国土交通大臣は、第三条の許可の申請が次に掲げる基準に適合していると認めるときでなければ、同条の許可をしてはならない。
附則第二条から前条までの規定により第三条又は第三十五条第一項の許可を受けたものとみなされる者であって、これらの規定により一般貨物自動車運送事業又は特定貨物自動車運送事業について、それぞれ二以上の許可を受けたものとみなされるものについては、当該二以上の許可を一の許可とみなして、この法律の規定を適用する。
この法律の施行の際現に船舶運航事業者の行う運送に係る第一種利用運送事業について旧貨物取扱法第三十五条第一項の許可を受け、かつ、貨物自動車運送事業者の行う運送に係る第一種利用運送事業についての旧貨物取扱法第三条第一項の許可又は旧貨物自動車法第三条の許可を受けている者であって新貨物利用運送法第二条第八項の第二種貨物利用運送事業に該当する事業を経営しているものは、当該許可に係る事業の範囲内において、施行日に新貨物利用運送法第四十五条第一項の許可を受けたものとみなす。
2前項の規定により新貨物利用運送法第四十五条第一項の許可を受けたものとみなされる者については、当該事業に係る旧貨物取扱法第三十五条第四項の事業計画（新貨物利用運送法第四十五条第三項に規定する事項に相当する事項に係る部分に限る。）及び旧貨物取扱法第四条第一項第三号の事業計画（新貨物利用運送法第四十五条第三項に規定する事項に相当する事項に係る部分に限る。）又は旧貨物自動車法第四条第一項第二号の事業計画（新貨物利用運送法第四十五条第三項に規定する事項に相当する事項に係る部分に限る。）を新貨物利用運送法第四十五条第三項の事業計画とみなして、新貨物利用運送法の規定を適用する。
3国土交通大臣は、前項の場合において、新貨物利用運送法第四十五条第三項に規定する事項の一部の事項について旧貨物取扱法第三十五条第四項の事業計画及び旧貨物取扱法第四条第一項第三号の事業計画又は旧貨物自動車法第四条第一項第二号の事業計画にこれに相当する事項の記載がないときその他必要があると認めるときは、当該許可を受けたものとみなされる者に対し、施行日から一年を経過する日までの間に限り、国土交通省令で定めるところにより、新貨物利用運送法第四十五条第三項の事業計画に追加する必要があると認められる事項を記載した届出書の提出を求めることができる。この場合において、当該届出書の提出があったときは、新貨物利用運送法第四十六条第一項、第二項、第四項及び第五項中「事業計画」とあるのは、「事業計画（鉄道事業法等の一部を改正する法律附則第六条第三項に規定する届出書を含む。）」とする。
この法律（附則第一条各号に掲げる規定については、当該各規定）の施行前にした行為及び附則第四条の規定によりなお従前の例によることとされる場合における同条の規定の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
この法律による改正前の法律の規定により不服申立てに対する行政庁の裁決、決定その他の行為を経た後でなければ訴えを提起できないこととされる事項であって、当該不服申立てを提起しないでこの法律の施行前にこれを提起すべき期間を経過したもの（当該不服申立てが他の不服申立てに対する行政庁の裁決、決定その他の行為を経た後でなければ提起できないとされる場合にあっては、当該他の不服申立てを提起しないでこの法律の施行前にこれを提起すべき期間を経過したものを含む。）の訴えの提起については、なお従前の例による。
2この法律の規定による改正前の法律の規定（前条の規定によりなお従前の例によることとされる場合を含む。）により異議申立てが提起された処分その他の行為であって、この法律の規定による改正後の法律の規定により審査請求に対する裁決を経た後でなければ取消しの訴えを提起することができないこととされるものの取消しの訴えの提起については、なお従前の例による。
3不服申立てに対する行政庁の裁決、決定その他の行為の取消しの訴えであって、この法律の施行前に提起されたものについては、なお従前の例による。
施行日が成年被後見人等の権利の制限に係る措置の適正化等を図るための関係法律の整備に関する法律（令和元年法律第三十七号）附則第一条第一号に掲げる規定の施行の日前である場合には、同法第百四十九条第六号中「第五条第三号」とあるのは、「第五条第七号」とする。
この法律の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
この法律（附則第一条第二号に掲げる規定については、当該規定）の施行前にした行為及び附則第三条の規定によりなお従前の例によることとされる場合におけるこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
第二号施行日が流通業務の総合化及び効率化の促進に関する法律及び貨物自動車運送事業法の一部を改正する法律（令和六年法律第二十三号）附則第一条第五号に掲げる規定の施行の日前である場合には、同日の前日までの間における第一条の規定による改正後の貨物自動車運送事業法第三十七条第一項及び第三十七条の二第三項の規定の適用については、同法第三十七条第一項の表以外の部分中「及び第二項並びに」とあるのは「及び」と、「並びに第二十四条の四第一項及び第二項」とあるのは「及び第二十四条の四第一項」と、同項の表第二十四条の二第一項及び第三項、第二十四条の三第一項及び第三項並びに第二十四条の四第二項から第四項までの項中「から第四項まで」とあるのは「及び第三項」と、同法第三十七条の二第三項の表以外の部分中「並びに第二十四条の四第一項及び第二項」とあるのは「及び第二十四条の四第一項」と、同項の表第二十四条の二第一項及び第三項、第二十四条の三第一項及び第三項並びに第二十四条の四第二項から第四項までの項中「から第四項まで」とあるのは「及び第三項」とする。