この法律の規定（第十一章の二、第百十三条第三項、第百三十条の二、第百三十条の三、第百三十一条（第六号に係る部分に限る。）及び第百三十五条第一項（第百三十条の二、第百三十条の三又は第百三十一条第六号の違反行為に係る部分に限る。）を除く。）及びこの法律に基づく命令の規定（第十一章の二の規定に基づく命令の規定を除く。）のうち、船舶所有者に関する規定は、船舶共有の場合には船舶管理人に、船舶貸借の場合には船舶借入人に、船舶所有者、船舶管理人及び船舶借入人以外の者が船員を使用する場合にはその者にこれを適用する。
2第十一章の二、第百十三条第三項、第百三十条の二、第百三十条の三、第百三十一条（第六号に係る部分に限る。）及び第百三十五条第一項（第百三十条の二、第百三十条の三又は第百三十一条第六号の違反行為に係る部分に限る。）の規定並びに第十一章の二の規定に基づく命令の規定のうち、船舶所有者に関する規定は、船舶共有の場合には船舶管理人に、船舶貸借の場合には船舶借入人にこれを適用する。
第八十二条の規定の改正により新たに医師を乗り組ますべきこととなつた船舶であつて、この法律の施行の際現に航海中であるものについては、改正後の同条の規定にかかわらず、当該航海が終了するまでは、医師を乗り組ませることを要しない。
前三条に定めるもののほか、この法律の施行に関して必要となる経過措置（罰則に関する経過措置を含む。）は、政令で定めることができる。
この法律の施行の際現に旧法第七十三条の命令の規定により小型船の船内に備え置かれている帳簿は、新法第六十七条第一項の規定による帳簿とみなす。
2この法律の施行の際現に旧法第七十三条の命令の規定により備え置かれている休日付与簿は、新法第六十七条第二項の規定による休日付与簿とみなす。
船舶所有者は、施行日前においても、新船員法第六十四条の二の協定を国土交通大臣に届け出ることができる。
政府は、この法律の施行後適当な時期において、新海上運送法及び新船員法の施行の状況を勘案し、必要があると認めるときは、これらの法律の規定について検討を加え、その結果に基づいて必要な措置を講ずるものとする。
発効日前に建造された新法第百条の二第一項に規定する特定船舶についての同項の規定の適用については、同項中「初めて」とあるのは、「二千六年の海上の労働に関する条約が日本国について効力を生ずる日以後初めて」とする。
行政庁の処分その他の行為又は不作為についての不服申立てであってこの法律の施行前にされた行政庁の処分その他の行為又はこの法律の施行前にされた申請に係る行政庁の不作為に係るものについては、この附則に特別の定めがある場合を除き、なお従前の例による。
附則第一条第四号に掲げる改正規定による改正後の船員法（以下この条において「第四号新船員法」という。）第百条の三第三項の規定は、当該改正規定の施行の日以後に第四号新船員法第百条の二第一項後段の検査を受けた同項に規定する特定船舶について適用する。
刑法等の一部を改正する法律（令和四年法律第六十七号）の施行の日（以下この条及び附則第七条において「刑法施行日」という。）の前日までの間における新海上運送法第四十八条の二及び第四条の規定による改正後の船員法第百三十一条の二の規定の適用については、これらの規定中「拘禁刑」とあるのは、「懲役」とする。刑法施行日以後における刑法施行日前にした行為に対するこれらの規定の適用についても、同様とする。
第一条の規定（附則第一条第二号に掲げる改正規定に限る。）による改正後の船員法第十三条の二の規定は、輸送中のコンテナが同号に掲げる規定の施行の日以後に海中に転落した場合について適用する。