前条の許可を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書を国土交通大臣に提出しなければならない。
2前条の許可の申請をする者は、次の各号のいずれかに該当する場合にあっては、前項第二号に掲げる事項のほか、事業計画にそれぞれ当該各号に掲げる事項を併せて記載しなければならない。
3第一項の申請書には、事業用自動車の運行管理の体制その他の国土交通省令で定める事項を記載した書類を添付しなければならない。
この法律の施行の際現に旧法第三条第三項第二号の特定貨物自動車運送事業について路線を定めて旧法第四十五条第一項の許可を受けている者は、当該許可に係る事業について次項の規定により確認を受けたときは、その確認を受けた事業の範囲内において、施行日に特定貨物自動車運送事業について第三十五条第一項の許可を受けたものとみなす。
2前項に規定する者は、施行日から三月以内に、この法律の施行の際現に旧法第四十五条第一項の許可を受けて経営している旧法第三条第三項第二号の特定貨物自動車運送事業に関する第三十五条第二項第三号の営業区域に相当する区域その他の運輸省令で定める事項を記載した申請書を運輸大臣に提出して、その確認を受けることができる。
3第一項に規定する者は、前項に規定する期間内（同項の確認を申請したときは、その確認をする旨又はその確認をしない旨の通知を受ける日までの間）は、第三十五条第一項の許可を受けないで、当該事業を従前の例により引き続き経営することができる。
4第一項の規定により特定貨物自動車運送事業の許可を受けたものとみなされる者については、当該事業に係る旧法第四十五条第二項第三号の事業計画（第三十五条第二項第三号に規定する事項に相当する事項に係る部分に限る。）及び第二項の確認を受けた事項を第三十五条第二項第三号の事業計画とみなして、この法律の規定を適用する。この場合において、同条第五項において準用する第七条第五項並びに第三十五条第六項において準用する第九条第一項及び第三項中「事業計画」とあるのは、「事業計画（附則第四条第二項の確認を受けた事項を含む。）」とする。
5第一項の規定により特定貨物自動車運送事業の許可を受けたものとみなされる者は、施行日から三年間は、第三十五条第六項において準用する第十八条第一項の規定にかかわらず、旧法第四十五条第五項において準用する旧法第二十五条の二第一項の規定の例により運行管理者を選任することができる。この場合における当該運行管理者の解任の命令については、旧法第四十五条第五項において準用する旧法第二十五条の二第三項及び第四項の規定の例によるものとする。
この法律の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
この法律の施行の際現に船舶運航事業者の行う運送に係る第一種利用運送事業について旧貨物取扱法第三条第一項の許可を受け、かつ、貨物自動車運送事業者の行う運送に係る第一種利用運送事業についての同項の許可又は第三条の規定による改正前の貨物自動車運送事業法（以下「旧貨物自動車法」という。）第三条の許可を受けている者であって新貨物利用運送法第二条第八項の第二種貨物利用運送事業に該当する事業を経営しているものは、当該許可に係る事業の範囲内において、施行日に新貨物利用運送法第二十条の許可を受けたものとみなす。
2前項の規定により新貨物利用運送法第二十条の許可を受けたものとみなされる者については、当該事業に係る旧貨物取扱法第四条第一項第三号の事業計画（新貨物利用運送法第二十一条第一項第二号に規定する事項に相当する事項に係る部分に限る。）を新貨物利用運送法第二十一条第一項第二号の事業計画と、当該事業に係る旧貨物取扱法第四条第一項第三号の事業計画（新貨物利用運送法第二十一条第一項第三号に規定する事項に相当する事項に係る部分に限る。）又は旧貨物自動車法第四条第一項第二号の事業計画（新貨物利用運送法第二十一条第一項第三号に規定する事項に相当する事項に係る部分に限る。）を新貨物利用運送法第二十一条第一項第三号の集配事業計画とみなして、新貨物利用運送法の規定を適用する。
3国土交通大臣は、前項の場合において、新貨物利用運送法第二十一条第一項第二号に規定する事項の一部の事項について旧貨物取扱法第四条第一項第三号の事業計画にこれに相当する事項の記載がないとき、新貨物利用運送法第二十一条第一項第三号に規定する事項の一部の事項について旧貨物取扱法第四条第一項第三号の事業計画又は旧貨物自動車法第四条第一項第二号の事業計画にこれに相当する事項の記載がないときその他必要があると認めるときは、当該許可を受けたものとみなされる者に対し、施行日から一年を経過する日までの間に限り、国土交通省令で定めるところにより、新貨物利用運送法第二十一条第一項第二号の事業計画又は同項第三号の集配事業計画に追加する必要があると認められる事項を記載した届出書の提出を求めることができる。この場合において、当該届出書の提出があったときは、新貨物利用運送法第二十四条、第二十五条第一項及び第三項並びに第二十八条第一号中「事業計画」とあるのは「事業計画（鉄道事業法等の一部を改正する法律（平成十四年法律第七十七号）附則第四条第三項に規定する届出書を含む。）」と、「集配事業計画」とあるのは「集配事業計画（鉄道事業法等の一部を改正する法律附則第四条第三項に規定する届出書を含む。）」とする。
4第一項の規定により新貨物利用運送法第二十条の許可を受けたものとみなされる者がこの法律の施行後最初に新貨物利用運送法第二十六条第一項の規定により認可を受けなければならない利用運送約款については、同項中「、国土交通大臣」とあるのは、「、鉄道事業法等の一部を改正する法律の施行の日から三月以内に、国土交通大臣」とする。
前条の規定によりなお従前の例によることとされる場合におけるこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
この法律の施行の際現に貨物軽自動車運送事業を経営している者についての新貨物自動車法第三十六条の二第一項の規定の適用については、同項中「前条第一項前段の規定による届出後」とあるのは「流通業務の総合化及び効率化の促進に関する法律及び貨物自動車運送事業法の一部を改正する法律（令和六年法律第二十三号）の施行の日後」と、「ならない」とあるのは「ならない。ただし、当該施行の日から起算して二年を経過する日までの間は、この限りでない」とする。