この法律中「所轄庁」とあるのは、第一号、第三号及び第五号に掲げるものにあつては文部科学大臣とし、第二号及び第四号に掲げるものにあつては都道府県知事（第二号に掲げるもののうち地方自治法（昭和二十二年法律第六十七号）第二百五十二条の十九第一項の指定都市又は同法第二百五十二条の二十二第一項の中核市（以下この条において「指定都市等」という。）の区域内の幼保連携型認定こども園にあつては、当該指定都市等の長）とする。
第七十七条の規定の施行前に、同条の規定による改正前の私立学校法第六十三条第一項の規定による通知がされた場合においては、当該通知に係る学校法人の収益事業の停止及び解散命令の手続に関しては、第七十七条の規定による改正後の同法の規定にかかわらず、なお従前の例による。
新法第三十七条第三項（第三号に係る部分に限る。）の規定は、平成十六年四月一日以後に始まる会計年度に係る監査報告書について適用する。
新私立学校法第六十八条（会計帳簿及びこれに関する資料並びに貸借対照表等（貸借対照表、収支計算書及び事業報告書並びにこれらの附属書類、監査報告並びに会計監査報告をいう。以下この項において同じ。）に係る部分に限る。）、第百二条、第百三条（第一項を除く。）、第百四条から第百六条まで、第百三十七条（第二号中貸借対照表等に係る部分に限る。）及び第百五十一条（第二号中貸借対照表等に係る部分に限る。）（これらの規定を新私立学校法第百五十二条第六項において準用する場合を含む。）の規定は、施行日以後に開始する会計年度に係る会計帳簿及びこれに関連する資料並びに貸借対照表等について適用し、施行日前に開始した会計年度に係る貸借対照表、収支計算書、事業報告書及び監査報告書の作成、備置き、閲覧、公表、理事会への提出並びに評議員会への提出及び報告については、なお従前の例による。
2新私立学校法第百一条（新私立学校法第百五十二条第六項において準用する場合を含む。）の規定は、施行日以後に開始する会計年度の会計について適用する。