法第三条第三項第十号の政令で定める事業主掛金に相当する部分は、当該企業型年金を実施する同項第一号に規定する事業主（附則第二条第四項を除き、以下単に「事業主」という。）が拠出した事業主掛金の額（次の各号に掲げる者に係る事業主掛金の額を除く。）とする。ただし、当該事業主に資産を返還する日における個人別管理資産額（当該各号に掲げる者に係る個人別管理資産額を除き、法第二十一条の二第一項の規定により企業型年金加入者掛金を納付した者又は法第五十四条第一項、第五十四条の二第一項若しくは第八十条第一項から第三項までの規定により資産が移換された者にあっては、当該個人別管理資産額のうち当該事業主掛金を原資とする部分の額に限る。）がこの項本文に規定する事業主掛金の額より少ないときは、当該個人別管理資産額とする。
法第四条第一項第二号（法第五条第四項において準用する場合を含む。）の政令で定める年金制度は、平成二十四年三月三十一日（以下この条において「適用終了日」という。）までの間、第四条に規定する確定給付企業年金のほか、法人税法附則第二十条第三項に規定する適格退職年金契約（以下この条において「適格退職年金契約」という。）に基づく年金制度とする。
2法第二十条の政令で定める額は、適用終了日までの間、企業型年金加入者であって当該企業型年金の事業主が締結している適格退職年金契約に係る法人税法施行令（昭和四十年政令第九十七号）附則第十六条第一項第二号に規定する受益者等（以下この条において「受益者等」という。）のうち、当該事業主が当該適格退職年金契約に基づき同号に規定する掛金等の払込みを行っているものについては、二万五千五百円とする。
3法第五十四条第一項の規定による資産の移換の受入れは、適用終了日までの間、第二十二条第一項各号に掲げる資産のほか、当該実施事業所の事業主が締結している適格退職年金契約の全部又は一部を解除することにより事業主に返還される資産であって資産管理機関に移換するもの（法人税法施行令附則第十六条第一項第七号ハに規定する過去勤務債務等の現在額がない場合において返還されたものに限るものとし、当該適格退職年金契約に係る受益者等が、その者が負担した同項第二号に規定する掛金等を原資とする部分（以下この項において「本人負担分」という。）の移換に同意しない場合にあっては、当該本人負担分を除く。）について行うものとする。この場合において、当該資産の移換の受入れを行う日は、当該資産の移換に伴い当該適格退職年金契約の全部又は一部が解除される日の属する月の翌々月の末日以前の企業型年金規約で定める日とする。
4法第六十二条第一項第二号の政令で定める者は、適用終了日までの間、第三十五条各号に掲げる者のほか、適格退職年金契約に係る受益者等（事業主が当該適格退職年金契約に基づき法人税法施行令附則第十六条第一項第二号に規定する掛金等の払込みを行っているものに限る。）とする。
この政令の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
この政令の施行の日（以下この条において「施行日」という。）の前日において企業型年金加入者（確定拠出年金法（平成十三年法律第八十八号）第二条第八項に規定する企業型年金加入者をいう。）である者に係る企業型年金加入者掛金（同法第三条第三項第七号の二に規定する企業型年金加入者掛金をいう。）の額の施行日における変更については、当該企業型年金加入者掛金の拠出の方法の変更を伴う場合に限り、第一条の規定による改正後の確定拠出年金法施行令（次項において「新令」という。）第六条第五号の規定は、適用しない。
2施行日の前日において個人型年金加入者（確定拠出年金法第二条第十項に規定する個人型年金加入者をいう。）である者に係る個人型年金加入者掛金（同法第五十五条第二項第四号に規定する個人型年金加入者掛金をいう。）の額の施行日における変更については、当該個人型年金加入者掛金の拠出の方法の変更を伴う場合に限り、新令第二十九条第三号の規定は、適用しない。