第三条の規定による改正後の医療法（以下「新医療法」という。）第百十三条第一項の指定を受けようとする者は、施行日前においても、同条及び新医療法第百二十九条の規定の例により、その申請を行うことができる。
2都道府県知事は、前項の規定による申請があった場合には、施行日前においても、新医療法第百十三条及び第百二十九条の規定の例により、指定をすることができる。この場合において、当該指定は、施行日において新医療法第百十三条第一項の規定によりされたものとみなす。
公衆又は特定多数人のため往診のみによつて診療に従事する医師若しくは歯科医師又は出張のみによつてその業務に従事する助産師については、第六条の四の三、第六条の五又は第六条の七、第八条第一項及び第九条の規定の適用に関し、それぞれその住所をもつて診療所又は助産所とみなす。
2都道府県知事、地域保健法（昭和二十二年法律第百一号）第五条第一項の規定に基づく政令で定める市（以下「保健所を設置する市」という。）の市長又は特別区の区長は、必要があると認めるときは、前項に規定する医師、歯科医師又は助産師に対し、必要な報告を命じ、又は検査のため診療録、助産録、帳簿書類その他の物件の提出を命ずることができる。
改正後の第七条の二第一項各号に掲げる者が都道府県知事に第七条第一項又は第二項の許可の申請をした場合における許可又は不許可の処分であつて、改正後の第三十条の三第十一項の規定により当該都道府県の医療計画が公示される日までの間にされるものについては、改正前の第七条の二第一項から第四項までの規定は、附則第一条ただし書の政令で定める日以後も、なおその効力を有する。この場合において、改正前の第七条の二第三項中「医療機関整備審議会」とあるのは、「都道府県医療審議会」とする。
第一条の規定による改正後の医療法（以下この条において「新法」という。）第五十二条の規定は、医療法人の第一条の規定の施行の日以後に始まる会計年度に係る新法第五十二条に規定する書類について適用し、医療法人の同日前に始まる会計年度に係る第一条の規定による改正前の医療法第五十二条に規定する書類については、なお従前の例による。
第九条の施行日前に発生した事項につき改正前の医療法第八条及び第九条の規定により届け出なければならないこととされている事項の届出については、なお従前の例による。
この法律の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
この法律の施行の日から二年六月を経過する日までの間は、新医療法第七条の二第一項中「療養病床及び一般病床の数」とあるのは「医療法等の一部を改正する法律（平成十二年法律第百四十一号。以下この条において「改正法」という。）附則第二条第三項第四号に規定する経過的旧その他の病床（以下この条において「経過的旧その他の病床」という。）、療養病床及び一般病床の数」と、「同条第四項の厚生労働省令」とあるのは「改正法附則第七条第一項により読み替えて適用される第三十条の三第四項の厚生労働省令」と、「療養病床及び一般病床に係る基準病床数」とあるのは「経過的旧その他の病床、療養病床及び一般病床に係る基準病床数」と、同条第二項中「療養病床及び一般病床の数が、」とあるのは「経過的旧その他の病床、療養病床及び一般病床の数が、改正法附則第七条第一項により読み替えて適用される」と、「療養病床及び一般病床に係る基準病床数」とあるのは「経過的旧その他の病床、療養病床及び一般病床に係る基準病床数」とする。
施行日前に第二条の規定による改正前の医療法（以下「旧医療法」という。）第十二条の二又は第十二条の三の規定に基づき提出された業務に関する報告書については、新医療法第十二条の二第二項又は第十二条の三第二項の規定は、適用しない。
附則第一条第三号に掲げる規定の施行の際現に臨床研究中核病院という名称を使用している者については、第三号新医療法第四条の三第三項の規定は、同号に掲げる規定の施行後六月間は、適用しない。
附則第一条第二号に掲げる規定の施行の際現に存する医療法人の評議員又は理事若しくは監事の第二号施行日前の行為に基づく損害賠償責任については、なお従前の例による。
新医療法第十条の二の規定は、医療法第四条の二第一項に規定する特定機能病院の開設者が、施行日以後に、当該特定機能病院の管理者を選任する場合について適用する。
この法律の施行の日（以下この項及び第三項において「施行日」という。）前に第二条の規定による改正前の医療法第三十条の四の規定により定められ、又は同法第三十条の六の規定により変更された医療計画（医療法第三十条の四第一項に規定する医療計画をいう。以下この条において同じ。）は、施行日から令和二年三月三十一日までの間は、第二条の規定による改正後の医療法（以下この条において「平成三十一年新医療法」という。）第三十条の四の規定により定められ、又は平成三十一年新医療法第三十条の六の規定により変更された医療計画とみなす。
2令和二年三月三十一日までの間は、平成三十一年新医療法第十二条第二項、第三十条の二十一第三項、第三十条の二十三第一項から第三項まで、第三十条の二十四、第三十条の二十五第一項、第三十条の二十七及び第三十一条の規定の適用については、なお従前の例によることとし、平成三十一年新医療法第三十条の四第六項及び第七項並びに第三十条の十八の二の規定は、適用しない。
3平成三十一年新医療法第三十条の四第二項第十号及び第十一号に掲げる事項については、平成三十一年新医療法第三十条の六第一項の規定にかかわらず、都道府県は、施行日以後最初に行われる同条第二項に基づく調査、分析及び評価の際に、当該調査、分析及び評価を行うものとし、必要があると認めるときは、当該都道府県の医療計画を変更するものとする。
4都道府県が平成三十一年新医療法第三十条の四第二項第十号及び第十一号に掲げる事項について当該都道府県の医療計画に初めて定めるとき、及び前項の規定に基づき当該都道府県の医療計画を変更するときは、同条第十七項及び第十八項の規定を準用する。
前三条に定めるもののほか、この法律の施行に関し必要な経過措置は、政令で定める。