特別特定日本船舶は、有効な有害物質一覧表確認証書の交付を受けているものでなければ、日本国領海等以外の水域において航行の用に供してはならない。
2前項の規定は、船舶安全法（昭和八年法律第十一号）第五条第一項の検査、海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律（昭和四十五年法律第百三十六号）第十九条の二十六第一項の確認又は同法第十九条の三十六、第十九条の三十八、第十九条の三十九若しくは第十九条の四十一第一項の検査のために試運転を行う場合については、適用しない。
国土交通大臣は、施行日前においても、日本船舶の船舶所有者の申請により、有害物質一覧表が第三条第二項の規定に適合することについて同条第一項の確認に相当する確認（以下「相当確認」という。）をすることができる。
2国土交通大臣は、相当確認をしたときは、当該相当確認を受けた者に対し、有害物質一覧表確認証書に相当する証書（以下「相当証書」という。）を交付しなければならない。
3国土交通大臣が相当確認をし、及び相当証書を交付したときは、当該相当確認及び当該相当証書は、施行日までの間に当該日本船舶について有害物質の種類又は量を変更させる改造又は修理を行ったことその他の国土交通省令で定める事由が生じたときを除き、施行日以後は、それぞれ国土交通大臣がした第三条第一項の確認及び交付した有害物質一覧表確認証書とみなす。この場合において、当該相当証書の有効期間の起算日は、前項の規定によりその交付をした日とする。
4第一項の申請は、施行日までの間にその申請に対する処分がされなかったときは、施行日において、第三条第一項の確認の申請とみなす。
5相当確認の申請書の様式その他相当確認に関し必要な事項並びに相当証書の様式並びに交付、再交付及び書換えその他相当証書に関し必要な事項は、国土交通省令で定める。
6次に掲げる者（国及び独立行政法人を除く。）は、実費を勘案して国土交通省令で定める額の手数料を国に納付しなければならない。