国立研究開発法人日本医療研究開発機構（以下「機構」という。）は、医療分野の研究開発における基礎的な研究開発から実用化のための研究開発までの一貫した研究開発の推進及びその成果の円滑な実用化並びに医療分野の研究開発が円滑かつ効果的に行われるための環境の整備を総合的かつ効果的に行うため、医療分野研究開発推進計画（健康・医療戦略推進法（平成二十六年法律第四十八号）第十八条第一項に規定する医療分野研究開発推進計画をいう。）に基づき、大学、研究開発法人（科学技術・イノベーション創出の活性化に関する法律（平成二十年法律第六十三号）第二条第九項に規定する研究開発法人をいう。）その他の研究機関（以下この条において単に「研究機関」という。）の能力を活用して行う医療分野の研究開発及びその環境の整備、研究機関における医療分野の研究開発及びその環境の整備の助成等の業務を行うことを目的とする。
機構の成立の際、附則第八条の規定による改正前の独立行政法人医薬基盤研究所法（平成十六年法律第百三十五号）第十五条第一号ロ及び第三号に掲げる業務に関し、現に国立研究開発法人医薬基盤・健康・栄養研究所（次項及び第四項において「医薬基盤・健康・栄養研究所」という。）が有する権利及び義務のうち政令で定めるものは、機構の成立の時において機構が承継する。
2前項の規定により機構が医薬基盤・健康・栄養研究所の権利及び義務を承継したときは、その承継の際、承継される資産の価額から負債の金額を差し引いた額に相当する金額は、政府から機構に対し出資されたものとする。
3前条第三項及び第四項の規定は、前項の資産の価額について準用する。
4医薬基盤・健康・栄養研究所は、第一項の規定により機構が医薬基盤・健康・栄養研究所の権利及び義務を承継したときは、第二項の規定により機構に対し出資されたものとされた額に対応する額として厚生労働大臣が定める金額によりその資本金を減少するものとする。