市町村の長は、法第七条第二項又は第十一条第二項（法第十二条第三項、第十三条第二項及び第十四条第四項の規定において準用する場合を含む。）の規定により特別永住者証明書を交付したときは、その旨、交付年月日及び当該特別永住者証明書の番号を出入国在留管理庁長官に通知するものとする。
2前項の規定による通知は、出入国在留管理庁長官が市町村の長に使用させる電子計算機（入出力装置を含む。）から電気通信回線を通じて出入国在留管理庁長官の使用に係る電子計算機に送信する方法その他の法務省令で定める方法により行うものとする。
特別永住者が、改正法附則第二十八条第一項の規定により特別永住者証明書とみなされる改正法第四条の規定による廃止前の外国人登録法（昭和二十七年法律第百二十五号）に規定する外国人登録証明書を提出して法第十条第二項の規定による届出をした場合における第三条の規定の適用については、同条第二号中「特別永住者証明書の番号」とあるのは、「出入国管理及び難民認定法及び日本国との平和条約に基づき日本の国籍を離脱した者等の出入国管理に関する特例法の一部を改正する等の法律（平成二十一年法律第七十九号）第四条の規定による廃止前の外国人登録法（昭和二十七年法律第百二十五号）に規定する外国人登録証明書の登録番号」とする。