第五条
都道府県は、その沿岸海域のうち、その自然的条件が基本方針において定められた第三条第二項第一号ロの自然的条件に関する基準に適合する一定の区域で、その区域内において漁業を営む者の経営の状況、その区域内の海域の利用状況等からみて、水産動植物の増殖又は養殖を推進することにより漁業生産の増大を図ることが相当と認められるものを、沿岸水産資源開発区域（以下「開発区域」という。）として指定することができる。
2港湾法（昭和二十五年法律第二百十八号）第二条第三項に規定する港湾区域（同条第二項に規定する地方港湾で農林水産大臣が国土交通大臣と協議して指定するものに係るものを除く。）、同法第五十六条第一項の規定により都道府県知事が公告した水域（農林水産大臣が国土交通大臣と協議して指定するものを除く。）、排他的経済水域及び大陸棚の保全及び利用の促進のための低潮線の保全及び拠点施設の整備等に関する法律（平成二十二年法律第四十一号）第九条第一項の規定により国土交通大臣が公告した水域（農林水産大臣が国土交通大臣と協議して指定するものを除く。）又は海洋再生可能エネルギー発電設備の整備に関する法律（平成三十年法律第八十九号）第二条第五項に規定する海洋再生可能エネルギー発電設備整備促進区域（農林水産大臣が経済産業大臣及び国土交通大臣と協議して指定するものを除く。）については、海洋水産資源の開発の促進上特別の必要がある場合において、港湾管理者、港湾法第五十六条第一項の規定により公告された当該水域を管理する都道府県知事、国土交通大臣又は経済産業大臣及び国土交通大臣と協議が調つたときに限り、前項の規定による開発区域の指定をすることができる。
3都道府県は、開発区域を指定しようとするときは、関係市町村の意見をきくとともに、農林水産大臣に協議しなければならない。
4農林水産大臣は、前項の規定による協議に応じようとするときは、関係行政機関の長の意見をきかなければならない。
5開発区域の指定は、農林水産省令で定めるところにより、公告してしなければならない。
6都道府県は、開発区域を指定したときは、遅滞なく、その旨を関係市町村に通知しなければならない。