第四十九条
新たに設置された合併市町村において合併特例区が設けられた場合においては、合併関係市町村の長であった者（地方自治法第百五十二条又は第二百五十二条の十七の八第一項の規定によりその職務を代理した者又は行った者を含む。）のうちから合併関係市町村の協議により定めた者が、当該合併特例区の長が選任されるまでの間、その職務を行う。この場合において、当該職務を行う者に対して支給する給与その他の給付は、合併関係市町村の協議により定めるものとする。
2前項の協議については、合併関係市町村の議会の議決を経るものとし、その協議が成立したときは、合併関係市町村は、直ちに、その内容を告示しなければならない。
3第一項の規定により合併特例区の長の職務を行う者は、必要な収支につき暫定予算を作成し、当該合併特例区の長が選任されるまでの間、法第四十二条第五項に規定する合併特例区協議会の同意及び同条第六項に規定する合併市町村の長の承認を得ないで、これを執行することができる。
4第一項の規定により合併特例区の長の職務を行う者は、法第四十八条第二項、法第四十一条において読み替えて適用する地方自治法第四条の二第一項、第二項第三号及び第四項、法第四十七条において読み替えて準用する地方自治法第二百九条第二項、第二百二十八条第一項前段並びに第二百四十一条第一項、第二項及び第八項並びに法第四十八条第三項において読み替えて準用する地方自治法第二百四十四条の二第三項、第四項及び第九項の合併特例区規則が施行されるまでの間、従来当該合併特例区の区域に係る合併関係市町村に施行された同法第四条の二第一項、第二項第三号及び第四項、第二百九条第二項、第二百二十八条第一項前段、第二百四十一条第一項、第二項及び第八項並びに第二百四十四条の二第一項（公の施設の管理に関する部分に限る。）、第三項、第四項及び第九項の条例を当該合併特例区の合併特例区規則として当該区域に引き続き施行することができる。