各特別会計において、毎会計年度東日本大震災復興特別会計から受け入れた金額が、当該年度における第二百二十九条第一項の規定による繰入金として同会計から受け入れるべき金額に対して超過し、又は不足する場合には、当該超過額に相当する金額は、翌年度において同項の規定による繰入金として受け入れる金額がある場合にあっては当該受け入れる金額から減額しなお残余があるときは翌々年度までに同会計に返還し、当該受け入れる金額がない場合にあっては翌々年度までに同会計に返還し、当該不足額に相当する金額は、翌々年度までに同会計から補塡するものとする。
未完了借入事業の工事に関する経理は、平成二十年度から工事完了年度（未完了借入事業の工事の全部が完了する年度として政令で定める年度をいう。次条において同じ。）の末日までの間、第百二十四条第一項の規定にかかわらず、食料安定供給特別会計において行うものとする。
2前項の規定により未完了借入事業の工事に関する経理を食料安定供給特別会計において行う場合においては、第百二十六条の規定にかかわらず、同会計は、農業経営安定勘定、食糧管理勘定、農業共済再保険勘定、漁船再保険勘定、漁業共済保険勘定、業務勘定及び国営土地改良事業勘定に区分する。
3国営土地改良事業経過勘定における歳入及び歳出は、次のとおりとする。
4国営土地改良事業経過勘定における歳入歳出予定計算書等の添付書類については、第百二十八条の規定は適用せず、附則第百六十四条の規定を準用する。
5国営土地改良事業経過勘定における歳入歳出決定計算書の添付書類については、第百三十五条の規定は適用せず、附則第百六十七条の規定を準用する。
6附則第百六十五条、第百六十六条及び第百六十八条から第百七十二条までの規定は、国営土地改良事業経過勘定について準用する。
7附則第三十九条の規定によるほか、国営土地改良事業経過勘定の業務のために使用する必要がある場合において、前条第四項の規定により一般会計に帰属した国有財産を、政令で定めるところにより、国営土地改良事業経過勘定において使用するときは、当分の間、食料安定供給特別会計と一般会計との間において無償として整理することができる。
8社会資本整備特別措置法第七条第二項の規定により一般会計から国営土地改良事業経過勘定に繰入れを行う場合における第三項並びに第六項において準用する附則第百六十五条及び第百六十六条の規定の適用については、第三項第一号イ中「一般会計からの繰入金」とあるのは「第六項において準用する附則第百六十五条若しくは第十項又は社会資本整備特別措置法第七条第二項の規定による一般会計からの繰入金」と、同項第二号ヘ中「一般会計への繰入金」とあるのは「第六項において準用する附則第百六十六条、第九項又は第十一項の規定による一般会計への繰入金」と、第六項において準用する附則第百六十五条中「費用と」とあるのは「費用（社会資本整備特別措置法第七条第二項の規定により一般会計から国営土地改良事業勘定に繰り入れられる金額をもって充てるものを除く。）と」と、同項において準用する附則第百六十六条第一項中「繰り入れるものとする。」とあるのは「繰り入れるものとする。社会資本整備特別措置法第七条第二項の規定により一般会計から国営土地改良事業勘定に繰入れがあった場合の当該繰入れの金額に対応するものについても、同様とする。」とする。
9社会資本整備特別措置法第七条第二項の規定により一般会計から国営土地改良事業経過勘定に繰入れを行った場合においては、当該繰入金を国営土地改良事業経過勘定に繰り入れた会計年度及びこれに続く五箇年度以内に、当該繰入金に相当する金額（第十一項の規定により繰入れを行った場合においては、当該繰入金に相当する金額を控除した金額）に達するまでの金額を、予算で定めるところにより、国営土地改良事業経過勘定から一般会計に繰り入れるものとする。
10読替え後の第六条の規定にかかわらず、前項の規定により繰入れを行う場合においては、当該繰入金に相当する金額を、一般会計から国営土地改良事業経過勘定に繰り入れるものとする。
11社会資本整備特別措置法第七条第二項の規定により一般会計から国営土地改良事業経過勘定に繰り入れられた繰入金の額が、同項に規定する当該公共的建設事業であって国営土地改良事業経過勘定において経理されるものの当該年度において要した費用（当該年度において国が負担した費用に限る。）を超過する場合においては、当該超過額に相当する金額は、翌年度において同項の規定による一般会計からの繰入金額から減額し、なお残余があるときは、翌々年度までに国営土地改良事業経過勘定から一般会計に繰り入れるものとする。
12第二百二十九条第一項の規定により東日本大震災復興特別会計から国営土地改良事業経過勘定に繰入れを行う場合における第六項において準用する附則第百七十二条の規定の適用については、同条第三項中「一般会計」とあるのは、「一般会計又は東日本大震災復興特別会計」とする。
13土地改良工事に係る土地改良法第九十条第一項の規定による負担金及びその利息の額のうち、第二百二十九条第一項の規定により東日本大震災復興特別会計から国営土地改良事業経過勘定に繰り入れた金額に対応するものは、当該負担金及びその利息の収納後、遅滞なく、政令で定めるところにより、同勘定から同会計に繰り入れるものとする。