前条第一号に規定する電子情報処理組織を使用して行う申請等又は処分通知等については、当該電子情報処理組織を情報通信技術活用法第六条第一項（電子情報処理組織による申請等）に規定する電子情報処理組織とみなして、同条又は情報通信技術活用法第七条（電子情報処理組織による処分通知等）の規定を適用する。この場合において、情報通信技術活用法第六条第三項中「当該申請等を受ける行政機関等」とあるのは「輸出入・港湾関連情報処理センター株式会社」と、「当該行政機関等」とあるのは「当該申請等を受ける行政機関等」とする。
2前項の規定により適用される情報通信技術活用法第七条の規定により行われた処分通知等のうち政令で定めるものについては、輸出入・港湾関連情報処理センター株式会社の使用に係る電子計算機に備えられたファイルへの記録がされた時に税関その他の関係行政機関から発せられたものとみなす。
センターの最初の事業年度は、第三十六条の規定にかかわらず、その成立の日に始まり、翌年三月三十一日に終わるものとする。
2センターの最初の事業年度の予算、事業計画及び資金計画については、第三十七条中「当該事業年度の開始前に」とあるのは、「センターの成立後遅滞なく」とする。
この法律の施行の際現にその名称中に通関情報処理センターという文字を用いている者については、改正後の電子情報処理組織による税関手続の特例等に関する法律第十二条第二項の規定は、この法律の施行後六月間は、適用しない。
この法律の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
前条第四項の規定により政府以外の者が新センターに出資したものとされた金額については、当該政府以外の者は、新センターに対し、その成立の日から起算して一月を経過する日までの間に限り、その持分の払戻しを請求することができる。
2新センターは、前項の規定による請求があったときは、改正後の電子情報処理組織による税関手続の特例等に関する法律第十一条第一項の規定にかかわらず、当該持分に係る出資額に相当する金額により払戻しをしなければならない。この場合において、新センターは、その払戻しをした金額により資本金を減少するものとする。
設立委員は、定款を作成して、財務大臣の認可を受けなければならない。
2財務大臣は、前項の認可をしようとするときは、あらかじめ、法務大臣、厚生労働大臣、農林水産大臣、経済産業大臣及び国土交通大臣に協議しなければならない。