前条第十項の通知を受けた外国人は、同項の認定に異議があるときは、その通知を受けた日から三日以内に、法務省令で定める手続により、不服の事由を記載した書面を主任審査官に提出して、法務大臣に対し異議を申し出ることができる。
2主任審査官は、前項の異議の申出があつたときは、前条第二項の口頭審理に関する記録その他の関係書類を法務大臣に提出しなければならない。
3法務大臣は、第一項の規定による異議の申出を受理したときは、異議の申出が理由があるかどうかを裁決して、その結果を主任審査官に通知しなければならない。
4主任審査官は、法務大臣から異議の申出が理由があると裁決した旨の通知を受けたときは、直ちに当該外国人の旅券に上陸許可の証印をしなければならない。
5第九条第三項の規定は、前項の証印をする場合に準用する。
6主任審査官は、法務大臣から異議の申出が理由がないと裁決した旨の通知を受けたときは、速やかに当該外国人に対しその旨を知らせて、本邦からの退去を命ずるとともに、当該外国人が乗つてきた船舶等の長又はその船舶等を運航する運送業者にその旨を知らせなければならない。
新入管法第十九条の十の規定は、附則第十六条第一項に規定する中長期在留者であって、第四条の規定による廃止前の外国人登録法（以下「旧外国人登録法」という。）第三条第一項の規定による申請をしていないもの（附則第十六条第一項の規定による申請をした者を除く。）には、適用しない。
第六号施行日が刑法等の一部を改正する法律の施行に伴う関係法律の整理等に関する法律の施行の日前である場合には、同法第二十一条のうち出入国管理及び難民認定法第二十五条の二第一項の改正規定中「第二十五条の二第一項第一号」とあるのは「第二十五条の二第一項第二号」と、「同項第二号」とあるのは「同項第三号」とする。
2第六号施行日が刑法等一部改正法施行日前である場合には、第六号施行日から刑法等一部改正法施行日の前日までの間における第三条の規定による改正後の出入国管理及び難民認定法（次項及び第四項において「新入管法」という。）第六十条の二第一項第二号及び第三号の規定の適用については、同項第二号中「拘禁刑」とあるのは「懲役若しくは禁錮」と、同項第三号中「拘禁刑」とあるのは「禁錮」とする。
3刑法等一部改正法の施行前にした行為に係る罪に関しては、刑法等一部改正法施行日以後における新入管法第六十条の二第一項第二号の規定の適用については、無期の懲役又は禁錮に当たる罪はそれぞれ無期拘禁刑に当たる罪と、有期の懲役又は禁錮に当たる罪はそれぞれその罪について定めた刑と長期及び短期を同じくする有期拘禁刑に当たる罪とみなす。
4懲役又は禁錮に処せられた者に係る刑法等一部改正法施行日以後における新入管法第六十条の二第一項第三号の規定の適用については、懲役又は禁錮に処せられた者は、それぞれ拘禁刑に処せられた者とみなす。
施行日前に入管法第六十一条の二第一項又は第二項（第一条改正前入管法第六十一条の二第一項又は第一条改正後入管法第六十一条の二第一項若しくは第二項をいう。以下同じ。）の申請をした在留資格未取得外国人（入管法第六十一条の二の二第一項に規定する在留資格未取得外国人をいう。以下この項並びに附則第十五条及び第十七条において同じ。）について、施行日以後に難民の認定をしない処分をする場合（入管法第六十一条の二第三項（附則第三条の規定により適用される場合を含む。）の規定により補完的保護対象者の認定を行う場合を除く。）若しくは補完的保護対象者の認定をしない処分をする場合又は入管法第六十一条の二の二第一項の規定による許可をしない場合において、当該在留資格未取得外国人が施行日前に退去強制令書の発付を受けているときにおける当該在留資格未取得外国人に対する在留を特別に許可すべき事情があるか否かの審査及び当該事情がある場合における在留資格に係る許可並びに当該許可をする場合における仮上陸の許可又は第二条改正前入管法第三章第四節の規定による上陸の許可若しくは第一条改正前入管法第三章第四節の規定による上陸の許可の取消しについては、なお従前の例による。
2第二条改正後入管法第六十一条の二の三の規定は、施行日前に第二条改正前入管法第六十一条の二の二第二項の規定による許可又は第一条改正前入管法第六十一条の二の二第二項の規定による許可を受けた者及び前項の規定によりなお従前の例によることとされた在留資格に係る許可を受けた者については、適用しない。
この附則に定めるもののほか、この法律の施行に伴い必要な経過措置は、政令で定める。