この法律において「家畜伝染病」とは、次の表の上欄に掲げる伝染性疾病であつてそれぞれ相当下欄に掲げる家畜及び当該伝染性疾病ごとに政令で定めるその他の家畜についてのものをいう。
2この法律において「患畜」とは、家畜伝染病（腐蛆病を除く。）にかかつている家畜をいい、「疑似患畜」とは、患畜である疑いがある家畜及び牛疫、牛肺疫、口蹄疫、狂犬病、豚熱、アフリカ豚熱、高病原性鳥インフルエンザ又は低病原性鳥インフルエンザの病原体に触れたため、又は触れた疑いがあるため、患畜となるおそれがある家畜をいう。
3農林水産大臣は、第一項の政令の制定又は改廃の立案をしようとするときは、食料・農業・農村政策審議会の意見を聴かなければならない。
家畜伝染病予防法（大正十一年法律第二十九号。以下「旧法」という。）は、廃止する。ただし、この法律施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
この法律の施行の日（以下「施行日」という。）前に第二条の規定による改正前の家畜伝染病予防法（以下「旧法」という。）第四条第一項の規定による届出があった家畜に係る同条第三項の規定による通報及び報告については、なお従前の例による。
2施行日前に旧法第六条第一項の規定により検査を受けた家畜については、第二条の規定による改正後の家畜伝染病予防法（以下「新法」という。）第七条及び第八条の適用については、新法第五条第一項の規定により検査を受けたものとみなす。
3施行日前に旧法第六条第二項の規定により公示が行われた同条第一項の検査については、なお従前の例による。
4施行日前に旧法第十三条第一項の規定による届出があった家畜に係る同条第四項の規定による公示、通報及び報告並びに同条第五項の規定による公示、報告及び通報については、なお従前の例による。
5この法律の施行の際現に旧法第三十六条第一項ただし書の許可を受けている家畜の伝染性疾病の病原体の輸入については、なお従前の例による。
6この法律の施行の際現にされている旧法第三十六条第一項ただし書の許可の申請は、新法第三十六条第一項第二号に掲げる家畜の伝染性疾病の病原体に係るものにあっては同項の規定によりした同項ただし書の許可の申請と、新法第三十六条の二第一項の家畜の伝染性疾病の病原体に係るものにあっては同項の規定によりした届出とみなす。
7施行日前に旧法第四十条第一項の規定による届出、旧法第四十二条第二項の規定による届出、旧法第四十三条第一項の規定による通知又は同条第五項の規定による届出（以下この項において「届出等」という。）があった指定検疫物について旧法第四十条第一項、第四十二条第二項、第四十三条第二項又は第五項の規定による検査が行われていない場合には、当該届出等は、新法第四十条第一項の規定による届出、新法第四十二条第二項の規定による届出、新法第四十三条第一項の規定による通知又は同条第五項の規定による届出とみなす。
8施行日前に旧法第四十条第一項若しくは第二項、第四十一条、第四十二条第二項又は第四十三条第二項若しくは第五項の規定により行われた検査であって、施行日前に旧法第四十四条の規定による輸入検疫証明書の交付又は旧法第四十六条の規定による処置がされていないものについては、新法第四十四条及び第四十六条の規定を適用する。
9施行日前に旧法第十七条の規定により殺された患畜、旧法第十七条若しくは第二十条第一項の規定により殺された疑似患畜、旧法第六条第一項、第三十条第一項、第三十一条第一項若しくは第四十六条第二項の規定による検査、注射、薬浴若しくは投薬を行ったため死亡した動物若しくは死産し、若しくは流産した動物の胎児若しくは旧法第二十三条の規定により焼却し、若しくは埋却した物品に係る旧法第五十八条の規定による手当金の交付、旧法第二十一条第一項若しくは第二十三条第一項の規定により焼却し、若しくは埋却した家畜の死体若しくは物品に係る旧法第五十九条の規定による費用の負担又は旧法第六十条の規定による都道府県知事若しくは家畜防疫員が旧法を執行するために必要とした同条各号に掲げる費用の負担については、なお従前の例による。
この法律の施行前にした行為に対する罰則の適用については、なお従前の例による。
政府は、この法律の施行後五年を経過した場合において、第一条から第五条までの規定による改正後の規定の施行の状況等について検討を加え、必要があると認めるときは、その結果に基づいて所要の措置を講ずるものとする。
前条第二号に掲げる規定の施行の日（以下「一部施行日」という。）前にこの法律による改正前の家畜伝染病予防法（以下「旧法」という。）第十二条の三の規定により定められ、又は改正された同条第一項に規定する飼養衛生管理基準は、一部施行日から起算して六月を経過する日（その日までにこの法律による改正後の家畜伝染病予防法（以下「新法」という。）第十二条の三の規定により定められ、又は改正されたときは、その定められ、又は改正された日）までの間は、新法第十二条の三の規定により定められ、又は改正された同条第一項に規定する飼養衛生管理基準とみなす。
この法律（前条各号に掲げる規定にあっては、当該規定。以下この条及び次条において同じ。）の施行の日前に、この法律による改正前の法律又はこれに基づく命令の規定（欠格条項その他の権利の制限に係る措置を定めるものに限る。）に基づき行われた行政庁の処分その他の行為及び当該規定により生じた失職の効力については、なお従前の例による。
この法律の施行前にされたこの法律による改正前の家畜伝染病予防法第二条第一項の表二十の項に規定する豚コレラ又は同表二十一の項に規定するアフリカ豚コレラに係る処分、手続その他の行為は、それぞれこの法律による改正後の家畜伝染病予防法（次条において「新法」という。）第二条第一項の表二十の項に規定する豚熱又は同表二十一の項に規定するアフリカ豚熱に係る処分、手続その他の行為としてされたものとみなす。
この法律の施行の日（以下「施行日」という。）前にされたこの法律による改正前の家畜伝染病予防法（以下「旧法」という。）第二条第一項の表六の項に規定する水胞性口炎、同表十の項に規定するブルセラ病、同表十一の項に規定する結核病、同表十三の項に規定するピロプラズマ病、同表十四の項に規定するアナプラズマ病、同表二十二の項に規定する豚水胞病又は同表二十七の項に規定する家きんサルモネラ感染症に係る処分、手続その他の行為は、それぞれこの法律による改正後の家畜伝染病予防法（以下「新法」という。）第二条第一項の表六の項に規定する水疱性口内炎、同表十の項に規定するブルセラ症、同表十一の項に規定する結核、同表十三の項に規定するピロプラズマ症、同表十四の項に規定するアナプラズマ症、同表二十二の項に規定する豚水疱病又は同表二十七の項に規定する家きんサルモネラ症に係る処分、手続その他の行為としてされたものとみなす。