前条の登録を申請しようとする船舶所有者は、次の事項を記載した申請書を海上保安庁長官に提出しなければならない。
2海上保安庁長官は、前項の申請書を受理したときは、当該船舶の設備及び構造が廃棄物の適正な排出を確保するための国土交通省令で定める技術上の基準に適合しないときを除き、登録をしなければならない。
国土交通大臣は、施行日前においても、大気汚染防止検査対象設備（新海洋汚染等防止法第十九条の七第一項及び第二項に規定する原動機を除く。以下この条において同じ。）について、新海洋汚染等防止法第十九条の四十九第一項において準用する船舶安全法第六条第三項の規定による検査又は同法第六条ノ四第一項の規定による型式承認若しくは検定を行うことができる。この場合において、同法第六条第三項中「第二条第一項各号ニ掲グル事項ニ係ル」とあり、及び同法第六条ノ四第一項中「船舶又ハ第二条第一項各号ニ掲グル事項ニ係ル」とあるのは「海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律等の一部を改正する法律第一条ノ規定ニ依ル改正後ノ海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律第十九条の二十一第二項、第十九条の二十四第一項又ハ第十九条の二十六第二項ニ規定スル」と、同項中「第二十五条の四十六及第二十五条の四十七」とあるのは「海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律等の一部を改正する法律附則第十二条第二項」と、「第五条ノ検査（特別検査ヲ除ク）及第六条ノ検査」とあるのは「海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律等の一部を改正する法律第一条ノ規定ニ依ル改正後ノ海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律第十九条の四十二ニ規定スル法定検査及同法第十九条の四十九第一項ニ於テ準用スル第六条第三項ノ検査」と読み替えるものとする。
2国土交通大臣の登録を受けた者（以下この条において「登録検定機関」という。）は、施行日前においても、前項の検定を行うことができる。
3船舶安全法第九条第三項及び第四項、第十一条、第二十九条ノ三第一項並びに第二十九条ノ四第一項の規定は、第一項の検査又は同項若しくは前項の検定について準用する。
4船舶安全法第三章第一節（第二十五条の六十三から第二十五条の六十六までを除く。）及び第二十九条ノ五第一項の規定は、第二項の登録、登録検定機関及び登録検定機関が行う検定について準用する。この場合において、同法第二十五条の四十七第一項第一号中「別表第一」とあるのは「海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律別表第二」と、同条第二項第一号中「この法律又はこの法律に基づく命令」とあるのは「この法律若しくは海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律等の一部を改正する法律又はこれらの法律に基づく命令」と、同法第二十五条の五十四中「第二十五条の二十六」とあるのは「海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律等の一部を改正する法律附則第十二条第四項において準用する船舶安全法第二十五条の二十六」と読み替えるものとする。
5第一項の規定により受けた型式承認又は第三項において準用する船舶安全法第九条第三項若しくは第四項の規定により交付された合格証明書若しくは付された証印は、施行日において、新海洋汚染等防止法の相当する規定により受けた型式承認又は交付された合格証明書若しくは付された証印とみなす。
6第四項において準用する船舶安全法第二十五条の五十八第一項の規定による検定業務の停止の命令に違反したときは、その違反行為をした登録検定機関の役員又は職員は、一年以下の懲役又は五十万円以下の罰金に処する。
7偽りその他不正の行為により第三項において準用する船舶安全法第九条第三項又は第四項の合格証明書の交付を受けた者は、百万円以下の罰金に処する。
8第四項において準用する船舶安全法第二十五条の五十二の許可を受けないで検定業務の全部を廃止し、又は同項において準用する同法第二十五条の六十の規定による報告をせず、若しくは虚偽の報告をした場合には、その違反行為をした登録検定機関（外国にある事務所において検定業務を行う者を除く。）の役員又は職員は、三十万円以下の罰金に処する。
9第四項において準用する船舶安全法第二十五条の六十一第一項の規定による検査を拒み、妨げ、又は忌避した者は、三十万円以下の罰金に処する。
10法人の代表者又は法人若しくは人の代理人、使用人その他の従業者が、その法人又は人の業務に関し、第七項又は前項の違反行為をしたときは、行為者を罰するほか、その法人又は人に対して、各項の罰金刑を科する。
11第四項において準用する船舶安全法第二十五条の五十三第一項の規定に違反して財務諸表等を備えて置かず、財務諸表等に記載すべき事項を記載せず、若しくは虚偽の記載をし、又は正当な理由がないのに第四項において準用する同法第二十五条の五十三第二項各号の規定による請求を拒んだ者（外国にある事務所において検定業務を行う者を除く。）は、二十万円以下の過料に処する。
12登録検定機関は、施行日において、新海洋汚染等防止法第十九条の四十九第一項において準用する船舶安全法第六条ノ四第一項の登録を受けたものとみなす。
一部施行日の前日において旧海洋汚染等防止法第四十二条の二十七第三項において準用する旧海洋汚染等防止法第四十一条の三第五項の規定によりセンターが行っている滞納処分は、新海洋汚染等防止法第四十二条の十六第七項の規定により海上保安庁長官が行っている滞納処分とみなす。