内閣は、毎会計年度、歳入歳出決定計算書に基づいて、各特別会計の歳入歳出決算を作成し、一般会計の歳入歳出決算とともに、国会に提出しなければならない。
2各特別会計の歳入歳出決算には、歳入歳出決定計算書及び前条第二項各号に掲げる書類を添付しなければならない。
3各特別会計の歳入歳出決算についての財政法第三十八条第二項の規定の適用については、同項中「二 前年度繰越額」とあるのは、「／二 前年度繰越額／二の二 特別会計に関する法律（平成十九年法律第二十三号）第七条第一項の規定による経費の増額の金額／」とする。
第六条の規定にかかわらず、地方特例交付金等の地方財政の特別措置に関する法律（平成十一年法律第十七号）第二条第三項に規定する地方特例交付金の総額は、毎会計年度、一般会計から交付税特別会計に繰り入れるものとする。
2第六条の規定にかかわらず、毎会計年度、予算で定めるところにより、当該年度における道路交通法第百二十八条第一項（同法第百三十条の二第三項において準用する場合を含む。）の規定により納付された反則金（同法第百二十九条第三項の規定により反則金の納付とみなされる同条第一項の規定による仮納付に係るものを含む。以下この項及び次条第一項において「反則金等」という。）の収入に相当する額（反則金等の収入見込額として当該年度の一般会計の歳入予算に計上された金額を限度とする。）に、当該年度の前年度以前の年度における同法附則第十六条第一項の規定による交通安全対策特別交付金に相当する金額、同法第百二十九条第四項の規定による返還金に相当する金額、同法第百二十七条第一項後段に規定する通告書の送付に要する費用に相当する額として都道府県に支出する支出金に相当する金額及び過誤納に係る反則金等の返還金に相当する金額で、まだ交付税特別会計に繰り入れていない額を加算した額に相当する金額を、一般会計から交付税特別会計に繰り入れるものとする。
3令和八年度においては、地方公共団体金融機構法（平成十九年法律第六十四号）附則第十四条の規定に基づき公庫債権金利変動準備金の一部を財政投融資特別会計の投資勘定に帰属させるものとし、当該帰属させた額を、予算で定めるところにより、財政投融資特別会計の投資勘定から交付税特別会計に繰り入れるものとする。
この法律の施行の日が独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律（平成二十一年法律第 号）の施行の日前である場合には、第三条のうち、独立行政法人新エネルギー・産業技術総合開発機構法附則第十五条第三項の改正規定中「附則第十五条第三項中」とあるのは「附則第十四条第二項及び第十五条第三項中」とし、前条のうち、特別会計に関する法律第八十五条第三項第一号イの改正規定中「可燃性天然ガス及び石炭の利用の促進又は」とあるのは「可燃性天然ガス及び石炭の利用の促進若しくは」とする。
2前項の場合において、独立行政法人通則法の一部を改正する法律の施行に伴う関係法律の整備等に関する法律第二十五条のうち、特別会計に関する法律第八十五条第三項第一号イの改正規定中「「若しくは非化石エネルギー」を「又は非化石エネルギー」に改め、「又はエネルギー等の使用の合理化及び資源の有効な利用に関する事業活動の促進に関する臨時措置法（平成五年法律第十八号）第十条第一号に掲げる業務（同法第二条第七項第一号から第四号までに掲げる特定事業活動又は同条第八項第一号若しくは第二号に掲げる特定設備の設置若しくは改善に係るものに限る。）」を削る。」とあるのは、「「又はエネルギー等の使用の合理化及び資源の有効な利用に関する事業活動の促進に関する臨時措置法（平成五年法律第十八号）第十条第一号に掲げる業務（同法第二条第七項第一号から第四号までに掲げる特定事業活動又は同条第八項第一号若しくは第二号に掲げる特定設備の設置若しくは改善に係るものに限る。）」を削る。」とする。
旧特別会計法に基づく漁船再保険及び漁業共済保険特別会計（以下この条において「旧漁船再保険及び漁業共済保険特別会計」という。）の平成二十五年度の収入及び支出並びに同年度以前の年度の決算に関しては、なお従前の例による。この場合において、旧漁船再保険及び漁業共済保険特別会計の平成二十六年度の歳入に繰り入れるべき金額があるときは、当該金額のうち、旧漁船再保険及び漁業共済保険特別会計の漁船普通保険勘定、漁船特殊保険勘定又は漁船乗組員給与保険勘定に係るものは新食料安定供給特別会計の漁船再保険勘定の歳入に、旧漁船再保険及び漁業共済保険特別会計の漁業共済保険勘定に係るものは新食料安定供給特別会計の漁業共済保険勘定の歳入に、旧漁船再保険及び漁業共済保険特別会計の業務勘定に係るものは新食料安定供給特別会計の業務勘定の歳入に、それぞれ繰り入れるものとする。
2旧漁船再保険及び漁業共済保険特別会計の業務勘定の平成二十五年度の歳出予算の経費の金額のうち財政法第十四条の三第一項又は第四十二条ただし書の規定による繰越しを必要とするものは、新食料安定供給特別会計の業務勘定に繰り越して使用することができる。
3旧漁船再保険及び漁業共済保険特別会計の平成二十五年度の出納の完結の際、旧漁船再保険及び漁業共済保険特別会計に所属する積立金は、新特別会計法第百三十四条第一項の規定により、旧漁船再保険及び漁業共済保険特別会計の漁船普通保険勘定、漁船特殊保険勘定又は漁船乗組員給与保険勘定に係るものは新食料安定供給特別会計の漁船再保険勘定に、旧漁船再保険及び漁業共済保険特別会計の漁業共済保険勘定に係るものは新食料安定供給特別会計の漁業共済保険勘定に所属する積立金として、それぞれ積み立てられたものとみなす。
4この法律の施行の際、旧漁船再保険及び漁業共済保険特別会計に所属する権利義務は、旧漁船再保険及び漁業共済保険特別会計の漁船普通保険勘定、漁船特殊保険勘定又は漁船乗組員給与保険勘定に係るものは新食料安定供給特別会計の漁船再保険勘定に、旧漁船再保険及び漁業共済保険特別会計の漁業共済保険勘定に係るものは新食料安定供給特別会計の漁業共済保険勘定に、旧漁船再保険及び漁業共済保険特別会計の業務勘定に係るものは新食料安定供給特別会計の業務勘定に、それぞれ帰属するものとする。
5前項の規定により新食料安定供給特別会計の漁船再保険勘定、漁業共済保険勘定又は業務勘定に帰属する権利義務に係る収入及び支出は、当該各勘定の歳入及び歳出とする。