第四十条
法第二十六条第一項の規定により都道府県に負担させる負担金で水資源開発施設の管理又は災害復旧工事に係るものの額は、次の式により算出した額に百分の五十（当該都道府県が、当該管理又は災害復旧工事についての法第二十五条第一項の規定による負担金を負担する土地改良区でその地区が当該都道府県の区域内にあるものと協議して別に割合を定めて機構に申し出たときは、その申し出た割合）を乗じて得た額及びその額に対応する第三十五条第一項の利息の額とする。
2前項の災害復旧工事等都道府県農業分担割合は、当該水資源開発施設の新築又は改築に要する費用の額（機構が納める義務がある消費税及び地方消費税に相当する額を除くほか、次に掲げる額が含まれるときは、当該額を控除した額）に対する当該都道府県に係る第三十三条第一項の都道府県農業分担額の割合とする。ただし、その割合によることが、当該水資源開発施設に係る他の用途との関係において著しく公平を欠くと認められるときは主務大臣が関係行政機関の長と協議して別に定める割合、法第二十六条第一項の規定により当該水資源開発施設の管理又は災害復旧工事に要する費用を負担すべき他の都道府県との関係において著しく公平を欠くと認められるときは主務大臣が関係都道府県知事の意見を聴いて別に定める割合とする。
- 一当該水資源開発施設の新築又は改築に要する費用に係る第二十九条の利息の額
- 二当該水資源開発施設の新築又は改築に関する事業が縮小された場合における当該事業の縮小に係る不要支出額（前号に掲げる額を除く。）
- 三当該水資源開発施設の新築又は改築に関する事業に事業からの撤退をした者がある場合において、当該者の当該水資源開発施設に係る費用の負担について第三十条第二項の規定により算出した額（第一号に掲げる額を除く。）
- 四法第二十七条の規定により機構が負担させる費用の額
3第三十四条第一項から第三項までの規定は、第一項の都道府県の負担金の支払方法について準用する。この場合において、同条第一項ただし書中「当該負担金を負担する土地改良区」とあり、及び同条第三項中「土地改良区負担金を負担する土地改良区」とあるのは、「第四十条第一項の負担金を負担する都道府県」と読み替えるものとする。
4法第二十六条第二項の規定により市町村に負担させる負担金で水資源開発施設の管理又は災害復旧工事に係るものは、前項の都道府県の支払方法に準拠して支払わせるものとする。