国内に住所のほか居所を有する納税義務者（第十八条第一項（納税地の指定）の規定により納税地の指定を受けている納税義務者を除く。次項において同じ。）は、前条第一号の規定にかかわらず、その住所地に代え、その居所地を納税地とすることができる。
2国内に住所又は居所を有し、かつ、その住所地又は居所地以外の場所にその営む事業に係る事業場その他これに準ずるもの（以下この項において「事業場等」という。）を有する納税義務者は、前条第一号又は第二号の規定にかかわらず、その住所地又は居所地に代え、その事業場等の所在地（その事業場等が二以上ある場合には、これらのうち主たる事業場等の所在地）を納税地とすることができる。
3納税義務者が死亡した場合には、その死亡した者の所得税の納税地は、その相続人の所得税の納税地によらず、その死亡当時におけるその死亡した者の所得税の納税地とする。
新法第百二十三条（確定損失申告）（新法第百六十六条（非居住者に対する準用）において準用する場合を含む。）の規定を適用する場合において、新法第百二十三条第一項第三号に掲げる純損失の金額又は雑損失の金額のうちに旧法第九条の四第一項若しくは第三項（純損失又は雑損失の繰越控除）の規定により各年分の総所得金額、退職所得金額若しくは山林所得金額の計算上控除された金額又は旧法第三十六条（純損失の繰戻しによる還付）の規定により還付を受けるべき金額の計算の基礎となつた金額があるときは、これらの金額を当該純損失の金額又は雑損失の金額に相当する金額から控除した金額をもつて当該純損失の金額又は雑損失の金額とみなす。
新法第四編第四章第一節（報酬、料金、契約金又は賞金に係る源泉徴収）（新法第二百四条第一項第四号（源泉徴収義務）に掲げる職業拳闘家の報酬、同項第六号に掲げる報酬及び料金並びに同項第八号に掲げる馬主が受ける競馬の賞金に係る部分を除く。）の規定は、昭和四十二年八月一日以後に支払うべき同項の報酬若しくは料金、契約金又は賞金について適用し、同日前に支払うべきこれらの報酬若しくは料金、契約金又は賞金については、なお従前の例による。
2新法第二百四条第一項第四号に掲げる職業拳闘家の報酬、同項第六号に掲げる報酬若しくは料金又は同項第八号に掲げる馬主が受ける競馬の賞金に係る新法第四編第四章第一節の規定は、昭和四十三年一月一日以後に支払うべきこれらの報酬若しくは料金又は賞金について適用する。
研究所については、旧促進法、附則第十一条の規定による改正前の所得税法、附則第十二条の規定による改正前の法人税法、附則第十三条の規定による改正前の地方税法及び前条の規定による改正前の地方税法等の一部を改正する法律は、附則第二条第一項の規定により研究所が解散するまでの間は、なおその効力を有する。
新所得税法第百六十一条第一号、第十一号及び第十二号、第百六十二条、第百六十四条並びに第百七十条の規定は、昭和六十三年四月一日（普通預金その他これに類するものとして政令で定めるもの（次項において「普通預金等」という。）にあつては、政令で定める日。以下この項において同じ。）以後に支払を受けるべき新所得税法第百六十一条に掲げる国内源泉所得について適用し、同年四月一日前に支払を受けるべき当該国内源泉所得については、なお従前の例による。
2非居住者が昭和六十三年四月一日以後に支払を受けるべき新所得税法第百六十一条第四号に掲げる利子等（普通預金等に係るものを除く。以下この項において「利子等」という。）で同日を含む利子等の計算期間に対応するもののうち、その利子等の計算期間の初日から同年三月三十一日までの期間に対応するものの額として政令で定めるところにより計算した金額に相当する部分の利子等については、前項の規定にかかわらず、なお従前の例による。
3非居住者が昭和六十三年四月一日以後に支払を受けるべき新所得税法第百六十一条第十一号に掲げる給付補てん金、利息、利益又は差益（以下この項において「給付補てん金等」という。）で同日を含む給付補てん金等の計算期間として政令で定める期間に対応するもののうち、その期間の初日から同年三月三十一日までの期間に対応するものの額として政令で定めるところにより計算した金額に相当する部分の給付補てん金等については、第一項の規定にかかわらず、なお従前の例による。
平成十年から平成十五年までの各年分の事業所得の金額の計算については、旧所得税法第五十五条の二（旧所得税法第百六十五条において適用する場合を含む。以下この条において同じ。）の規定は、なおその効力を有する。この場合において、旧所得税法第五十五条の二第一項中「計算した金額」とあるのは、平成十一年分については「計算した金額の六分の五に相当する金額」と、平成十二年分については「計算した金額の六分の四に相当する金額」と、平成十三年分については「計算した金額の六分の三に相当する金額」と、平成十四年分については「計算した金額の六分の二に相当する金額」と、平成十五年分については「計算した金額の六分の一に相当する金額」と読み替えるものとする。
2前項の規定によりなおその効力を有するものとされて読み替えて適用される旧所得税法第五十五条の二第一項の規定により平成十五年分の事業所得の金額の計算上必要経費に算入された製品保証等引当金勘定の金額は、平成十六年分の事業所得の金額の計算上、総収入金額に算入する。
3前項の製品保証等引当金勘定の金額を有する個人が死亡した場合における同項の規定の適用の特例その他当該製品保証等引当金勘定の金額の処理に関し必要な事項は、政令で定める。
第三条の規定による改正前の法第六十一条の二第五項において準用する法第五十五条の規定により組合員として負担した特別掛金は、前条の規定による改正後の所得税法第七十四条第二項第十二号の社会保険料とみなして、同法の規定を適用する。
新所得税法第百五十七条第三項の規定は、平成十三年四月一日以後に同項に規定する合併等をする同項に規定する移転法人又は取得法人の同年三月三十一日以後の行為又は計算について適用する。
新所得税法第四編第二章第一節の規定及び新所得税法別表第二から別表第四までは、平成十九年一月一日以後に支払うべき新所得税法第百八十三条第一項に規定する給与等について適用し、同日前に支払うべき旧所得税法第百八十三条第一項に規定する給与等については、なお従前の例による。
2新所得税法第百八十三条第二項の規定は、同項の支払の確定した日が会社法施行日以後である同項に規定する賞与について適用し、旧所得税法第百八十三条第二項の支払の確定した日が会社法施行日前である同項に規定する賞与については、なお従前の例による。
新所得税法第百五十七条第四項（同項に規定する合併等に係る部分に限る。）の規定は、法人（新所得税法第二条第一項第八号に規定する人格のない社団等を含む。以下附則第五十条までにおいて同じ。）が平成十九年五月一日以後に行う行為又は計算について適用し、法人が同日前に行った行為又は計算については、なお従前の例による。
2新所得税法第百五十七条第四項（法人課税信託に係る信託の併合及び信託の分割に係る部分に限る。）の規定は、法人が信託法施行日以後に行う行為又は計算について適用し、法人が信託法施行日前に行った行為又は計算については、なお従前の例による。
新所得税法第百七十八条及び第百七十九条の規定は、外国法人が平成二十八年四月一日以後に支払を受けるべき新所得税法第百七十八条に規定する国内源泉所得について適用し、外国法人が同日前に支払を受けるべき旧所得税法第百七十八条に規定する国内源泉所得については、なお従前の例による。この場合において、同日から同年十二月三十一日までの間における新所得税法第百七十八条の規定の適用については、同条中「第百六十一条第一項第四号から第十一号まで」とあるのは、「第百六十一条第一項第四号（所得税法等の一部を改正する法律（平成二十六年法律第十号）第一条の規定による改正前の所得税法（以下この条において「旧所得税法」という。）第百六十一条第一号の二に掲げるものに該当するものに限る。）、第五号から第七号まで、第八号（旧所得税法第百六十一条第四号に掲げるものに該当するものに限る。）、第九号から第十一号まで」とする。
2新所得税法第百八十条第一項から第三項までの規定は、同条第一項に規定する外国法人が平成二十八年四月一日以後に支払を受けるべき同項に規定する対象国内源泉所得について適用し、旧所得税法第百八十条第一項各号に掲げる法人が同日前に支払を受けるべき当該各号に定める国内源泉所得については、なお従前の例による。
新所得税法第二百二十四条の三第一項（同条第三項及び第四項において準用する場合を含む。）の規定は、附則第一条第九号に定める日以後に行われる新所得税法第二百二十四条の三第一項に規定する株式等の譲渡、同条第三項に規定する金銭等の交付又は同条第四項に規定する償還金等の交付について適用し、同日前に行われた旧所得税法第二百二十四条の三第一項に規定する株式等の譲渡、同条第三項に規定する金銭等の交付又は同条第四項に規定する償還金等の交付については、なお従前の例による。
新所得税法第百五十三条の四の規定は、同条第一項各号又は第二項各号に定める日が平成二十八年一月一日以後である場合について適用する。
新所得税法第百九十八条第七項の規定は、以後に提出する新所得税法第百九十六条第三項に規定する給与所得者の保険料控除申告書について適用する。