（指定湖沼及び指定地域）
第三条
環境大臣は、都道府県知事の申出に基づき、環境基本法（平成五年法律第九十一号）第十六条第一項の規定による水質の汚濁に係る環境上の条件についての基準（第二十三条第一項において「水質環境基準」という。）が現に確保されておらず、又は確保されないこととなるおそれが著しい湖沼であつて、当該湖沼の水の利用状況、水質の汚濁の推移等からみて特に水質の保全に関する施策を総合的に講ずる必要があると認められるものを指定湖沼として指定することができる。
2環境大臣は、指定湖沼の水質の汚濁に関係があると認められる地域を指定地域として指定するものとする。
3環境大臣は、指定湖沼又は指定地域を指定しようとするときは、前項の地域を管轄する都道府県知事（指定湖沼の指定については、第一項の申出をした都道府県知事を除く。）の意見を聴かなければならない。
4都道府県知事は、第一項の申出をし、又は前項の意見を述べようとするときは、関係市町村長の意見を聴かなければならない。
5環境大臣が指定湖沼又は指定地域の指定をするには、閣議の決定を経なければならない。
6環境大臣は、指定湖沼又は指定地域を指定するときは、その旨を官報で公示しなければならない。
7第一項（都道府県知事の申出に係る部分に限る。）及び第三項から前項までの規定は指定湖沼の指定の変更又は解除について、第三項から前項までの規定は指定地域の指定の変更又は解除について準用する。