第五条第一項、第五条の三第一項及び第二項並びに第六条から第八条までの規定は、タンカー以外の船舶で総トン数百トン未満のものについては、適用しない。
2第五条第三項の規定及び第五条の二（分離バラストタンクに係る部分に限る。）の規定は、その貨物艙の一部分がばら積みの液体貨物の輸送のための構造を有する船舶であつて第三条第九号に規定するものについては、適用しない。
3第六条及び第七条の規定は、日本船舶（船舶法（明治三十二年法律第四十六号）第一条に規定する日本船舶をいう。以下同じ。）以外の船舶（以下「外国船舶」という。）については、適用しない。
第八条の規定による改正後の海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律（以下この条において「新海洋汚染防止法」という。）第九条の二第四項の登録、第十七条の十二第一項の登録、第十七条の十五第三項において準用する新船舶安全法第六条ノ四第一項の登録又は新海洋汚染防止法第四十三条の六第一項の登録を受けようとする者は、第八条の規定の施行前においても、その申請を行うことができる。新海洋汚染防止法第九条の十一第一項の規定による確認業務規程又は新海洋汚染防止法第十七条の十二第三項、第十七条の十五第三項若しくは第四十三条の六第二項において準用する新船舶安全法第二十五条の五十一第一項の規定による検定業務規程その他の規程の認可の申請についても、同様とする。
2第八条の規定の施行の際現に同条の規定による改正前の海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律（以下この条において「旧海洋汚染防止法」という。）第九条の二第四項の指定、第十七条の十二第一項の認定、第十七条の十五第三項において準用する旧船舶安全法第六条ノ四第一項の指定又は旧海洋汚染防止法第十条第二項若しくは第三十九条の三の規定を実施するための国土交通省令の規定による新海洋汚染防止法第四十三条の六第一項の登録に相当する処分を受けている者は、第八条の規定の施行の日から起算して六月を経過する日までの間は、それぞれ新海洋汚染防止法第九条の二第四項の登録、第十七条の十二第一項の登録、第十七条の十五第三項において準用する新船舶安全法第六条ノ四第一項の登録又は新海洋汚染防止法第四十三条の六第一項の登録を受けているものとみなす。
3第八条の規定の施行前にされた旧海洋汚染防止法第九条の二第五項の規定による確認の申請又は旧海洋汚染防止法第十七条の十五第一項において準用する旧船舶安全法第六条ノ四第一項の規定による検定の申請であって、第八条の規定の施行の際、確認をするかどうかの処分又は検定の合格若しくは不合格の処分がなされていないものについての処分については、なお従前の例による。
4第八条の規定の施行の際現に旧海洋汚染防止法第九条の二第四項の指定又は第十七条の十五第三項において準用する旧船舶安全法第六条ノ四第一項の指定を受けている者が行うべき第八条の規定の施行の日の属する事業年度の確認業務に関する事業報告書及び収支決算書の作成並びにこれらの書類の海上保安庁長官に対する提出又は決算報告書及び事業報告書の作成並びにこれらの書類の国土交通大臣に対する提出については、なお従前の例による。
5第八条の規定の施行前に旧海洋汚染防止法第九条の二第四項の規定により指定確認機関がした確認業務（第三項の規定によりなお従前の例によることとされる場合におけるものを含む。）に係る処分又はその不作為に関する行政不服審査法による審査請求については、なお従前の例による。
6第八条の規定の施行前に旧海洋汚染防止法第十七条の十五第一項において準用する旧船舶安全法第六条ノ四第一項の規定により旧海洋汚染防止法第十七条の十五第三項において準用する旧船舶安全法第六条ノ四第一項に規定する指定検定機関がした検定（第三項の規定によりなお従前の例によることとされる場合におけるものを含む。）に係る再検定及びその取消しの訴えについては、なお従前の例による。
海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律（昭和四十五年法律第百三十六号。以下この条及び次条において「海洋汚染等防止法」という。）第十九条の三十五の三の規定は、この法律の施行の際現に船舶に使用されている材料又は設置されている設備及び平成三十二年一月一日前において政令で定める日以前に船舶に使用されている政令で定めるオゾン層破壊物質（以下この項において「特定オゾン層破壊物質」という。）を含む材料又は同日以前に船舶に設置されている特定オゾン層破壊物質を含む設備については、適用しない。
2フロン類の使用の合理化及び管理の適正化に関する法律（平成十三年法律第六十四号）第八十六条に定めるもののほか、何人も、海域において、前項の規定により海洋汚染等防止法第十九条の三十五の三の規定の適用を受けないこととされている材料又は設備に含まれる平成二十二年新法第三条第六号の二のオゾン層破壊物質であっても、これをみだりに放出してはならない。
3国際航海に従事する船舶のうち国土交通省令で定める総トン数以上のものの船長（専ら他の船舶に引かれ、又は押されて航行する船舶（以下この項において「引かれ船等」という。）にあっては、船舶所有者。次項及び第五項において同じ。）は、当該船舶に設置している前項に規定する設備（海洋汚染等防止法第十九条の三十五の三の国土交通省令で定めるものを除く。）の名称及び設置場所を記載した一覧表（第六項において単に「一覧表」という。）を当該船舶内（引かれ船等にあっては、当該船舶を管理する船舶所有者の事務所。次項において同じ。）に備え置き、又は掲示しておかなければならない。
4前項の船舶の船長は、オゾン層破壊物質記録簿を当該船舶内に備え付けなければならない。
5第三項の船舶の船長は、同項の設備の修理その他当該設備の取扱いに関する作業で国土交通省令で定めるものが行われたときは、その都度、国土交通省令で定めるところにより、オゾン層破壊物質記録簿への記載を行わなければならない。
6国土交通大臣又は海上保安庁長官は、前三項の規定の施行に必要な限度において、その職員に、船舶又は船舶所有者の事務所に立ち入り、一覧表若しくはオゾン層破壊物質記録簿を検査させ、又は関係者に質問させることができる。
7前項の規定により立入検査をする職員は、その身分を示す証明書を携帯し、関係人にこれを提示しなければならない。
8第六項の規定による立入検査の権限は、犯罪捜査のために認められたものと解してはならない。
9第二項の規定に違反した者は、五十万円以下の罰金に処する。
10第三項、第四項又は第五項の規定に違反した者は、三十万円以下の罰金に処する。
11第六項の規定による検査を拒み、妨げ、若しくは忌避し、又は質問に対し陳述をせず若しくは虚偽の陳述をした者は、三十万円以下の罰金に処する。
12法人の代表者又は法人若しくは人の代理人、使用人その他の従業者が、その法人又は人の業務に関し、前三項の違反行為をしたときは、行為者を罰するほか、その法人又は人に対して、当該各項の刑を科する。
海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律等の一部を改正する法律（平成十六年法律第三十六号）の施行の日が施行日前となる場合における前条の規定の適用については、同条（見出しを含む。）中「海洋汚染及び海上災害の防止に関する法律」とあるのは、「海洋汚染等及び海上災害の防止に関する法律」とする。
附則第二条から前条までに定めるもののほか、この法律の施行に関し必要となる経過措置（罰則に関する経過措置を含む。）は、政令で定める。
センターは、政府以外の者から旧海洋汚染等防止法第四十二条の二十八の基金に出えんされた金額（以下「出えん金」という。）について、旧海洋汚染等防止法第四十二条の二十五第一号及び第二号の業務の実施の状況、当該基金の状況その他の状況を勘案して、当該業務に支障がないと認めるときは、国土交通大臣の認可を受けて、これを当該出えん金を出えんした者に対し、その出えん金の額を限度として返還することができる。
2前項の規定により出えん金の返還がなされたときは、旧海洋汚染等防止法第四十二条の二十八の基金は、その返還した金額により減少するものとする。
この法律の施行前にした行為並びに附則第五条及び前二条の規定によりなお従前の例によることとされる場合におけるこの法律の施行後にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。