機構が行う特定施設の新築若しくは改築又は当該新築若しくは改築に係る特定施設の管理に関しては、機構は、河川法第十七条から第十九条まで、第二十一条、第六十六条から第六十八条まで、第七十四条、第八十九条及び第九十九条の規定に基づく河川管理者の権限を行うものとする。
2前項の規定により機構が負担させる河川法第六十七条又は第六十八条第二項の規定に基づく負担金は、機構の収入とし、機構は、同法第七十四条第三項の納付義務者が負担金等及び延滞金を納付しない場合においては、国税滞納処分の例により、滞納処分をすることができる。
3第一項の規定により機構が河川管理者の権限を行う場合において、河川法第十八条の他の工事の施行者若しくは他の行為の行為者、同法第十九条の他の工事の目的である工作物の管理者又は同法第六十七条若しくは第六十八条第二項の費用を負担する者が国又は地方公共団体であるときは、機構は、あらかじめ、これらの者に協議しなければならない。
公団が法附則第六条の規定による廃止前の水資源開発公団法（昭和三十六年法律第二百十八号）第三十九条第一項の規定により発行した水資源開発債券に係る水資源開発債券原簿及び利札の取扱いについては、附則第八条の規定の施行後においても、同条の規定による廃止前の水資源開発債券令第八条及び第九条の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同令第八条第一項中「公団は、主たる事務所に」とあるのは「独立行政法人水資源機構は、その水資源開発債券原簿に係る水資源開発債券の償還及びその利息の支払を完了するまでの間、主たる事務所に」と、同条第二項第三号中「第三条第二項第一号」とあるのは「独立行政法人水資源機構法施行令附則第八条の規定による廃止前の水資源開発債券令第三条第二項第一号」と、同令第九条第二項中「公団」とあるのは「独立行政法人水資源機構」とする。
2経過期間における附則第五条の規定による改正後の独立行政法人鉄道建設・運輸施設整備支援機構法施行令第二十八条第一項第二十五号、附則第六条の規定による改正後の独立行政法人水資源機構法施行令第五十六条第一項第二十四号、附則第七条の規定による改正後の国立大学法人法施行令第二十五条第一項第四十八号、附則第八条の規定による改正後の独立行政法人国立高等専門学校機構法施行令第二条第一項第二十六号、附則第十条の規定による改正後の独立行政法人国立病院機構法施行令第十六条第一項第三十四号、附則第十一条の規定による改正後の独立行政法人都市再生機構法施行令第三十四条第一項第二十七号及び附則第十二条の規定による改正後の高度専門医療に関する研究等を行う国立研究開発法人に関する法律施行令第十六条第一項第二十五号の規定の適用については、これらの規定中「第六条ただし書、第八条第一項並びに第三十九条第三項及び第五項並びに同法第三十五条第一項（同法第三十七条第四項において準用する場合を含む。）において準用する土地収用法第八十四条第三項において準用する同法第八十三条第三項」とあるのは、「第三十九条第三項及び第五項」とする。