（有価証券に準ずるものの範囲）
第十一条
法第二条第二十一号（定義）に規定する政令で定める有価証券は、次に掲げるものとする。
- 一
- 二銀行法（昭和五十六年法律第五十九号）第十条第二項第五号（業務の範囲）に規定する証書をもつて表示される金銭債権のうち財務省令で定めるもの
- 三合名会社、合資会社又は合同会社の社員の持分、協同組合等の組合員又は会員の持分その他法人の出資者の持分
- 四
法第二条第二十一号（定義）に規定する政令で定める有価証券は、次に掲げるものとする。
法人が施行日の属する事業年度開始の日以後に中小企業退職金共済法の一部を改正する法律附則第二条第一項（従前の積立事業についての取扱い）（中小企業者の範囲の改定等のための中小企業基本法等の一部を改正する法律（昭和四十八年法律第百十五号）附則第二項（経過措置）及び中小企業退職金共済法の一部を改正する法律（昭和五十五年法律第四十五号）附則第七条（従前の積立事業についての取扱い）において準用する場合を含む。）の規定により中小企業退職金共済事業団に対して納付した金額は、新令第百三十五条（退職金共済の掛金の損金算入）の規定に該当する掛金とみなす。
前条の規定による改正後の法人税法施行令の一部を改正する政令附則第五条の規定は、法人の昭和四十三年三月三十一日以後に終了する事業年度に係る法人税から適用し、法人の同日前に終了した事業年度に係る法人税については、なお従前の例による。
法人の施行日前に開始した事業年度の所得に係る貸倒引当金繰入限度額の計算については、前条の規定による改正前の法人税法施行令の一部を改正する政令附則第五項の規定の例による。
別段の定めがあるものを除き、第二条の規定による改正後の法人税法施行令（以下「新法人税法施行令」という。）の規定は、法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下同じ。）の昭和六十四年四月一日以後に開始する事業年度の所得及び同日以後の解散又は合併による清算所得に対する法人税（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得に係る法人税及び残余財産の一部分配により納付すべき法人税を含む。以下この条において同じ。）について適用し、法人の同日前に開始した事業年度の所得及び同日前の解散又は合併による清算所得に対する法人税については、なお従前の例による。
平成十三年改正後の改正法附則第六条第一項（賞与引当金に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる改正法第一条の規定による改正前の法人税法（以下「旧法」という。）第五十四条第一項、第三項及び第四項（賞与引当金）の規定の適用については、旧令第百三条（賞与引当金勘定への繰入限度額）の規定は、なおその効力を有する。この場合において、同条第一項中「という。）の数」とあるのは「という。）の数（法人税法等の一部を改正する法律（平成十三年法律第六号）第一条の規定による改正後の法人税法第二条第十二号の八（定義）に規定する適格合併（第三項において「適格合併」という。）に該当しない合併又は同条第十二号の十二に規定する適格分割型分割に該当しない同条第十二号の九に規定する分割型分割により合併法人又は同条第十二号の三に規定する分割承継法人の業務に従事することとなつた使用人等（次項において「移転使用人等」という。）がある場合には、当該移転使用人等の数を控除した数）」と、同条第二項中「在職する使用人等の数」とあるのは「在職する使用人等の数（移転使用人等がある場合には当該移転使用人等の数を控除した数）」と、同条第三項中「合併法人」とあるのは「適格合併に係る合併法人」と、「合併の日」とあるのは「適格合併の日」と、「当該合併」とあるのは「当該適格合併」とする。
2平成十三年改正後の改正法附則第六条第二項第二号に規定する政令で定める金額は、同号に規定する賞与引当金勘定の金額に、同号に規定する事業年度終了の時において在職する使用人等（前項の規定によりなおその効力を有するものとされる旧令第百三条第一項に規定する使用人等をいう。以下この項において同じ。）の数のうちに同号に掲げる適格分割型分割により分割承継法人（平成十三年新法第二条第十二号の三に規定する分割承継法人をいう。以下同じ。）の業務に従事することとなった使用人等の数の占める割合を乗じて計算した金額とする。
法人の改正事業年度開始の時において有する有価証券（新令第百十九条の二第二項第二号（有価証券の一単位当たりの帳簿価額の算出の方法）に掲げる株式又は出資に該当するものを除く。以下この条において同じ。）に係る改正事業年度以後の各事業年度における新令第百十九条の十二（売買目的有価証券の範囲）の規定の適用については、その有価証券のうち、第一号から第三号までに掲げる有価証券に該当するものは同条第一号に掲げる有価証券とみなし、第四号に掲げる有価証券に該当するものは同条第二号に掲げる有価証券とみなす。
前条の規定による改正後の法人税法施行令の一部を改正する政令附則第十五条の規定は、平成十三年四月一日以後に合併、分割、現物出資又は事後設立が行われる場合における法人の各事業年度の所得に対する法人税及び同日以後に解散（合併による解散を除く。以下この条において同じ。）が行われる場合における法人の清算所得に対する法人税（清算所得に対する法人税を課される法人の清算中の事業年度の所得に係る法人税及び残余財産の一部分配により納付すべき法人税を含む。以下この条において同じ。）について適用し、同日前に合併、現物出資又は事後設立が行われた場合における法人の各事業年度の所得に対する法人税及び同日前に解散又は合併が行われた場合における法人の清算所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第百十二条第十四項（適格合併等による欠損金の引継ぎ等）（新令第百十六条の二第五項（被合併法人等の未処理災害損失欠損金額の引継ぎ）において準用する場合を含む。）の規定は、法人が施行日以後に当該法人を分割法人とする分割型分割を行う場合について適用し、法人が施行日前に当該法人を分割法人とする分割型分割を行った場合については、なお従前の例による。
2経過措置適用子法人又は経過措置期間加入法人（以下この項において「経過措置適用子法人等」という。）が経過措置対象年度（施行日の属する経過措置対象年度にあっては、施行日からその経過措置対象年度終了の日までの期間）において当該経過措置適用子法人等を分割法人とする分割型分割を行った場合には、当該経過措置適用子法人等の当該分割型分割の日の前日の属する事業年度における新令第百十二条第十四項の規定の適用については、同項中「最初の連結親法人事業年度」とあるのは、「連結親法人事業年度（最初の連結親法人事業年度を除く。）」とする。
新令第百四十二条第二項（控除限度額の計算）の規定は、内国法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、内国法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。この場合において、施行日から有限責任事業組合契約に関する法律の施行の日の前日までの間における同項の規定の適用については、同項中「第六十七条の十二及び第六十七条の十三」とあるのは、「第六十七条の十二」とする。
新令第十九条第一項及び第二項（連結法人株式等の範囲）の規定は、法人が受ける会社法施行日以後の日をその支払に係る基準日とする同条第一項に規定する配当等の額（改正法附則第二十六条第一項（受取配当等の益金不算入等に関する経過措置）に規定する経過配当（以下この項において「経過配当」という。）の額を含む。）について適用し、法人が受けた会社法施行日前の日をその支払に係る基準日とする旧令第十八条の三第一項（連結法人株式等の範囲）に規定する配当等の額（経過配当の額を除く。）については、なお従前の例による。
2新令第二十二条第一項第一号イ（株式等に係る負債の利子の額）の規定は、法人が会社法施行日以後に同号イの固定資産につき積立金として積み立てる場合の同号に規定する総資産の帳簿価額の計算について適用し、法人が会社法施行日前に旧令第二十二条第一項第一号イ（株式等に係る負債の利子の額）に規定する損金経理により引当金勘定に繰り入れ、又は利益若しくは剰余金の処分により積み立てた場合の同号に規定する総資産の帳簿価額の計算については、なお従前の例による。
3会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間に行われる株式移転に係る新令第二十二条の二第一項第二号（関係法人株式等の範囲等）の規定の適用については、同号中「株式移転完全親法人」とあるのは「会社法第七百七十三条第一項第一号（株式移転計画）に規定する株式移転設立完全親会社」と、「株式移転完全子法人」とあるのは「会社法第七百七十三条第一項第五号に規定する株式移転完全子会社」とする。
4平成十八年十月一日前に行われた旧令第二十二条の二第二項第六号（関係法人株式等の範囲等）に掲げる株式等の譲受けについては、なお従前の例による。
5会社法施行日から平成十八年九月三十日までの間に行われる株式移転（保険業法（平成七年法律第百五号）第九十六条の八第一項（組織変更株式移転）に規定する組織変更株式移転を含む。）に係る旧令第二十二条の二第二項第六号の規定の適用については、同号中「第九十二条の八第一項（組織変更における株式移転）の株式移転を含む。）による完全親会社」とあるのは「第九十六条の八第一項（組織変更株式移転）に規定する組織変更株式移転を含む。）による会社法第七百七十三条第一項第一号（株式移転計画）に規定する株式移転設立完全親会社（保険業法第九十六条の八第一項に規定する組織変更株式移転設立完全親会社を含む。以下この号において「完全親会社」という。）」と、「係る完全子会社」とあるのは「係る会社法第七百七十三条第一項第五号に規定する株式移転完全子会社（保険業法第九十六条の八第一項に規定する組織変更後株式会社を含む。以下この号において「完全子会社」という。）」とする。
新令第二編第一章第一節第二款第五目から第七目の二まで（新令第六十一条第二項及び第三項（減価償却資産の償却累積額による償却限度額の特例）を除く。）（減価償却資産の償却の方法等）の規定は、法人が施行日以後に取得をする減価償却資産（新令第四十八条の二第一項第六号（減価償却資産の償却の方法）に掲げる減価償却資産にあっては、法人が平成二十年四月一日以後に締結する同条第五項第五号に規定する所有権移転外リース取引の契約に係るもの）について適用する。
2法人が施行日前に取得をし、かつ、施行日以後に事業の用に供した減価償却資産については、当該事業の用に供した日において当該減価償却資産の取得をしたものとみなして、新令第二編第一章第一節第二款第五目から第七目の二までの規定を適用する。
3施行日以後最初に終了する事業年度において、減価償却資産につき選定した償却の方法（その償却の方法を届け出なかった法人がよるべきこととされている新令第五十三条（減価償却資産の法定償却方法）に規定する償却の方法を含む。）を変更しようとする場合（二以上の事業所又は船舶を有する法人で事業所又は船舶ごとに償却の方法を選定していないものが事業所又は船舶ごとに償却の方法を選定しようとする場合を含む。）において、新法第七十四条第一項（確定申告）の規定による申告書の提出期限（施行日の属する新法第七十二条第一項（仮決算をした場合の中間申告書の記載事項）に規定する期間について同項各号に掲げる事項を記載した中間申告書を提出する場合には、その中間申告書の提出期限）までに、新たな償却の方法、変更しようとする理由その他財務省令で定める事項を記載した届出書を納税地の所轄税務署長に提出したときは、当該届出書をもって新令第五十二条第二項（減価償却資産の償却の方法の変更手続）の申請書とみなし、当該届出書の提出をもって同条第一項の承認があったものとみなす。
4改正法附則第九十三条第十五項、第十八項又は第二十一項（法人の減価償却に関する経過措置）の規定の適用を受ける法人に係る新令第六十条の二第一項（陳腐化した減価償却資産の償却限度額の特例）の規定の適用については、同項中「）又は」とあるのは「）若しくは」と、「）の規定」とあるのは「）又は所得税法等の一部を改正する法律（平成十九年法律第六号）附則第九十三条第十五項、第十八項若しくは第二十一項（法人の減価償却に関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第十二条（租税特別措置法の一部改正）の規定による改正前の租税特別措置法第四十五条の二第二項、第四十六条の三若しくは第四十七条（第三項に係る部分に限る。）（特定医療用建物の割増償却等）の規定」とする。
5新令第四十八条第一項第六号（減価償却資産の償却の方法）に規定する改正前リース取引に係る賃貸人である法人が、当該改正前リース取引の目的とされている資産について、施行日以後に終了する各事業年度においてリース投資資産としてその帳簿に記載された金額を減額した場合には、その減額した金額は、償却費として損金経理をした金額に含まれるものとする。
新令第七十三条第一項第二号及び第三号（同号ロに係る部分を除く。）並びに第七十三条の二（一般寄附金の損金算入限度額等）の規定は、法人の附則第一条第三号（施行期日）に定める日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の同日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
2新令第七十三条第一項第三号ロの規定は、法人の施行日以後に終了する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に終了した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
十月新令第百十二条第十項（適格合併等による欠損金の引継ぎ等）に規定する最後事業年度開始の日が平成二十二年九月三十日以前である場合における同項及び同条第十一項の規定の適用については、同条第十項中「又は当該最後事業年度」とあるのは「若しくは当該最後事業年度」と、「除く。）は」とあるのは「除く。）又は当該最後事業年度開始の日から平成二十二年九月三十日までの間に法人税法施行令の一部を改正する政令（平成二十二年政令第五十一号）による改正前の第十三項第二号に掲げる分割が行われ、若しくは当該最後事業年度開始の日に同項第三号に掲げる分割が行われていたときは」と、「の当該合併の日の前日又は」とあるのは「の当該合併の日の前日若しくは」と、「金額）は」とあるのは「金額）又は同項第二号若しくは第三号に定める欠損金額は」と、同条第十一項中「第五十七条第二項」とあるのは「第五十七条第一項及び第二項」とする。
2十月新令第百十二条第十二項の規定は、同項に規定する内国法人の同項に規定する適格合併の日が平成二十二年十月一日以後の日（同年四月一日前に開始した連結親法人事業年度（十月旧法第十五条の二第一項（連結事業年度の意義）に規定する連結親法人事業年度をいう。以下同じ。）の同年十月一日以後の期間内の日を除く。）である場合又は十月新令第百十二条第十二項に規定する残余財産が確定した他の連結法人（同年十月一日以後に解散するものに限る。）の当該残余財産の確定の日が同年十月一日以後の日である場合における同項に規定する未処理欠損金額について適用する。
3十月新令第百十二条第十二項に規定する残余財産が確定した他の連結法人（平成二十二年十月一日以後に解散するものに限る。）の当該残余財産の確定の日が同年四月一日前に開始した連結親法人事業年度の同年十月一日から当該連結親法人事業年度終了の日の前日までの期間内の日である場合における同項の規定の適用については、同項中「法第八十一条の九第二項第一号（連結欠損金の繰越し）に規定する特定連結子法人」とあるのは、「所得税法等の一部を改正する法律（平成二十二年法律第六号）附則第二十六条第四項（連結欠損金の繰越しに関する経過措置）の規定によりなおその効力を有するものとされる同法第二条の規定による改正前の法人税法第八十一条の九第二項第二号（連結欠損金の繰越し）に規定する連結子法人」とする。
4十月新令第百十二条第十三項の規定は、同項に規定する内国法人の同項に規定する適格合併の日が平成二十二年十月一日以後の日（同年四月一日前に開始した連結親法人事業年度の同年十月一日以後の期間内の日を除く。）である場合又は同項に規定する残余財産が確定した他の内国法人（同年十月一日以後に解散するものに限る。）の当該残余財産の確定の日が同年十月一日以後の日である場合における同項に規定する未処理欠損金額について適用する。
5十月新令第百十二条第十四項の規定は、同項に規定する内国法人の同項に規定する適格組織再編成等の日が平成二十二年十月一日以後の日（適格合併、適格分割又は適格現物出資にあっては、同年四月一日前に開始した連結親法人事業年度の同年十月一日以後の期間内の日を除く。）である場合における当該内国法人の同項に規定する欠損金額について適用する。
6法人が平成二十二年四月一日前に開始した連結親法人事業年度の期間（同日以後に開始する連結親法人事業年度の同年九月三十日以前の期間を含む。）内に十月旧令第百十二条第十六項（適格合併等による欠損金の引継ぎ等）に規定する適格合併、適格分割又は適格現物出資を行った場合の当該適格合併若しくは適格分割に係る被合併法人若しくは分割法人の同項に規定する未処理欠損金額又は当該適格合併、適格分割若しくは適格現物出資に係る同項に規定する合併法人等となる内国法人の同項に規定する欠損金額については、なお従前の例による。
7十月新令第百十三条第八項（引継対象外未処理欠損金額の計算に係る特例）（十月新令第百五十五条の二十第七項（連結欠損金額のうちないものとされる連結欠損金個別帰属額に相当する金額）において準用する場合を含む。）の規定は、平成二十二年十月一日以後に納税義務が成立する中間申告書又は連結中間申告書に係る法人税について適用する。
8十月新令第百十三条の二第十六項（特定株主等によって支配された欠損等法人の欠損金の繰越しの不適用）（十月新令第百五十五条の二十二第七項（特定株主等によって支配された欠損等連結法人の連結欠損金の繰越しの不適用）において準用する場合を含む。）の規定は、平成二十二年十月一日以後に納税義務が成立する中間申告書又は連結中間申告書に係る法人税について適用する。
新令第百二十二条の十二第一項（第五号に係る部分に限る。）（連結納税の開始等に伴う資産の時価評価損益）の規定は、新法第六十一条の十一第一項（連結納税の開始に伴う資産の時価評価損益）に規定する他の内国法人の施行日以後に終了する同項に規定する連結開始直前事業年度又は新法第六十一条の十二第一項（連結納税への加入に伴う資産の時価評価損益）に規定する他の内国法人の施行日以後に終了する同項に規定する連結加入直前事業年度終了の時に有する資産について適用する。
新令第百五十五条の六第一項第二号及び第四号、第二項並びに第三項（個別益金額又は個別損金額の計算における届出等の規定の適用）の規定は、附則第三条第三項（減価償却資産の償却の方法等に関する経過措置）の規定により行うべき納税地の所轄税務署長に対する届出及び同項に規定する提出期限について準用する。
新令第百五十五条の二十三第二項（連結留保金額から控除する金額等）の規定は、連結法人の連結親法人事業年度が施行日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、連結法人の連結親法人事業年度が施行日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。
附則第九条の規定による改正後の法人税法施行令第百三十九条の四第六項の規定は、法人（法人税法（昭和四十年法律第三十四号）第二条第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下この項において同じ。）が施行日以後に行う消費税法第二条第一項第十二号に規定する課税仕入れ（元年経過措置対象課税仕入れ及び地方税法等改正法附則第四条第三項に規定する経過措置対象課税仕入れ等で同項第四号又は第五号に掲げるものに該当するものを除く。）及び法人が施行日以後に消費税法第二条第一項第二号に規定する保税地域から引き取る同項第十一号に規定する課税貨物について適用し、法人が施行日前に行った同項第十二号に規定する課税仕入れ（元年経過措置対象課税仕入れを含む。）及び法人が施行日前に同項第二号に規定する保税地域から引き取った同項第十一号に規定する課税貨物については、なお従前の例による。
2前項に規定する元年経過措置対象課税仕入れとは、地方税法等改正法附則第十条第三項に規定する元年経過措置対象課税仕入れ等で同項第四号又は第五号に掲げるものに該当するもの（令和五年十月一日以後に行うものにあっては、新消費税法（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十八年法律第十五号）附則第四十四条第一項に規定する新消費税法をいう。）第三十条第一項の規定の適用を受けるものに限る。）をいう。
新令第百五十五条の二十五（連結留保金額の計算上控除する道府県民税及び市町村民税の額）の規定は、連結法人の施行日以後に終了する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、連結法人の施行日前に終了した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。
2施行日から地域再生法の一部を改正する法律（平成二十七年法律第四十九号）の施行の日の前日までの間における新令第百五十五条の二十五の規定の適用については、同条第一号ハ（１）中「第六十八条の十五の二第二項（地方活力向上地域において特定建物等を取得した場合の特別償却又は法人税額の特別控除）（連結親法人が同法第六十八条の九第二項に規定する中小連結親法人に該当する場合に限る。）、第六十八条の十五の三」とあるのは「第六十八条の十五の二」と、「であつて同項の規定の適用を受ける場合に限る」とあるのは「に限る」とする。
新令第百五十五条の六第一項第二号から第四号まで、第二項及び第三項（個別益金額又は個別損金額の計算における届出等の規定の適用）の規定は、附則第六条第二項（減価償却資産の償却の方法等に関する経過措置）の規定により行うべき納税地の所轄税務署長に対する届出、同項の規定によりあったものとみなされる新令第五十二条第一項（減価償却資産の償却の方法の変更手続）の承認及び附則第六条第二項に規定する提出期限について準用する。この場合において、同項に規定する届出書の記載事項その他必要な事項は、財務省令で定める。
新令第百十二条第五項から第八項まで（適格合併等による欠損金の引継ぎ等）（同条第五項第一号に規定する適用災害損失欠損金額に係る部分を除く。）の規定は、法人税法第五十七条第三項（青色申告書を提出した事業年度の欠損金の繰越し）に規定する内国法人と施行日以後に当該内国法人との間に最後に支配関係があることとなる同項の被合併法人との間で行われる同項の適格合併又は施行日以後に当該内国法人との間に最後に支配関係があることとなる同項の他の内国法人の残余財産の確定について適用し、同項に規定する内国法人と施行日前に当該内国法人との間に最後に支配関係があることとなった同項の被合併法人との間で行われた同項の適格合併又は施行日前に当該内国法人との間に最後に支配関係があることとなった同項の他の内国法人の残余財産の確定については、なお従前の例による。
2新令第百十二条第十一項の規定は、法人税法第五十七条第四項の内国法人と施行日以後に当該内国法人との間に最後に支配関係があることとなる支配関係法人（同項に規定する支配関係法人をいう。以下この項において同じ。）との間で行われる同条第四項に規定する適格組織再編成等について適用し、同項の内国法人と施行日前に当該内国法人との間に最後に支配関係があることとなった支配関係法人との間で行われた同項に規定する適格組織再編成等については、なお従前の例による。
新令第百二十一条の四第一項及び第二項（繰延ヘッジ処理における特別な有効性判定方法等）（同項の規定を新令第百二十一条の十第二項（時価ヘッジ処理における特別な有効性判定方法等）において準用する場合を含む。）並びに第百二十一条の十第一項の規定は、法人の施行日以後に開始する事業年度の所得に対する法人税について適用し、法人の施行日前に開始した事業年度の所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新令第百二十五条第三項、第百三十三条の二第五項及び第百三十九条の四第十項の規定は、施行日後に公益法人等に該当することとなる普通法人及び協同組合等について適用し、施行日以前に公益法人等に該当することとなった特定普通法人等については、なお従前の例による。
新令第百五十五条の二十七第五項の規定は、連結法人の法人税法第十五条の二第一項に規定する連結親法人事業年度が令和三年四月一日以後に開始する連結事業年度の連結所得に対する法人税について適用し、連結法人の同項に規定する連結親法人事業年度が同日前に開始した連結事業年度の連結所得に対する法人税については、なお従前の例による。
新法人税法施行令第四十八条第一項及び第四十八条の二第一項の規定の適用については、新法人税法施行令第四十八条第一項第一号イ（２）又は第四十八条の二第一項第一号イ（２）に規定する取得価額には、既にした償却の額で各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入された金額を含まないものとする。
2新法人税法施行令第四十八条第五項の規定の適用については、同項第三号ロに規定する民事再生等評価換えには旧法人税法施行令第四十八条第五項第三号ロに規定する事実が生じた日の属する連結事業年度において同号ロに規定する評価益の額として政令で定める金額又は同号ロに規定する評価損の額として政令で定める金額を旧法人税法第八十一条の三第一項（旧法人税法第二十五条第三項又は第三十三条第四項に係る部分に限る。）の規定により当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額又は損金の額に算入することを、新法人税法施行令第四十八条第五項第三号ハに規定する非適格株式交換等時価評価には旧法人税法施行令第四十八条第五項第三号ニに規定する非適格株式交換等の日の属する連結事業年度において同号ニに規定する評価益又は評価損を旧法人税法第八十一条の三第一項（旧法人税法第六十二条の九第一項に係る部分に限る。）の規定により当該連結事業年度の連結所得の金額の計算上益金の額又は損金の額に算入することを、新法人税法施行令第四十八条第五項第三号ニに規定する通算時価評価には旧法人税法施行令第四十八条第五項第三号ハに規定する連結時価評価を、それぞれ含むものとする。
3新法人税法施行令第四十九条の二第三項の規定の適用については、同項に規定する取得価額には、同項に規定する償却の額で同項に規定する最初の事業年度の前事業年度又は前連結事業年度までの各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入された金額を含まないものとする。
4新法人税法施行令第五十四条第三項の規定の適用については、同項に規定する所得の金額の計算上損金の額に算入された金額には旧法人税法第四十二条から第五十条までの規定により各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入された金額を、同項に規定する累積額には旧法人税法施行令第五十四条第三項各号に掲げる規定の適用があった減価償却資産につき既にその償却費として各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入された金額を、それぞれ含むものとする。
5新法人税法施行令第五十七条第九項の規定の適用については、同項に規定する償却の額には、同項の資産につき同条第一項の承認を受けた日の属する事業年度の前事業年度又は前連結事業年度までの各連結事業年度においてした償却の額（当該前事業年度又は前連結事業年度までの各連結事業年度において旧法人税法施行令第五十七条第九項に規定する評価換え等が行われたことによりその帳簿価額が減額された場合にはその帳簿価額が減額された金額を含むものとし、各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入されたものに限る。）を含むものとする。
6新法人税法施行令第六十一条第一項の規定の適用については、同項に規定する償却の額には、同項の減価償却資産につき同項に規定する当該事業年度の前事業年度又は前連結事業年度までの各連結事業年度においてした償却の額（当該前事業年度又は前連結事業年度までの各連結事業年度において旧法人税法施行令第六十一条第一項に規定する評価換え等が行われたことによりその帳簿価額が減額された場合にはその帳簿価額が減額された金額を含むものとし、各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入されたものに限る。）を含むものとする。
7内国法人が各事業年度終了の時において有する減価償却資産につきその償却費として当該事業年度の所得の金額の計算上損金の額に算入する金額の計算を行う場合において、当該事業年度前に連結事業年度に該当する期間があるときは、新法人税法第三十一条第四項の規定の適用については、同項中「の損金経理額のうち当該各事業年度の所得の金額」とあるのは「の損金経理額のうち各事業年度の所得の金額又は各連結事業年度（所得税法等の一部を改正する法律（令和二年法律第八号）第三条の規定による改正前の法人税法（以下この項において「令和二年旧法」という。）第十五条の二第一項（連結事業年度の意義）に規定する連結事業年度をいう。以下この項において同じ。）の連結所得（令和二年旧法第二条第十八号の四（定義）に規定する連結所得をいう。以下この項において同じ。）の金額」と、「分割等事業年度以前の各事業年度の所得の金額」とあるのは「分割等事業年度以前の各事業年度の所得の金額又は各連結事業年度の連結所得の金額」と、「償却事業年度前の各事業年度の所得の金額」とあるのは「償却事業年度前の各事業年度の所得の金額又は各連結事業年度の連結所得の金額」と、「係る損金経理額のうち当該各事業年度の所得の金額」とあるのは「係る損金経理額のうち各事業年度の所得の金額又は各連結事業年度の連結所得の金額」とする。
8新法人税法施行令第六十一条の三の規定の適用については、同条の表の第三号の第二欄、第四号の第二欄及び第五号の第二欄に掲げる金額には、各連結事業年度の旧法人税法第三十一条第一項に規定する損金経理額のうち当該各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入されなかった金額を含むものとする。
9法人税法施行令第六十二条第一項の規定の適用については、同項に規定する損金の額に算入されなかった金額には、同項に規定する償却の額のうち各連結事業年度の連結所得の金額の計算上損金の額に算入されなかった金額を含むものとする。
新令第百二十三条の十第十六項の規定は、施行日以後に行われる所得税法等の一部を改正する法律（令和七年法律第十三号。以下「改正法」という。）第二条の規定による改正後の法人税法第六十二条の八第一項に規定する非適格合併等について適用し、施行日前に行われた改正法第二条の規定による改正前の法人税法（以下「旧法」という。）第六十二条の八第一項に規定する非適格合併等については、なお従前の例による。