行政法人航海訓練所及び独立行政法人国立高等専門学校機構とする。
（改正法附則第二条第一項の政令で定める要件）
改正法附則第二条第一項の政令で定める要件は、次の各号に掲げる区分に応じ、それぞれ当該各号に定める要件とする。
- 一
特定水バラスト交換（改正法附則第二条第一項に規定する特定水バラスト交換をいう。以下この条において同じ。）を行うための有害水バラスト排出（同項に規定する有害水バラスト排出をいう。以下この条において同じ。）次の表の上欄に掲げる特定水バラスト交換を行う水域の区分ごとに、それぞれ同表の下欄に掲げる要件
- 二
特定水バラスト交換を行った後新たに水バラストを積み込むことなく行う有害水バラスト排出次の表の上欄に掲げる特定水バラスト交換を行った水域の区分ごとに、それぞれ同表の下欄に掲げる要件