第三十二条
寄託金運用業務に係る勘定（次項において「寄託金運用勘定」という。）については、通則法第四十四条第一項ただし書及び第三項の規定は、適用しない。
2機構は、寄託金運用勘定において、通則法第四十四条第一項本文又は第二項の規定による整理を行った後、同条第一項本文の規定による積立金があるときは、その額に相当する金額を、翌事業年度以降の寄託金運用業務の財源に充てなければならない。
3機構は、助成勘定において、通則法第三十五条の四第二項第一号に規定する中長期目標の期間（以下この項及び次項において「中長期目標の期間」という。）の最後の事業年度に係る通則法第四十四条第一項又は第二項の規定による整理を行った後、同条第一項の規定による積立金があるときは、その額に相当する金額のうち文部科学大臣の承認を受けた金額を、当該中長期目標の期間の次の中長期目標の期間に係る通則法第三十五条の五第一項の認可を受けた中長期計画（同項後段の規定による変更の認可を受けたときは、その変更後のもの）の定めるところにより、当該次の中長期目標の期間における第二十三条第一項第六号に掲げる業務及び特別助成業務の財源に充てることができる。
4機構は、助成勘定において、前項に規定する積立金の額に相当する金額から同項の規定による承認を受けた金額を控除してなお残余があるときは、その残余の額のうち文部科学大臣の承認を受けた金額を、当該中長期目標の期間の次の中長期目標の期間における同項に規定する積立金として整理することができる。
5機構は、第三項に規定する積立金の額に相当する金額から前二項の規定による承認を受けた金額を控除してなお残余があるときは、その残余の額を国庫に納付しなければならない。
6文献情報提供業務に係る勘定（以下「文献情報提供勘定」という。）における通則法第四十四条第一項ただし書の規定の適用については、同項ただし書中「第三項の規定により同項の使途に充てる場合」とあるのは、「政令で定めるところにより計算した額を国庫に納付する場合又は第三項の規定により同項の使途に充てる場合」とする。
7第三項及び第五項の規定は、文献情報提供勘定における積立金の処分について準用する。この場合において、第三項中「通則法第四十四条第一項」とあるのは「第六項の規定により読み替えられた通則法第四十四条第一項」と、「第二十三条第一項第六号に掲げる業務及び特別助成業務」とあるのは「文献情報提供業務」と、第五項中「前二項」とあるのは「同項」と読み替えるものとする。
8第三項及び第五項の規定は、前条第一項第四号に掲げる業務に係る勘定における積立金の処分について準用する。この場合において、第三項中「第二十三条第一項第六号に掲げる業務及び特別助成業務」とあるのは「前条第一項第四号に掲げる業務」と、第五項中「前二項」とあるのは「同項」と読み替えるものとする。
9前各項に定めるもののほか、納付金の納付の手続その他積立金の処分に関し必要な事項は、政令で定める。