（経過措置）
附則失効前の沖縄振興開発特別措置法（昭和四十六年法律第百三十一号。以下「旧法」という。）の失効の際現に旧法第十八条の八の規定により空港内の旅客ターミナル施設のうち内閣総理大臣が指定した部分は、第二十六条の規定により空港内の旅客ターミナル施設のうち内閣総理大臣が指定した部分とみなす。
2旧法の失効の際現に旧法第二十三条の規定により指定されている自由貿易地域は、この法律の施行の日に沖縄振興特別措置法の一部を改正する法律（平成二十四年法律第十三号。次項及び次条において「平成二十四年一部改正法」という。）による改正前の第四十一条の規定により指定された自由貿易地域とみなす。
3旧法の失効の際現に旧法第二十三条の二の規定により指定されている特別自由貿易地域は、この法律の施行の日に平成二十四年一部改正法による改正前の第四十二条の規定により指定された特別自由貿易地域とみなす。
旧法第四条第一項の沖縄振興計画に基づく事業で、平成二十四年度以後の年度に繰り越される国の負担若しくは補助又は旧法第百五条第二項に規定する交付金の交付に係るものは、新法第四条第一項の沖縄振興計画（第三項において「新計画」という。）に基づく事業とみなして、新法第八十九条、第百五条及び第百六条から第百八条までの規定を適用する。
2旧法第百五条の三第一項の規定により提出された沖縄振興特定事業計画に基づく沖縄振興特定事業に係る同条第二項の交付金のうち、平成二十四年度以後の年度に繰り越されるものについては、なお従前の例による。
3平成二十四年度の予算に係る国の負担若しくは補助又は交付金の交付に係る事業で、新計画が定められるまでの間に、沖縄の振興のため緊急に実施する必要があるものとして内閣総理大臣が沖縄県知事の意見を聴くとともに関係行政機関の長に協議して決定したものについては、当該事業を新計画に基づく事業とみなして、新法の規定を適用する。
（施行前に提出した国際物流拠点産業集積計画の実施状況の公表及び報告等に関する経過措置）
附則旧沖振法第四十一条第五項の規定により提出した国際物流拠点産業集積計画（その変更について同条第八項において準用する同条第五項の規定による提出をしたときは、その変更後のもの。次項において「旧提出国際物流拠点産業集積計画」という。）に関する実施状況の公表及び報告については、なお従前の例による。
2この法律の施行の際現に旧提出国際物流拠点産業集積計画に定められている沖縄振興特別措置法第四十一条第二項第二号に規定する国際物流拠点産業集積地域（次項及び附則第八条第一項の表の第四号において「旧国際物流拠点産業集積地域」という。）の区域において旧沖振法第四十三条第一項の認定を受けている者に係る認定の効力並びに当該認定の取消し及びその通知並びに当該者に係る手数料の軽減については、施行日から起算して六月を経過する日（その日までに、新沖振法第四十一条第四項の規定による国際物流拠点産業集積計画の提出があった場合には、その提出があった日の前日）までの間は、なお従前の例による。
3この法律の施行の際現に旧国際物流拠点産業集積地域の区域において旧沖振法第四十四条第一項の認定を受けている法人に係る認定の効力並びに当該認定の取消し及びその公表については、当該法人の設立の日から起算して十年を経過する日までの間は、なお従前の例による。
4この法律の施行の際現に沖縄振興特別措置法第四十五条第二項の規定により関税法（昭和二十九年法律第六十一号）第六十二条の八第一項に規定する総合保税地域の許可を受けている者及び沖縄振興特別措置法第四十五条第三項の規定により関税法第四十二条第一項に規定する保税蔵置場、同法第五十六条第一項に規定する保税工場又は同法第六十二条の二第一項に規定する保税展示場の許可を受けている者に関する手数料の軽減については、なお従前の例による。