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（登録免許税に関する経過措置）
附則新令第四十二条の規定は、施行日以後に受ける住宅用の新築家屋の所有権の移転の登記及び当該家屋についての抵当権の設定の登記に係る登録免許税について適用し、同日前に受けた当該家屋についてのこれらの登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
（租税特別措置法施行令の一部を改正する政令の一部改正に伴う経過措置）
附則改正法附則第二十五条第一項の規定によりその例によるものとされる改正前の昭和四十四年改正法（同項に規定する改正前の昭和四十四年改正法をいう。以下この条において同じ。）附則第四条第三項の規定の適用を受ける個人の昭和四十四年分の所得税については、前条の規定による改正前の租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（以下この条において「改正前の昭和四十四年改正令」という。）附則第四条第二項の規定の例による。
2改正法附則第二十五条第三項の規定によりその例によるものとされる改正前の昭和四十四年改正法附則第十一条第六項から第八項までの規定の適用を受ける法人の当該適用を受ける事業年度の所得に対する法人税については、改正前の昭和四十四年改正令附則第九条第四項から第六項までの規定の例による。
（揮発油税及び地方道路税の手持品課税に関する経過措置）
附則改正法附則第二十条第七項の確認を受けようとする者は、次に掲げる事項を記載した申請書に、当該揮発油が同条第三項の規定による揮発油税額及び地方道路税額を徴収された、又は徴収されるべきものであることを証明した書類で当該揮発油につき同項の規定の適用を受けた者を通じて同条第六項の税務署長から交付を受けたものを添付し、これを同条第七項の税務署長に提出しなければならない。
- 一
当該揮発油のもどし入れ又は移入に係る揮発油の製造場の所在地及び名称
- 二
当該揮発油を当該揮発油の製造場にもどし又は移送した者の住所及び氏名又は名称
- 三
当該揮発油の数量
- 四
当該揮発油につき改正法附則第二十条第三項の規定の適用を受けた者の住所及び氏名又は名称並びにその適用を受けた時における当該揮発油の貯蔵場所の所在地及び名称
- 五
その他参考となるべき事項
2前項の申請書の提出を受けた税務署長は、改正法附則第二十条第七項の確認をしたときは、当該確認の内容を記載した書類により、その旨を当該申請書を提出した者に通知しなければならない。
（企業合理化促進法施行令の廃止）
企業合理化促進法施行令（昭和二十七年政令第五十二号）は、廃止する。
（登録免許税の特例に関する経過措置）
附則新令第四十一条第一項第一号及び第四十二条第一項の規定は、施行日以後に新築されるこれらの規定に規定する家屋の所有権の保存の登記、当該家屋の所有権の移転の登記及び当該家屋についての抵当権の設定の登記に係る登録免許税について適用し、施行日前に新築された当該家屋についてのこれらの登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
（登録ホテル業等の減価償却資産の耐用年数の特例に関する経過措置）
附則新令別表の規定は、個人又は法人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この条及び附則第二十二条において同じ。）をする同表に掲げる減価償却資産について適用し、個人又は法人が施行日前に取得等をした旧令別表に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
（現物出資した場合の課税の特例に関する経過措置）
附則改正法附則第二十一条第三項に規定する政令で定める法人は、施行日において現に存する法人（当該法人が合併により消滅した場合には、当該合併に係る合併法人）とする。
（相続税の特例に関する経過措置）
附則新令第四十条の規定は、昭和五十七年一月一日以後に相続又は遺贈（贈与者の死亡により効力を生ずる贈与を含む。以下この条において同じ。）により取得した財産に係る相続税について適用し、同日前に相続又は遺贈により取得した財産に係る相続税については、なお従前の例による。
（登録免許税の特例に関する経過措置）
附則新令第四十二条の二の規定は、施行日以後に取得する同条に規定する家屋について適用し、施行日前に取得した旧令第四十二条の二第二項に規定する家屋については、なお従前の例による。
（特定の基金に対する負担金等の損金算入の特例に関する経過措置）
附則新令第三十九条の二十二第三項の規定は、法人の施行日以後に支出する新法第六十六条の十二第一項に規定する負担金について適用し、法人の施行日前に支出した旧法第六十六条の十二第一項に規定する負担金については、なお従前の例による。
（登録ホテル業等の減価償却資産の耐用年数の特例に関する経過措置）
附則新令別表の規定は、個人又は法人が施行日以後に取得等をする同表に掲げる減価償却資産について適用し、個人又は法人が施行日前に取得等をした旧令別表に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
（登録ホテル業等の減価償却資産の耐用年数の特例に関する経過措置）
附則新令別表の規定は、個人又は法人が施行日以後に取得等をする同表に掲げる減価償却資産について適用し、個人又は法人が施行日前に取得等をした旧令別表に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
（特定の基金に対する負担金等の損金算入の特例に関する経過措置）
附則新令第三十九条の二十二第三項の規定は、法人が施行日以後に支出する新法第六十六条の十二第一項に規定する負担金について適用し、法人が施行日前に支出した旧法第六十六条の十二第一項に規定する負担金については、なお従前の例による。
（登録免許税の特例に関する経過措置）
附則新令第四十四条の四第一項の規定は、施行日以後に新法第八十三条第一項に規定する資金の貸付けを受けて行う新令第四十四条の四第一項に掲げる事業について適用し、施行日前に旧法第八十三条に規定する資金の貸付けを受けて行う旧令第四十四条の四第一項に掲げる事業については、なお従前の例による。
（登録ホテル業等の減価償却資産の耐用年数の特例に関する経過措置）
附則新令別表の規定は、個人又は法人が施行日以後に取得等をする同表に掲げる減価償却資産について適用し、個人又は法人が施行日前に取得等をした旧令別表に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
（法人の減価償却に関する経過措置）
附則新令第二十八条第五項の規定は、法人が施行日以後に取得等（取得又は製作若しくは建設をいう。以下この項、第三項及び附則第二十五条において同じ。）をする新法第四十三条第一項の表の第四号に掲げる減価償却資産について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十三条第一項の表の第四号に掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
2新令第二十八条の十第一項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作をする新法第四十四条の六第一項の表の第一号に規定する設備について適用し、法人が施行日前に取得又は製作をした旧法第四十四条の六第一項の表の第一号に規定する設備については、なお従前の例による。
3新令第二十八条の十三第一項、第二項、第八項及び第十五項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする新法第四十五条第一項に規定する工業用機械等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第四十五条第一項に規定する工業用機械等については、なお従前の例による。
4新令第二十八条の十四第三項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作をする新法第四十五条の二第二項の表の第一号に規定する医療用機器について適用し、法人が施行日前に取得又は製作をした旧法第四十五条の二第二項の表の第一号に規定する医療用機器については、なお従前の例による。
5新令第二十九条の三第三項の規定は、法人が施行日以後に取得又は新築をする新法第四十七条第一項に規定する貸家住宅について適用し、法人が施行日前に取得又は新築をした旧法第四十七条第一項に規定する貸家住宅については、なお従前の例による。
6新令第二十九条の三第六項の規定は、法人が施行日以後に取得又は新築をする新法第四十七条第四項に規定する特定再開発建築物等について適用し、法人が施行日前に取得又は新築をした旧法第四十七条第三項に規定する特定再開発建築物等については、なお従前の例による。
（登録免許税の特例に関する経過措置）
附則施行日前に旧法第八十三条第一項に規定する資金の貸付けを受けて行う旧令第四十四条の四第一項第二号、第三号、第七号及び第八号に掲げる事業の用に供する土地の所有権の移転の登記に係る登録免許税については、なお従前の例による。
2改正法附則第二十四条第四項の表の第三号及び第四号に規定する政令で定める土地は、租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（昭和五十五年政令第四十二号）による改正前の租税特別措置法施行令第四十二条の十一第二項各号に掲げる土地とし、同表の第五号に規定する政令で定める建物は、同項各号に掲げる建物とする。
（法人税の特例に関する経過措置の原則）
附則新令第三章の規定は、別段の定めがあるものを除くほか、法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の施行日以後に開始する事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
（農地等についての贈与税の納税猶予等に係る利子税の特例に関する経過措置）
附則改正法附則第二十条第二項の規定により租税特別措置法の一部を改正する法律（平成三年法律第十六号。次項において「平成三年改正法」という。）附則第十九条第一項の規定の適用を受けている者について租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十三年法律第七号）第一条の規定による改正後の租税特別措置法（以下この条において「平成十三年新法」という。）第七十条の七第一項及び第二項並びに改正法附則第二十条第一項の規定を準用する場合において、次の表の上欄に掲げるこれらの規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句に読み替えるものとする。
2改正法附則第二十条第四項の規定により平成三年改正法附則第十九条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる平成三年改正法による改正前の租税特別措置法第七十条の六第一項本文の規定の適用を受けている者について平成十三年新法第七十条の七第三項及び第四項並びに改正法附則第二十条第三項の規定を準用する場合において、次の表の上欄に掲げるこれらの規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句に読み替えるものとする。
（登録免許税の特例に関する経過措置）
附則改正法附則第十九条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第七十七条の四第二項の規定に基づく旧令第四十二条の六第四項及び第五項の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第四項中「法第七十条の四第二項第三号イからハまで」とあるのは、「租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成九年法律第二十二号）第一条の規定による改正後の租税特別措置法第七十条の四第二項第三号イからハまで」とする。
（法人の土地の譲渡等がある場合の特別税率に関する経過措置）
附則改正法附則第二十条第一項の法人が同項の規定の適用を受けた事業年度（以下この項において「経過措置対象年度」という。）において平成十年一月一日以後にした新法第六十二条の三第五項に規定する土地等の譲渡で同項の規定の適用を受けたもの（以下この項において「特定土地等譲渡」という。）が同条第八項の規定の適用を受けることとなった場合又は当該法人が経過措置対象年度において同日以後にした同条第一項に規定する土地の譲渡等（以下この項において「土地の譲渡等」という。）でその譲渡利益金額（同条第一項に規定する譲渡利益金額をいう。以下この項において同じ。）につき同条第九項に規定する損金算入額のあるもの（以下この項において「特定土地譲渡等」という。）が同条第九項に規定する益金の額に算入された金額があるときに該当することとなった場合において、第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額を上回ることとなるときは、当該法人は、同条第八項及び第九項の規定にかかわらず、当該特定土地等譲渡に係る同条第八項に規定する譲渡利益金額又は当該特定土地譲渡等に係る同条第九項に規定する譲渡利益金額に加算する金額を、第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額となるまで減額することができる。
- 一
当該特定土地等譲渡に係る新法第六十二条の三第八項に規定する譲渡利益金額及び当該特定土地譲渡等に係る同条第九項に規定する譲渡利益金額に加算する金額の合計額
- 二
経過措置対象年度の平成十年一月一日前にした土地の譲渡等に係る譲渡利益金額の合計額から経過措置対象年度にした土地の譲渡等に係る譲渡利益金額の合計額を控除して得た金額に相当する金額
2改正法附則第二十条第二項の法人が同項の規定の適用を受けた事業年度（以下この項において「経過措置対象年度」という。）において平成十年一月一日以後にした同条第二項に規定する短期所有に係る土地の譲渡等（以下この項において「短期所有に係る土地の譲渡等」という。）でその譲渡利益金額（同条第二項に規定する譲渡利益金額をいう。以下この項において同じ。）につき新法第六十三条第四項において準用する新法第六十二条の三第九項に規定する損金算入額のあるもの（以下この項において「短期所有に係る特定土地譲渡等」という。）が同条第九項に規定する益金の額に算入された金額があるときに該当することとなった場合において、第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額を上回ることとなるときは、当該法人は、同項の規定にかかわらず、当該短期所有に係る特定土地譲渡等に係る同項に規定する譲渡利益金額に加算する金額を、第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額となるまで減額することができる。
- 一
当該短期所有に係る特定土地譲渡等に係る新法第六十三条第四項において準用する新法第六十二条の三第九項に規定する譲渡利益金額に加算する金額の合計額
- 二
経過措置対象年度の平成十年一月一日前にした短期所有に係る土地の譲渡等に係る譲渡利益金額の合計額から経過措置対象年度にした短期所有に係る土地の譲渡等に係る譲渡利益金額の合計額を控除して得た金額に相当する金額
3改正法附則第二十条第四項の規定により同項に規定する超短期所有に係る土地の譲渡等についてなおその効力を有するものとされる旧法第六十三条の二の規定の適用については、同条第五項中「租税特別措置法第六十三条の二第一項（超短期所有」とあるのは「租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十年法律第二十三号）附則第二十条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法（以下「平成十年旧措置法」という。）第六十三条の二第一項（超短期所有」と、「第六十三条の二第一項」」と」とあるのは「平成十年旧措置法第六十三条の二第一項」」と」と、「第六十三条の二並びに」とあるのは「平成十年旧措置法第六十三条の二並びに」とする。
4改正法附則第二十条第四項の規定の適用がある場合における新法第六十二条、第六十二条の三及び第六十三条の規定の適用については、新法第六十二条第一項中「第六十八条の三第一項」とあるのは「第六十八条の三第一項並びに租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十年法律第二十三号）附則第二十条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法（以下「平成十年旧措置法」という。）第六十三条の二第一項」と、新法第六十二条の三第一項中「第六十八条の三第一項」とあるのは「第六十八条の三第一項並びに平成十年旧措置法第六十三条の二第一項」と、「次条第一項の規定」とあるのは「次条第一項又は平成十年旧措置法第六十三条の二第一項の規定」と、同条第八項中「第六十八条の三第一項」とあるのは「第六十八条の三第一項並びに平成十年旧措置法第六十三条の二第一項」と、新法第六十三条第一項中「第六十八条の三第一項」とあるのは「第六十八条の三第一項並びに平成十年旧措置法第六十三条の二第一項」と、「当該短期所有に係る土地の譲渡等」とあるのは「当該短期所有に係る土地の譲渡等（平成十年旧措置法第六十三条の二第一項の規定の適用があるものを除く。）」とする。
5改正法附則第二十条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十三条の二の規定の適用については、旧令第三十八条の六の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第十項中「第三十八条の六第二項」とあるのは「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成十年政令第百八号）附則第十七条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令による改正前の租税特別措置法施行令第三十八条の六第一項」と、同条第十二項中「「第六十三条の二第一項」とあるのは「「租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十年法律第二十三号）附則第二十条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法（以下「平成十年旧措置法」という。）第六十三条の二第一項」と、「及び租税特別措置法第六十三条の二第一項」とあるのは「及び平成十年旧措置法第六十三条の二第一項」とする。
6改正法附則第二十条第四項の法人が同項の規定の適用を受けた事業年度（以下この項において「経過措置対象年度」という。）において平成十年一月一日以後にした同条第四項に規定する超短期所有に係る土地の譲渡等（以下この項において「超短期所有に係る土地の譲渡等」という。）でその譲渡利益金額（同条第四項に規定する譲渡利益金額をいう。以下この項において同じ。）につき同条第四項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十三条の二第四項（以下この項において「旧措置法第六十三条の二第四項」という。）において準用する新法第六十二条の三第九項に規定する損金算入額のあるもの（以下この項において「超短期所有に係る特定土地譲渡等」という。）が同条第九項に規定する益金の額に算入された金額があるときに該当することとなった場合において、第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額を上回ることとなるときは、当該法人は、同項の規定にかかわらず、当該超短期所有に係る特定土地譲渡等に係る同項に規定する譲渡利益金額に加算する金額を、第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額となるまで減額することができる。
- 一
当該超短期所有に係る特定土地譲渡等に係る旧措置法第六十三条の二第四項において準用する新法第六十二条の三第九項に規定する譲渡利益金額に加算する金額の合計額
- 二
経過措置対象年度の平成十年一月一日前にした超短期所有に係る土地の譲渡等に係る譲渡利益金額の合計額から経過措置対象年度にした超短期所有に係る土地の譲渡等に係る譲渡利益金額の合計額を控除して得た金額に相当する金額
（法人の準備金に関する経過措置）
附則改正法附則第二十七条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十五条の規定に基づく旧令第三十二条の二の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第十九項中「大蔵省令」とあるのは、「財務省令」とする。
2改正法附則第二十七条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十五条の六の規定に基づく旧令第三十二条の七の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第二項及び第五項中「大蔵省令」とあるのは「財務省令」と、同条第七項中「第五十五条の六第一項に」とあるのは「租税特別措置法及び阪神・淡路大震災の被災者等に係る国税関係法律の臨時特例に関する法律の一部を改正する法律（平成十一年法律第九号）附則第二十七条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第一条の規定による改正前の租税特別措置法第五十五条の六第一項に」とする。
3改正法附則第二十七条第六項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第五十七条の二の規定に基づく旧令第三十三条の二の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条中「通商産業省令」とあるのは、「経済産業省令」とする。
（相続税及び贈与税の特例に関する経過措置）
附則新令第四十条の規定は、施行日以後に贈与（贈与者の死亡により効力を生ずる贈与を除く。以下この項において同じ。）により取得した財産に係る贈与税について適用し、施行日前に贈与により取得した財産に係る贈与税については、なお従前の例による。
2新令第五十四条の規定は、相続税法（昭和二十五年法律第七十三号）第四十三条第八項に規定する利子税のうち施行日以後の期間に対応するものについて適用し、当該利子税のうち施行日前の期間に対応するものについては、なお従前の例による。
3改正法附則第十九条第三項の規定の適用がある場合における同項各号に掲げる者に対する新法第七十条の四第七項から第十二項までの規定の適用については、次に定めるところによる。
- 一
改正法附則第十九条第三項第一号に掲げる者については、新法第七十条の四第七項中「同項の」とあるのは「租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和五十年法律第十六号）附則第二十条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法（以下この条において「昭和五十年旧法」という。）第七十条の四第一項の」と、「第三項」とあるのは「昭和五十年旧法第七十条の四第二項」と、同条第九項及び第十二項中「第一項ただし書及び第三項」とあるのは「昭和五十年旧法第七十条の四第一項ただし書及び第二項」とする。
- 二
改正法附則第十九条第三項第二号に掲げる者については、新法第七十条の四第七項中「同項の」とあるのは「租税特別措置法の一部を改正する法律（平成三年法律第十六号）附則第十九条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における同法による改正前の租税特別措置法（以下この条において「平成三年旧法」という。）第七十条の四第一項の」と、「第三項」とあるのは「平成三年旧法第七十条の四第二項」と、同条第九項及び第十二項中「第一項ただし書及び第三項」とあるのは「平成三年旧法第七十条の四第一項ただし書及び第二項」とする。
- 三
改正法附則第十九条第三項第三号に掲げる者については、新法第七十条の四第七項中「同項の」とあるのは「租税特別措置法の一部を改正する法律（平成七年法律第五十五号）附則第三十六条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法（以下この条において「平成七年旧法」という。）第七十条の四第一項の」と、「第三項」とあるのは「平成七年旧法第七十条の四第三項」と、同条第九項及び第十二項中「第一項ただし書及び第三項」とあるのは「平成七年旧法第七十条の四第一項ただし書及び第三項」とする。
- 四
改正法附則第十九条第三項第四号に掲げる者については、新法第七十条の四第七項中「同項の」とあるのは「租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十二年法律第十三号）第一条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この条において「平成十二年旧法」という。）第七十条の四第一項の」と、「第三項」とあるのは「平成十二年旧法第七十条の四第三項」と、同条第九項及び第十二項中「第一項ただし書及び第三項」とあるのは「平成十二年旧法第七十条の四第一項ただし書及び第三項」とする。
4新法第七十条の四第七項から第十二項までの規定の適用がある場合における改正法附則第十九条第三項各号に掲げる者に対する租税特別措置法の一部を改正する法律（昭和五十年法律第十六号）附則第二十条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法（第一号において「昭和五十年旧法」という。）第七十条の四第一項、租税特別措置法の一部を改正する法律（平成三年法律第十六号）附則第十九条第一項の規定によりなお従前の例によることとされる場合における同法による改正前の租税特別措置法（第二号及び第六項において「平成三年旧法」という。）第七十条の四第一項及び第二項、租税特別措置法の一部を改正する法律（平成七年法律第五十五号）附則第三十六条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法（第三号において「平成七年旧法」という。）第七十条の四第一項及び第三項並びに旧法第七十条の四第一項及び第三項の規定の適用については、次に定めるところによる。
- 一
改正法附則第十九条第三項第一号に掲げる者については、昭和五十年旧法第七十条の四第一項第一号中「（以下この条」とあるのは「（租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十二年法律第十三号）附則第十九条第三項の規定により適用される同法第一条の規定による改正後の租税特別措置法（以下この号において「平成十二年新法」という。）第七十条の四第七項の規定の適用を受ける同項に規定する賃借権等が設定されている同項に規定する貸付特例適用農地等の当該受贈者による当該譲渡、贈与、転用若しくは設定又は消滅に伴う当該賃借権等の消滅を除く。以下この条」と、「供する土地」とあるのは「供する土地（当該農地等のうち平成十二年新法第七十条の四第七項に規定する貸付特例適用農地等については、同項の規定の適用を受ける当該貸付特例適用農地等に係る土地とする。）」とする。
- 二
改正法附則第十九条第三項第二号に掲げる者については、平成三年旧法第七十条の四第一項第一号中「（以下この条」とあるのは「（租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十二年法律第十三号）附則第十九条第三項の規定により適用される同法第一条の規定による改正後の租税特別措置法（以下この号及び次項において「平成十二年新法」という。）第七十条の四第七項の規定の適用を受ける同項に規定する賃借権等が設定されている同項に規定する貸付特例適用農地等の当該受贈者による当該譲渡、贈与、転用若しくは設定又は消滅に伴う当該賃借権等の消滅を除く。以下この条」と、「準農地については、」とあるのは「、準農地については」と、「ものに係る土地」とあるのは「ものに係る土地とし、平成十二年新法第七十条の四第七項に規定する貸付特例適用農地等については同項の規定の適用を受ける当該貸付特例適用農地等に係る土地とする。」と、同条第二項中「供されているもの」とあるのは「供されているもの及び平成十二年新法第七十条の四第七項の規定の適用を受ける同項に規定する貸付特例適用農地等」とする。
- 三
改正法附則第十九条第三項第三号に掲げる者については、平成七年旧法第七十条の四第一項第一号中「（以下この条」とあるのは「（租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十二年法律第十三号）附則第十九条第三項の規定により適用される同法第一条の規定による改正後の租税特別措置法（以下この号及び第三項において「平成十二年新法」という。）第七十条の四第七項の規定の適用を受ける同項に規定する賃借権等が設定されている同項に規定する貸付特例適用農地等の当該受贈者による当該譲渡、贈与、転用若しくは設定又は消滅に伴う当該賃借権等の消滅を除く。以下この条」と、「準農地については、」とあるのは「、準農地については」と、「ものに係る土地」とあるのは「ものに係る土地とし、平成十二年新法第七十条の四第七項に規定する貸付特例適用農地等については同項の規定の適用を受ける当該貸付特例適用農地等に係る土地とする。」と、同条第三項中「供されているもの」とあるのは「供されているもの及び平成十二年新法第七十条の四第七項の規定の適用を受ける同項に規定する貸付特例適用農地等」と、「同項に」とあるのは「第一項に」とする。
- 四
改正法附則第十九条第三項第四号に掲げる者については、旧法第七十条の四第一項第一号中「（以下この条」とあるのは「（租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十二年法律第十三号）附則第十九条第三項の規定により適用される同法第一条の規定による改正後の租税特別措置法（以下この号及び第三項において「平成十二年新法」という。）第七十条の四第七項の規定の適用を受ける同項に規定する賃借権等が設定されている同項に規定する貸付特例適用農地等の当該受贈者による当該譲渡、贈与、転用若しくは設定又は消滅に伴う当該賃借権等の消滅を除く。以下この条」と、「準農地については、」とあるのは「、準農地については」と、「ものに係る土地」とあるのは「ものに係る土地とし、平成十二年新法第七十条の四第七項に規定する貸付特例適用農地等については同項の規定の適用を受ける当該貸付特例適用農地等に係る土地とする。」と、同条第三項中「供されているもの」とあるのは「供されているもの及び平成十二年新法第七十条の四第七項の規定の適用を受ける同項に規定する貸付特例適用農地等」と、「同項に」とあるのは「第一項に」とする。
5改正法附則第十九条第五項の規定の適用がある場合における同項各号に掲げる者に対する新法第七十条の六第十項から第十五項までの規定の適用については、次に定めるところによる。
- 一
改正法附則第十九条第五項第一号に掲げる者については、新法第七十条の六第十項中「同項に」とあるのは「租税特別措置法の一部を改正する法律（平成三年法律第十六号）附則第十九条第五項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法による改正前の租税特別措置法（以下この条において「平成三年旧法」という。）第七十条の六第一項に」と、「第七項」とあるのは「平成三年旧法第七十条の六第七項」と、同条第十二項及び第十五項中「第一項ただし書及び第七項」とあるのは「平成三年旧法第七十条の六第一項ただし書及び第七項」とする。
- 二
改正法附則第十九条第五項第二号に掲げる者については、新法第七十条の六第十項中「同項に」とあるのは「租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十二年法律第十三号）第一条の規定による改正前の租税特別措置法（以下この条において「平成十二年旧法」という。）第七十条の六第一項に」と、「第七項」とあるのは「平成十二年旧法第七十条の六第七項」と、同条第十二項及び第十五項中「第一項ただし書及び第七項」とあるのは「平成十二年旧法第七十条の六第一項ただし書及び第七項」とする。
6新法第七十条の六第十項から第十五項までの規定の適用がある場合における改正法附則第十九条第五項各号に掲げる者に対する平成三年旧法第七十条の六第一項及び第七項並びに旧法第七十条の六第一項及び第七項の規定の適用については、次に定めるところによる。
- 一
改正法附則第十九条第五項第一号に掲げる者については、平成三年旧法第七十条の六第一項第一号中「（以下この条」とあるのは「（租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十二年法律第十三号）附則第十九条第五項の規定により適用される同法第一条の規定による改正後の租税特別措置法（以下この号及び第七項において「平成十二年新法」という。）第七十条の六第十項の規定の適用を受ける同項に規定する賃借権等が設定されている同項に規定する貸付特例適用農地等の当該農業相続人による当該譲渡、贈与、転用若しくは設定又は消滅に伴う当該賃借権等の消滅を除く。以下この条」と、「準農地については、」とあるのは「、準農地については」と、「ものに係る土地」とあるのは「ものに係る土地とし、平成十二年新法第七十条の六第十項に規定する貸付特例適用農地等については同項の規定の適用を受ける当該貸付特例適用農地等に係る土地とする。」と、同条第七項中「供されているもの」とあるのは「供されているもの及び平成十二年新法第七十条の六第十項の規定の適用を受ける同項に規定する貸付特例適用農地等」とする。
- 二
改正法附則第十九条第五項第二号に掲げる者については、旧法第七十条の六第一項第一号中「（以下この条」とあるのは「（租税特別措置法等の一部を改正する法律（平成十二年法律第十三号）附則第十九条第五項の規定により適用される同法第一条の規定による改正後の租税特別措置法（以下この号及び第七項において「平成十二年新法」という。）第七十条の六第十項の規定の適用を受ける同項に規定する賃借権等が設定されている同項に規定する貸付特例適用農地等の当該農業相続人による当該譲渡、贈与、転用若しくは設定又は消滅に伴う当該賃借権等の消滅を除く。以下この条」と、「準農地については、」とあるのは「、準農地については」と、「ものに係る土地」とあるのは「ものに係る土地とし、平成十二年新法第七十条の六第十項に規定する貸付特例適用農地等については同項の規定の適用を受ける当該貸付特例適用農地等に係る土地とする。」と、同条第七項中「供されているもの」とあるのは「供されているもの及び平成十二年新法第七十条の六第十項の規定の適用を受ける同項に規定する貸付特例適用農地等」と、「同項に」とあるのは「第一項に」とする。
（農用地等を取得した場合の課税の特例に関する経過措置）
附則新令第三十七条の三第二項の規定は、法人が施行日以後に取得等をする新法第六十一条の三第一項に規定する特定農業用機械等について適用し、法人が施行日前に取得等をした旧法第六十一条の三第一項に規定する特定農業用機械等については、なお従前の例による。
（住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除に関する経過措置）
附則新令第二十六条第十九項の規定は、居住者が施行日以後に新法第四十一条第一項に規定する増改築等をした家屋（当該増改築等をした部分に限る。以下この条において同じ。）を同項の定めるところによりその者の居住の用に供した場合について適用し、居住者が施行日前に旧法第四十一条第一項に規定する増改築等をした家屋を同項の定めるところによりその者の居住の用に供した場合については、なお従前の例による。
（居住者の特定外国子会社等に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
附則新令第二十五条の二十第一項、第二項及び第七項の規定は、同条第一項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度の新法第四十条の四第一項に規定する未処分所得の金額の計算について適用し、旧令第二十五条の二十第一項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度の旧法第四十条の四第一項に規定する未処分所得の金額の計算については、なお従前の例による。
2新令第二十五条の二十二第一項及び第二項の規定は、新法第四十条の四第三項に規定する特定外国子会社等の施行日以後に終了する事業年度の同項に規定する適用対象留保金額について同項の規定を適用する場合について適用し、旧法第四十条の四第三項に規定する特定外国子会社等の施行日前に終了した事業年度の同項に規定する適用対象留保金額について同項の規定を適用する場合については、なお従前の例による。
（公的年金等控除の最低控除額等の特例に関する経過措置）
附則新令第二十六条の二十七第一項の規定により読み替えて適用される所得税法施行令第三百十九条の九の規定は、平成十七年一月一日以後に支払を受けるべき所得税法（昭和四十年法律第三十三号）第二百三条の六に規定する公的年金等について適用し、同日前に支払を受けるべき当該公的年金等については、なお従前の例による。
（事業基盤強化設備を取得した場合等の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
附則新令第二十七条の七第四項の規定は、法人が附則第一条第五号に定める日以後に取得若しくは製作又は賃借をする新法第四十二条の七第一項に規定する事業基盤強化設備について適用し、法人が同日前に取得若しくは製作又は賃借をした旧法第四十二条の七第一項に規定する事業基盤強化設備については、なお従前の例による。
（特定口座内保管上場株式等の譲渡による所得等に対する源泉徴収等の特例に関する経過措置）
附則会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間における新令第二十五条の十の十一第四項第一号の規定の適用については、同号中「第百六十七条の七第二項から第四項までの規定」とあるのは、「第百六十七条の七第四項の規定並びに第二十五条の十三第四項の規定」とする。
（特定口座継続適用届出書等に関する経過措置）
附則新令第二十五条の十の五（第三項第三号に係る部分に限る。）の規定（信託の併合に係る部分を除く。）は、平成十九年五月一日以後に行われる同号に規定する合併により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する合併法人の株式若しくは出資又は合併親法人株式について適用し、同日前に行われた旧令第二十五条の十の五第三項第三号に規定する法人の合併により同号の出国口座に受け入れた同号に規定する合併法人の株式又は出資については、なお従前の例による。
2新令第二十五条の十の五（第三項第三号に係る部分に限る。）の規定（信託の併合に係る部分に限る。）は、信託法施行日以後に行われる同号に規定する合併により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する合併法人の株式又は出資について適用する。
3新令第二十五条の十の五（第三項第四号に係る部分に限る。）の規定は、信託法施行日以後に行われる同号に規定する投資信託の併合により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する投資信託の受益権について適用する。
4新令第二十五条の十の五（第三項第五号に係る部分に限る。）の規定（信託の分割に係る部分を除く。）は、平成十九年五月一日以後に行われる同号に規定する分割により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する分割承継法人の株式又は分割承継親法人株式について適用し、同日前に行われた旧令第二十五条の十の五第三項第四号に規定する分割により同号の出国口座に受け入れた同号に規定する分割承継法人の株式については、なお従前の例による。この場合において、同日から信託法施行日の前日までの間における新令第二十五条の十の五第三項第五号の規定の適用については、同号中「同項第九号」とあるのは、「同項第八号」とする。
5新令第二十五条の十の五（第三項第五号に係る部分に限る。）の規定（信託の分割に係る部分に限る。）は、信託法施行日以後に行われる同号に規定する分割により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する分割承継法人の株式について適用する。
6新令第二十五条の十の五（第三項第六号に係る部分に限る。）の規定は、平成十九年五月一日以後に行われる同号に規定する株式交換又は株式移転により同号の出国口座に受け入れる同号に規定する株式交換完全親法人の株式若しくは親法人の株式又は株式移転完全親法人の株式について適用し、同日前に行われた旧令第二十五条の十の五第三項第五号に規定する株式交換又は株式移転により同号の出国口座に受け入れた同号に規定する株式交換完全親法人の株式又は株式移転完全親法人の株式については、なお従前の例による。
（株式等に係る譲渡所得等の課税の特例に関する経過措置）
附則新令第二十五条の八第一項の規定は、平成二十一年分以後の所得税について適用し、平成二十年分以前の所得税については、なお従前の例による。
2平成二十年分の所得税に係る旧令第二十五条の八第一項の規定の適用については、同項第一号中「法第三十七条の十三の三第一項」とあるのは、「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十年法律第二十三号）附則第四十八条の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第八条の規定による改正前の租税特別措置法第三十七条の十三の三第一項」とする。
3改正法附則第四十八条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第三十七条の十三の三の規定の適用がある場合における租税特別措置法施行令第二十五条の八第一項の規定の適用については、同項第一号中「控除する」とあるのは「控除する。この場合において、当該一般株式等の譲渡に係る譲渡所得の金額又は雑所得の金額のうちに、公開等特定株式に係る譲渡所得の金額（租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成二十年政令第百六十一号。以下「平成二十年改正令」という。）附則第十八条第四項第四号に規定する公開等特定株式に係る譲渡所得の金額をいう。以下同じ。）又は公開等特定株式に係る雑所得の金額（同項第七号に規定する公開等特定株式に係る雑所得の金額をいう。以下同じ。）があるときは、当該損失の金額は、まず公開等特定株式に係る譲渡所得の金額及び公開等特定株式に係る雑所得の金額から控除するものとする」と、同項第二号中「控除する」とあるのは「控除する。この場合において、当該一般株式等の譲渡に係る事業所得の金額又は雑所得の金額のうちに、公開等特定株式に係る事業所得の金額（平成二十年改正令附則第十八条第四項第一号に規定する公開等特定株式に係る事業所得の金額をいう。以下同じ。）又は公開等特定株式に係る雑所得の金額があるときは、当該損失の金額は、まず公開等特定株式に係る事業所得の金額及び公開等特定株式に係る雑所得の金額から控除するものとする」と、同項第三号中「控除する」とあるのは「控除する。この場合において、当該一般株式等の譲渡に係る事業所得の金額又は譲渡所得の金額のうちに、公開等特定株式に係る事業所得の金額又は公開等特定株式に係る譲渡所得の金額があるときは、当該損失の金額は、まず公開等特定株式に係る事業所得の金額及び公開等特定株式に係る譲渡所得の金額から控除するものとする」とする。
（外国組合員に対する課税の特例に関する経過措置）
附則施行日前から引き続いて投資組合契約（租税特別措置法第四十一条の二十一第四項第一号に規定する投資組合契約をいう。以下この条において同じ。）を締結している組合員である同法第四十一条の二十一第一項に規定する非居住者又は外国法人（以下この条において「非居住者等」という。）であって施行日において同項各号に掲げる要件を満たしている者が、当該投資組合契約につきその締結の日から施行日まで継続して同項第一号から第四号までに掲げる要件を満たしている場合（同項第五号に掲げる要件（以下この条において「第五号要件」という。）を満たしている場合及び租税特別措置法施行令第二十六条の三十第十八項の規定の適用がある場合を除く。）には、当該投資組合契約についての同法第四十一条の二十一第五項の規定の適用については、同項中「当該投資組合契約の締結の日」とあるのは、「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十一年法律第十三号）の施行の日」とする。
2施行日前から引き続いて投資組合契約を締結している組合員である非居住者等であって施行日において第五号要件を満たしていない者が、当該投資組合契約につき第五号要件を満たすこととなる場合において、当該投資組合契約につきその締結の日からその満たすこととなる日まで継続して租税特別措置法第四十一条の二十一第一項第一号から第四号までに掲げる要件を満たしているとき（租税特別措置法施行令第二十六条の三十第十八項の規定の適用があるときを除く。）における当該投資組合契約についての同法第四十一条の二十一第五項の規定の適用については、同項中「の締結の日」とあるのは「につき第一項第五号に掲げる要件を満たすこととなる日」と、「第一項各号」とあるのは「同項各号」とする。
3施行日前から引き続いて二以上の投資組合契約を締結している組合員である非居住者等であって施行日において第五号要件を満たしていない者が、当該二以上の投資組合契約のうち一の投資組合契約以外の投資組合契約に基づいて国内において事業を行っていないとしたならば当該一の投資組合契約につき第五号要件を満たすこととなる場合において、それぞれの投資組合契約につきその締結の日からその満たすこととなる日まで継続して租税特別措置法第四十一条の二十一第一項第一号から第四号までに掲げる要件を満たしているとき（租税特別措置法施行令第二十六条の三十第十九項の規定の適用があるときを除く。）における当該一の投資組合契約についての同法第四十一条の二十一第五項の規定の適用については、同項中「当該投資組合契約の締結の日」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十一年法律第十三号）の施行の日（当該投資組合契約につき第一項第五号に掲げる要件を満たすこととなる日が当該施行の日後である場合には、その満たすこととなる日）」と、「その提出の日以後」とあるのは「当該非居住者又は外国法人が締結している全ての投資組合契約につき特例適用申告書を提出した日以後」とする。
（特定口座内保管上場株式等の譲渡等に係る所得計算等の特例に関する経過措置）
附則新令第二十五条の十の二第十五項（第三号及び第四号に係る部分に限る。）及び第十六項から第十八項までの規定は、平成二十六年一月一日以後にこれらの号の特定口座に受け入れるこれらの号に規定する贈与、相続又は遺贈により取得したこれらの号に規定する上場株式等について適用し、同日前に旧令第二十五条の十の二第十五項第三号又は第四号の特定口座に受け入れたこれらの号に規定する贈与、相続又は遺贈により取得したこれらの号に規定する上場株式等については、なお従前の例による。
2新令第二十五条の十の二第十五項（第十八号に係る部分に限る。）の規定は、施行日以後に同号に規定する法人の合併により取得する同号に規定する合併法人の株式若しくは出資又は合併親法人株式について適用する。
3新令第二十五条の十の二第十五項（第十九号に係る部分に限る。）の規定は、施行日以後に同号に規定する法人の分割により取得する同号に規定する分割承継法人の株式又は分割承継親法人株式について適用する。
4新令第二十五条の十の二第十五項（第二十号に係る部分に限る。）の規定は、施行日以後に同号に規定する株式交換により取得する同号に規定する株式交換完全親法人の株式若しくは親法人の株式又は同号に規定する株式移転により取得する同号に規定する株式移転完全親法人の株式について適用する。
5新令第二十五条の十の二第十五項（第六号に係る部分に限る。）の規定は、平成二十六年一月一日以後に行われる同号に規定する株式無償割当て又は新株予約権無償割当てにより取得する同号に規定する上場株式等について適用し、同日前に旧令第二十五条の十の二第十五項第六号に規定する株式無償割当て又は新株予約権無償割当てにより取得した同号に規定する上場株式等については、なお従前の例による。
6新令第二十五条の十の二第十五項（第二十二号に係る部分に限る。）及び第二十項の規定は、平成二十六年一月一日以後に同号の特定口座に受け入れる同号に規定する割当株式について適用し、同日前に旧令第二十五条の十の二第十五項第二十二号の特定口座に受け入れた同号に規定する割当株式については、なお従前の例による。
7新令第二十五条の十の二第十五項（第二十四号に係る部分に限る。）の規定は、平成二十六年一月一日以後に同号の特定口座に受け入れる同号に規定する非課税口座内上場株式等について適用する。
8平成二十三年一月一日前に旧令第二十五条の十の二第二十二項に規定する特定口座内保管上場株式等の譲渡をした場合における当該特定口座内保管上場株式等の譲渡による譲渡所得については、なお従前の例による。
9新令第二十五条の十の二第二十二項（第二号に係る部分に限る。）の規定は、平成二十三年一月一日以後に同項に規定する特定口座内保管上場株式等の同項に規定する払出しをする場合について適用し、同日前に旧令第二十五条の十の二第二十三項に規定する特定口座内保管上場株式等の同項に規定する払出しをした場合については、なお従前の例による。
（保険年金の保険金受取人等に係る更正の請求の特例に関する経過措置）
附則施行日から平成二十三年十二月三十一日までの間における新令第二十六条の二十九の二第二項の規定の適用については、同項中「第七十六条第六項第四号」とあるのは、「第七十六条第三項第四号」とする。
（連結法人の法人税の額から控除される特別控除額の特例に関する経過措置）
附則改正法附則第七十二条の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第六十八条の十の規定の適用がある場合における所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）第十条の規定による改正後の租税特別措置法第六十八条の十五の七の規定に基づく租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十六年政令第百四十五号）第一条の規定による改正後の租税特別措置法施行令第三十九条の四十八の規定の適用については、次の表の上欄に掲げる同条の規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。
（連結法人がエネルギー環境負荷低減推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
附則連結親法人又は当該連結親法人による連結完全支配関係にある連結子法人で、電気事業者による再生可能エネルギー電気の調達に関する特別措置法附則第三条第一項の認定を受けたものの附則第一条第六号に定める日から平成二十四年六月三十日までの間における新令第三十九条の四十の規定の適用については、同条第一項中「第二十七条の五第一項各号に掲げる認定発電設備」とあるのは、「租税特別措置法施行令の一部を改正する政令（平成二十四年政令第百五号）附則第十条の規定により読み替えられた第二十七条の五第一項各号に掲げる再生可能エネルギー発電設備」とする。
（エネルギー環境負荷低減推進設備等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除に関する経過措置）
附則新令第二十七条の五第二項の規定は、法人が施行日以後に取得又は製作若しくは建設をする新法第四十二条の五第一項第一号ロに掲げる減価償却資産について適用し、法人が施行日前に取得又は製作若しくは建設をした旧法第四十二条の五第一項第一号ロに掲げる減価償却資産については、なお従前の例による。
（公的年金等控除の最低控除額等の特例に関する経過措置）
附則新令第二十六条の二十七第一項の規定により読み替えて適用される所得税法施行令（昭和四十年政令第九十六号）第三百十九条の十二第二項の規定は、平成二十七年十月一日以後に支払を受けるべき改正法第一条の規定による改正後の所得税法（昭和四十年法律第三十三号）第二百三条の六に規定する公的年金等について適用し、同日前に支払を受けるべき改正法第一条の規定による改正前の所得税法第二百三条の六に規定する公的年金等については、なお従前の例による。
（特定管理株式等が価値を失った場合の株式等に係る譲渡所得等の課税の特例に関する経過措置）
附則新令第二十五条の九の二第一項の規定は、平成二十八年一月一日以後に同項に規定する特定口座に移管がされる新法第三十七条の十一の二第一項に規定する特定口座内保管上場株式等について適用し、同日前に旧令第二十五条の九の二第一項に規定する特定口座に移管がされた旧法第三十七条の十一の二第一項に規定する特定口座内保管上場株式等については、なお従前の例による。
（法人の減価償却に関する経過措置）
附則改正法附則第九十二条第五項の規定により読み替えて適用する新法第四十六条第一項に規定する政令で定めるものは、新令第二十九条第一項に規定する機械及び装置並びに工場用の建物及びその附属設備とする。
2改正法附則第九十二条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十七条の規定に基づく旧令第二十九条の四の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第三項中「法第六十八条の三十四第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第百十五条第八項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の三十四第一項」と、「第三十九条の六十三第二項」とあるのは「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十八年政令第百五十九号）附則第三十条第二項の規定によりなおその効力を有するものとされる同令第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令第三十九条の六十三第二項」とする。
3改正法附則第九十二条第十項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧法第四十八条の規定に基づく旧令第二十九条の六の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第一項第一号中「国土交通大臣が財務大臣と協議して指定する」とあるのは「租税特別措置法施行令等の一部を改正する政令（平成二十八年政令第百五十九号。第四項において「改正令」という。）第一条の規定による改正後の租税特別措置法施行令第二十九条の六第一項第一号に規定する財務省令で定める」と、同条第四項中「法第六十八条の三十六第一項」とあるのは「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第百十五条第十項の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十条の規定による改正前の租税特別措置法第六十八条の三十六第一項」と、「第三十九条の六十五第三項」とあるのは「改正令附則第三十条第三項の規定によりなおその効力を有するものとされる改正令第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令第三十九条の六十五第三項」とする。
4施行日から附則第一条第六号に定める日の前日までの間における新令第三十条及び第三十二条の規定の適用については、新令第三十条第一項第七号及び第三項第八号中「又は第十項の規定」とあり、及び「又は第四十八条の規定」とあり、同項第十六号中「又は第十項の規定」とあり、及び「又は第六十八条の三十六の規定」とあり、並びに新令第三十二条第一項第七号中「又は第十項の規定」とあり、及び「又は第四十八条の規定」とあるのは、「の規定」とする。
（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
附則新令第二十七条の四第九項の規定の適用を受ける法人（人格のない社団等を含む。以下同じ。）が旧令第二十七条の四第十一項の規定（旧令第三十九条の三十九第十二項の規定を含む。）の適用を受けた法人である場合には、旧令第二十七条の四第十一項に規定する合理的な方法について受けた認定は新令第二十七条の四第九項に規定する合理的な方法について受けた認定と、旧令第二十七条の四第十一項の分割等に係る同項の分割法人等及び分割承継法人等がした同項に規定する届出は新令第二十七条の四第九項に規定する届出と、それぞれみなす。ただし、当該分割等に係る同項第一号イ若しくはロに規定する移転試験研究費の額、同項第二号イ若しくはロに規定する月別移転試験研究費の額又は同項第三号に規定する移転試験研究費の額若しくは月別移転試験研究費の額に同条第三項第二号に定める費用の額が含まれる場合は、この限りでない。
2新令第二十七条の四第十一項の規定の適用を受ける法人が旧令第二十七条の四第十三項の規定（旧令第三十九条の三十九第十四項の規定を含む。）の適用を受けた法人である場合には、旧令第二十七条の四第十三項の現物分配に係る被現物分配法人がした同項に規定する届出は、新令第二十七条の四第十一項に規定する届出とみなす。ただし、当該被現物分配法人が当該現物分配により同条第三項第二号に掲げる試験研究の用に供される資産の移転を受けている場合は、この限りでない。
3新令第二十七条の四第十九項の規定の適用を受ける法人が旧令第二十七条の四第二十項の規定（旧令第三十九条の三十九第十九項の規定を含む。）の適用を受けた法人である場合には、旧令第二十七条の四第二十項に規定する合理的な方法について受けた認定は新令第二十七条の四第十九項に規定する合理的な方法について受けた認定と、旧令第二十七条の四第二十項の分割等に係る同項の分割法人等及び分割承継法人等がした同項に規定する届出は新令第二十七条の四第十九項に規定する届出と、それぞれみなす。
4新令第二十七条の四第二十一項の規定の適用を受ける法人が旧令第二十七条の四第二十二項の規定（旧令第三十九条の三十九第二十一項の規定を含む。）の適用を受けた法人である場合には、旧令第二十七条の四第二十二項の現物分配に係る被現物分配法人がした同項に規定する届出は、新令第二十七条の四第二十一項に規定する届出とみなす。ただし、当該被現物分配法人が当該現物分配により同条第三項第二号に掲げる試験研究の用に供される資産の移転を受けている場合は、この限りでない。
5新令第二十七条の四第九項、第十一項、第十九項又は第二十一項の規定の適用を受ける法人の同条第九項若しくは第十九項の分割等（第一項又は第三項の規定の適用に係るものを除く。）又は同条第十一項若しくは第二十一項の現物分配（第二項又は前項の規定の適用に係るものを除く。）が施行日以後最初に開始する事業年度開始の日前に行われたものである場合における同条第九項又は第十九項の認定及び同条第十一項又は第二十一項の届出その他前各項の規定の適用に関し必要な経過措置は、財務省令で定める。
（住宅借入金等を有する場合の所得税額の特別控除に関する証明書等に関する経過措置）
附則新令第二十六条の三第三項から第七項まで（これらの規定を新令第二十六条の四第二十四項の規定により読み替えて適用する場合を含む。）の規定は、令和二年十月一日以後に交付する新令第二十六条の三第一項に規定する書類について適用する。
（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
附則法人が新令第二十七条の四第九項の規定の適用を受ける場合には、旧令第二十七条の四第九項に規定する合理的な方法について受けた認定は新令第二十七条の四第九項に規定する合理的な方法について受けた認定と、旧令第二十七条の四第九項の分割等に係る同項の分割法人等及び分割承継法人等がした同項に規定する届出は新令第二十七条の四第九項に規定する届出と、それぞれみなす。
2法人が新令第二十七条の四第二十四項の規定の適用を受ける場合には、旧令第二十七条の四第二十四項に規定する合理的な方法について受けた認定は新令第二十七条の四第二十四項に規定する合理的な方法について受けた認定と、旧令第二十七条の四第二十四項の分割等に係る同項の分割法人等及び分割承継法人等がした同項に規定する届出は新令第二十七条の四第二十四項に規定する届出と、それぞれみなす。
3新令第二十七条の四第九項又は第二十四項の規定の適用を受ける法人の同条第九項又は第二十四項の分割等（前二項の規定の適用に係るものを除く。）が施行日以後最初に開始する事業年度開始の日前に行われたものである場合における同条第九項又は第二十四項の認定及び届出に関し必要な経過措置は、財務省令で定める。
（源泉徴収選択口座内配当等に係る所得計算及び源泉徴収等の特例に関する経過措置）
附則新令第二十五条の十の十三第四項の規定は、施行日以後に同項に規定する提出をする同項に規定する源泉徴収選択口座内配当等受入終了届出書について適用し、施行日前に提出した旧令第二十五条の十の十三第四項に規定する源泉徴収選択口座内配当等受入終了届出書については、なお従前の例による。
（試験研究を行った場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
附則法人が分割等（分割又は現物出資をいう。）について租税特別措置法施行令第二十七条の四第十四項の規定の適用を受ける場合には、当該分割等に係る旧令第二十七条の四第九項の合理的な方法について受けた同項の認定（旧令第三十九条の三十九第八項の認定を含む。）は当該分割等に係る租税特別措置法施行令第二十七条の四第十四項の合理的な方法について受けた同項の認定と、当該分割等についてされた旧令第二十七条の四第九項の届出（旧令第三十九条の三十九第八項の届出を含む。）は当該分割等についてされた租税特別措置法施行令第二十七条の四第十四項の届出と、それぞれみなす。ただし、次に掲げる場合は、この限りでない。
- 一
当該分割等に係る租税特別措置法施行令第二十七条の四第十四項第一号イ若しくはロの移転試験研究費の額又は同項第二号イ若しくはロの月別移転試験研究費の額の計算の基礎となる同項に規定する移転試験研究費の額に旧令第二十七条の四第七項に規定する試験研究費の額に該当しないものが含まれる場合
- 二
当該分割等に係る旧令第二十七条の四第九項第一号イ若しくはロの移転試験研究費の額又は同項第二号イ若しくはロの月別移転試験研究費の額の計算の基礎となった同項に規定する移転試験研究費の額に租税特別措置法施行令第二十七条の四第十二項に規定する試験研究費の額に該当しないものが含まれる場合
2法人が現物分配（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第十二号の五の二に規定する現物分配をいう。以下この条において同じ。）について租税特別措置法施行令第二十七条の四第十六項の規定の適用を受ける場合には、当該現物分配についてされた旧令第二十七条の四第十一項の届出（旧令第三十九条の三十九第十項の届出を含む。）は、当該現物分配についてされた租税特別措置法施行令第二十七条の四第十六項の届出とみなす。
3法人が現物分配について租税特別措置法施行令第二十七条の四第二十三項の規定の適用を受ける場合には、当該現物分配についてされた旧令第二十七条の四第十一項の届出（旧令第三十九条の三十九第十項の届出を含む。）又は旧令第二十七条の四第二十六項の届出（旧令第三十九条の三十九第二十五項の届出を含む。）は、当該現物分配についてされた租税特別措置法施行令第二十七条の四第二十三項の届出とみなす。
4新令第二十七条の四第二十七項（第四号、第五号、第十一号及び第十二号に係る部分に限る。）の規定は、法人が施行日以後に支出する同条第二十八項第二号に定める試験研究費の額について適用し、法人が施行日前に支出した旧令第二十七条の四第十九項第二号に定める試験研究費の額については、なお従前の例による。
5新令第二十七条の四第二十七項（第九号に係る部分に限る。）の規定は、法人が施行日以後に締結する同号に規定する委任契約等に基づいて行われる同号に掲げる試験研究について適用し、法人が施行日前に締結した旧令第二十七条の四第十八項第八号に規定する契約又は協定に基づいて行われる同号に掲げる試験研究については、なお従前の例による。
6法人が現物分配について租税特別措置法施行令第二十七条の四第三十八項の規定の適用を受ける場合には、当該現物分配についてされた旧令第二十七条の四第二十六項の届出（旧令第三十九条の三十九第二十五項の届出を含む。）は、当該現物分配についてされた租税特別措置法施行令第二十七条の四第三十八項の届出とみなす。
7租税特別措置法施行令第二十七条の四第十四項、第十六項、第二十一項、第二十三項、第三十七項又は第三十八項の規定の適用を受ける法人の同条第十四項、第二十一項若しくは第三十七項の分割等（第一項の規定の適用に係るものを除く。）又は同条第十六項、第二十三項若しくは第三十八項の現物分配（第二項、第三項又は前項の規定の適用に係るものを除く。）が施行日以後最初に開始する事業年度開始の日前に行われたものである場合における同条第十四項、第二十一項又は第三十七項の認定及び届出並びに同条第十六項、第二十三項又は第三十八項の届出に関し必要な経過措置は、財務省令で定める。
（探鉱準備金又は海外探鉱準備金に関する経過措置）
附則新令第三十四条第四項から第七項までの規定の適用については、同条第四項に規定する適用を受けた事業年度には同項に規定する前日までに開始した各連結事業年度で令和二年改正前租税特別措置法第六十八条の六十一第一項の規定の適用を受けた連結事業年度を含むものとし、新令第三十四条第六項に規定する適用を受けた事業年度には同項に規定する開始の日の前日までに開始した各連結事業年度で令和二年改正前租税特別措置法第六十八条の六十一第一項の規定の適用を受けた連結事業年度を含むものとし、新令第三十四条第七項に規定する適用を受けなかった場合には同項に規定する合併事業年度において令和二年改正前租税特別措置法第六十八条の六十一第一項の規定の適用を受けなかった場合を含むものとし、新令第三十四条第七項に規定する最初の事業年度までの各事業年度には同項に規定する適格合併後令和二年改正前租税特別措置法第六十八条の六十一第一項の規定の適用を受けた最初の連結事業年度後の各事業年度を含まないものとする。
2新令第三十四条第四項及び第五項の規定により同条第三項に規定する採掘所得金額から控除する金額のうち施行日前に開始した事業年度に係る部分の金額の計算については、第一条の規定による改正前の租税特別措置法施行令（以下「旧令」という。）第三十四条第四項から第七項までの規定の例による。
3第一項の規定は新令第三十四条第十二項において準用する同条第四項から第七項までの規定の適用について、前項の規定は同条第十二項において準用する同条第四項及び第五項の規定により同条第十二項において読み替えて準用する同条第四項に規定する海外採掘所得金額から控除する金額について、それぞれ準用する。この場合において、第一項中「第六十八条の六十一第一項」とあるのは「第六十八条の六十一第二項」と、前項中「第三十四条第四項から」とあるのは「第三十四条第十二項において準用する同条第四項から」と読み替えるものとする。
（航空機燃料税の特例に関する経過措置）
附則改正法附則第五十八条第五項又は第六項の規定の適用がある場合における航空機燃料税法（昭和四十七年法律第七号）第十四条第一項の規定の適用については、同項第一号中「場所ごとの数量及びその合計数量」とあるのは「場所及び税率の異なるごとに区分した数量並びに税率の異なるごとに区分した合計数量」と、同項第二号中「課税標準数量」とあるのは「税率の異なるごとに区分した課税標準数量」とする。
2改正法附則第五十八条第五項又は第六項の規定の適用がある場合における航空機燃料税法施行令（昭和四十七年政令第五十七号）第五条及び第九条の規定の適用については、同令第五条第一号及び第二号中「数量」とあるのは「税率の異なるごとに区分した数量」と、同令第九条第二号及び第三号中「航空機燃料の数量」とあるのは「航空機燃料の税率の異なるごとに、その数量」とする。
（内国法人の外国関係会社に係る所得の課税の特例に関する経過措置）
附則新令第三十九条の十四の三第六項、第八項及び第九項、第三十九条の十五第二項並びに第三十九条の十七の二第二項の規定は、租税特別措置法第六十六条の六第一項各号に掲げる内国法人の施行日以後に開始する事業年度に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分課税対象金額及び同条第八項に規定する金融子会社等部分課税対象金額を計算する場合について適用し、同条第一項各号に掲げる内国法人の施行日前に開始した事業年度に係る同項に規定する課税対象金額、同条第六項に規定する部分課税対象金額及び同条第八項に規定する金融子会社等部分課税対象金額を計算する場合については、なお従前の例による。
（保険会社等の異常危険準備金に関する経過措置）
附則新令第三十三条の二第十項、第十五項及び第二十二項の規定は、法人の施行日以後に開始する事業年度分の法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度分の法人税については、なお従前の例による。
（給与等の支給額が増加した場合の法人税額の特別控除に関する経過措置）
附則改正法附則第五十五条に規定する政令で定めるところにより計算した金額は、新法第四十二条の十二の五第一項の法人又は同条第二項に規定する中小企業者等のこれらの規定の適用を受けようとする事業年度（以下この条において「適用年度」という。）に係る新法第四十二条の十二の五第四項第七号イに規定する雇用者給与等支給額を当該適用年度終了の日における旧法第四十二条の十二第六項第四号に規定する雇用者の数で除して計算した金額に次に掲げる数を合計した数（当該合計した数が地方事業所基準雇用者数（同条第一項第二号イに規定する地方事業所基準雇用者数をいう。）を超える場合には、当該地方事業所基準雇用者数）を乗じて計算した金額の百分の二十に相当する金額とする。
- 一
当該法人又は中小企業者等が当該適用年度において改正法附則第五十四条の規定によりなお従前の例によることとされる場合における旧法第四十二条の十二第一項の規定の適用を受ける場合における当該適用年度の特定新規雇用者基礎数（同項第二号イに規定する特定新規雇用者基礎数をいう。次号イにおいて同じ。）と当該適用年度の特定非新規雇用者基礎数（同項第二号ロに規定する特定非新規雇用者基礎数をいう。次号ロにおいて同じ。）とを合計した数
- 二
当該法人又は中小企業者等が当該適用年度において改正法附則第五十四条の規定によりなお従前の例によることとされる場合における旧法第四十二条の十二第二項の規定の適用を受ける場合における当該適用年度の同条第六項第十六号イに掲げる数のうち同号ロに掲げる数に達するまでの数から当該法人又は中小企業者等が当該適用年度において改正法附則第五十四条の規定によりなお従前の例によることとされる場合における旧法第四十二条の十二第一項の規定の適用を受ける場合における当該適用年度の次に掲げる数を合計した数を控除した数- イ
特定新規雇用者基礎数のうち旧法第四十二条の十二第六項第十号に規定する移転型特定新規雇用者数に達するまでの数
- ロ
特定非新規雇用者基礎数のうち旧法第四十二条の十二第一項第二号ロに規定する移転型特定非新規雇用者基礎数に達するまでの数