（旧法の規定による出願に関する経過措置）
附則この法律の施行の際現に改正前の種苗法（以下「旧法」という。）第七条第一項の規定による登録の出願がされている品種については、当該出願の日に新法第五条第一項の品種登録出願がされたものとみなす。この場合において、新法第四条第二項中「品種登録出願の日から一年さかのぼった日前」とあるのは「品種登録出願の日前」と、新法第十三条第一項中「品種登録出願を受理したとき」とあるのは「この法律が施行されたとき」と、新法第十七条第一項中「該当するとき」とあるのは「該当するとき又はその出願品種が種苗法（昭和二十二年法律第百十五号）第一条の二第一項に規定する農林水産植物の種類に属する品種でないとき」と読み替えるものとする。
2農林水産大臣は、新法の適用上必要と認められる範囲内において、前項の規定により新法第五条第一項の品種登録出願がされたものとみなされた品種についての出願者に対し、相当の期間を指定して、品種登録出願の補正をすべきことを命ずることができる。この場合において、新法第十二条第二項中「前項」とあるのは「附則第三条第二項」と、新法第十三条第一項中「品種登録出願を受理したとき（前条第一項」とあるのは「この法律が施行されたとき（附則第三条第二項」と読み替えるものとする。
新法第三十四条第一項及び第三十九条の規定は、この法律の施行前に、第二審である高等裁判所又は地方裁判所における口頭弁論が終結した事件及び簡易裁判所の判決又は地方裁判所が第一審としてした判決に対して上告をする権利を留保して控訴をしない旨の合意をした事件については、適用しない。
2新法第四十条から第四十二条までの規定は、この法律の施行前に、訴訟の完結した事件、第二審である高等裁判所又は地方裁判所における口頭弁論が終結した事件及び簡易裁判所の判決又は地方裁判所が第一審としてした判決に対して上告をする権利を留保して控訴をしない旨の合意をした事件については、適用しない。
（輸出等の行為に係る制限の届出等に関する経過措置）
附則この法律の施行の際現に旧法第五条第一項の規定による品種登録の出願をしている者及び旧法第十八条第一項の規定による品種登録を受けている者は、新法第二十一条の二第一項の規定にかかわらず、施行日から起算して六月を経過する日までの間に限り、同項（第一号に係る部分に限る。）の規定による届出をすることができる。
2前項の届出が種苗法第十三条第一項の規定による公示後旧法第十八条第三項の規定による公示前にされた場合における新法第二十一条の二第三項の規定の適用については、同項中「第十三条第一項又は」とあるのは「直ちに、当該出願品種に係る第十三条第一項第一号から第四号までに掲げる事項及び当該届出に係る事項を公示するとともに、」と、「これらの公示と併せて、それぞれ第十三条第一項第一号から第四号までに掲げる事項及び当該届出に係る事項（前項の規定による届出があった場合には、当該届出に係る変更後の事項。以下この項及び次項並びに第二十一条の四第三項において同じ。）又は第十八条第二項第一号」とあるのは「当該公示と併せて同条第二項第一号」とする。
3第一項の届出が旧法第十八条第三項の規定による公示後にされた場合における新法第二十一条の二第三項及び第四項の規定の適用については、同条第三項中「第十三条第一項又は第十八条第三項の規定による公示の際、これらの公示と併せて、それぞれ第十三条第一項第一号から第四号までに掲げる事項及び当該届出に係る事項（前項の規定による届出があった場合には、当該届出に係る変更後の事項。以下この項及び次項並びに第二十一条の四第三項において同じ。）又は第十八条第二項第一号」とあるのは「直ちに、当該登録品種に係る第十八条第二項第一号」と、同条第四項中「公示（第十八条第三項の規定による公示と併せてされたものに限る。）」とあるのは「公示」とする。