組合の業務上の余裕金は、次に掲げるものに運用するものとする。
2前項第三号の有価証券は、信託会社（信託業法（平成十六年法律第百五十四号）第三条又は第五十三条第一項の免許を受けたものに限る。第九条の三第一項第三号において同じ。）又は信託業務を営む金融機関への当該有価証券の貸付けを目的とする信託に運用することができる。
3前二項に規定するもののほか、組合の業務上の余裕金の運用に関し必要な事項は、財務省令で定める。
法附則第十四条の三第一項の規定により連合会が行う交付金の交付の事業は、その組合の所要掛金率（第二十二条第四項の規定の例により算定した短期給付（法第五十一条に規定する短期給付を除く。以下この項において同じ。）及び介護納付金に係る標準報酬の月額及び標準期末手当等の額と掛金との割合をいう。以下この項及び第三項において同じ。）が全ての組合の平均の所要掛金率を基礎として財務大臣の定める率以上である組合であつて、短期給付及び介護納付金に係る掛金の負担を軽減することが必要であると認められるものに対して行うものとする。
2連合会は、前項の規定により行う交付金の交付の事業のほか、財務大臣の承認を受けて、組合員又はその被扶養者が受けた療養に関する費用の組合員に対する通知その他の事業で短期給付に係る財政の健全化に資するとともに組合が共同して行うことが適当であると認められるものを行うことができる。
3法附則第十四条の三第二項に規定する政令で定めるところにより算定した費用は、所要掛金率が財務大臣が定める率を超える組合の第一号に掲げる金額に第二号に掲げる率を乗じて得た金額の二分の一に相当する金額とする。
4組合は、法附則第十四条の三第二項の規定による交付金の交付に要する費用に充てるため、毎月、連合会に対し、組合員の標準報酬の月額の合計額（組合が標準期末手当等の額を決定した月においては、標準報酬の月額の合計額及び標準期末手当等の額の合計額の合算額とする。）に、当該交付金の交付に要する費用の額を勘案して連合会が定める率を乗じて得た金額に相当する金額を同項の特別拠出金として払い込まなければならない。
5国、行政執行法人若しくは法第九十九条第六項に規定する職員団体、独立行政法人のうち法別表第二に掲げるもの若しくは国立大学法人等又は組合若しくは連合会（以下この項において「費用負担者」という。）は、毎月、組合に対し、前項の規定により当該組合が連合会に払い込むべき特別拠出金の額に、当該組合に係る同条第二項第一号に掲げる費用に充てるための負担金の合計額に対する当該費用負担者の負担金の割合を乗じて得た金額を払い込まなければならない。
6組合は、法附則第十四条の三第一項の規定により行う事業に要する費用に充てるため、毎月、連合会に対し、組合員（交流派遣職員である組合員、法科大学院派遣職員である組合員（短期給付に関する規定の適用を受けない者に限る。）、弁護士職務従事職員である組合員及び継続長期組合員を除く。）の標準報酬の月額の合計額（組合が標準期末手当等の額を決定した月においては、標準報酬の月額の合計額及び標準期末手当等の額の合計額の合算額とする。）に、当該費用（同条第二項又は第三項の規定により特別拠出金又は預託金の運用収入をもつて充てられる費用を除く。）の額を勘案して連合会が定める率を乗じて得た金額に相当する金額を同項第一号の調整拠出金として払い込まなければならない。
7法第百二条第二項の規定は、前三項の規定による払込みについて準用する。
8組合は、毎事業年度、その前事業年度の決算につき法第十六条第二項の承認があつた後二月以内に、前事業年度の末日において有する短期給付に係る業務上の余裕金のうち法附則第十四条の三第一項の規定により連合会が行う事業の運営上必要と認める金額を財務大臣の定める基準により連合会に預託しなければならない。
9連合会は、前項の規定により預託された預託金を第八条第一項から第三項までの規定の例により運用しなければならない。
10第四項から前項までに定めるもののほか、第一項の事業の対象となる組合に対する交付金の額の算定その他交付金の交付に関し必要な事項、第四項から第六項までの規定による払込みに関し必要な事項並びに前二項の規定による余裕金の預託及びその運用に関し必要な事項は、財務大臣が定める。
施行法第五十一条の二第二項に規定する地方の更新組合員（地方公務員等共済組合法の長期給付等に関する施行法（昭和三十七年法律第百五十三号）第五十五条第一項各号に掲げる者を含む。）であつた組合員が昭和四十二年度及び昭和四十三年度における地方公務員等共済組合法の規定による年金の額の改定等に関する法律等の一部を改正する法律（昭和四十四年法律第九十三号）附則第八条第一項又は第十条第一項の規定によつてした申出は、四十四年改正法附則第八条第一項又は第十条第一項の規定によつてした申出とみなして、同法の規定を適用する。
2四十四年改正法第三条の規定による改正後の施行法（以下「改正後の施行法」という。）第五十一条の二第五項又は第六項の規定は、前項に規定する組合員であつた者のうち四十四年改正法附則第十条第一項の申出があつた者で増加恩給に併給される普通恩給の支給を受けていたもの又はその遺族についても適用する。
新令附則第五条第一項において読み替えられた新令第九条第三項及び新令附則第三条第二項の規定は、昭和五十九年四月一日に始まる事業年度以後の各事業年度において資金運用部に預託して運用すべき金額又は大蔵大臣の指定するものに運用すべき金額について適用する。この場合において、同日に始まる事業年度におけるこれらに運用すべき金額については、同項中「百分の三十四」とあるのは、「百分の三十」とする。
2昭和六十年四月一日に始まる事業年度以後の各事業年度において改正後の法第三十五条の二又は改正後の法附則第三条の二第四項の規定により資金運用部に預託して運用すべき金額又は大蔵大臣の指定するものに運用すべき金額は、当該事業年度の前事業年度の末日においてこれらに運用している金額が新令附則第五条第一項において読み替えられた新令附則第三条第二項に定められている金額に達するまでの間に限り、同項の規定にかかわらず、同日において現にこれらに運用している金額に、当該前事業年度における同条第一項に規定する責任準備金の現実積立額の増加額に百分の四十の割合を乗じて得た金額に相当する金額を加えた金額とする。ただし、当該金額をこれらに運用することにより連合会又は公共企業体の組合の事業の運営に著しく支障を及ぼすおそれがあると認められるときは、同日において現にこれらに運用している金額に、当該増加額に大蔵大臣の定める割合を乗じて得た金額に相当する金額を加えた金額とする。
施行日前に行われた療養に係る国家公務員等共済組合法（昭和三十三年法律第百二十八号）の規定による高額療養費の支給については、なお従前の例による。
2施行日前に出産した組合員若しくは組合員であった者又は組合員の被扶養者に係る国家公務員等共済組合法の規定による出産費又は配偶者出産費の額については、なお従前の例による。
3第二十七条の規定による改正後の国家公務員等共済組合法施行令第三十一条、第三十三条及び第三十八条の規定は、施行日以後に給付事由の生じた給付について適用し、同日前に給付事由の生じた給付については、なお従前の例による。
平成十二年度以後の各年度における公務による障害年金、公務によらない障害年金又は公務による遺族年金（それぞれ昭和六十一年経過措置政令第二条第十四号に規定する公務による障害年金、公務によらない障害年金又は公務による遺族年金をいう。）の昭和六十一年経過措置政令第四十八条の二の規定により支給を停止する額については、第一号に掲げる金額が第二号に掲げる金額に満たないときは、同条の規定による金額は、同条の規定にかかわらず、同号の規定による金額とする。
2前項第二号の規定による金額を算定する場合における旧共済法第八十六条第一項、第八十六条の二第一項又は第九十二条第一項に規定する俸給年額は、改正前の昭和六十年改正法附則第三十五条第一項ただし書に規定する俸給年額とする。
第十二条の規定による改正後の国家公務員共済組合法施行令第十一条の七の十一の規定は、施行日以後に給付事由が生じた障害一時金の支給について適用し、施行日前に給付事由が生じた障害一時金の支給については、なお従前の例による。
組合員期間の全部又は一部が平成十五年四月一日前である者に支給する法第八十九条第三項に規定する公務等による遺族共済年金の法第九十三条の三の規定により支給を停止する金額については、同条の規定による金額は、同条の規定にかかわらず、次の各号の規定による金額を合算した金額とする。
2前項第一号の規定による金額を算定する場合においては、改正前の法第九十三条の三中「平均標準報酬月額」とあるのは「平均標準報酬月額（平成十五年四月前の組合員期間（以下この条において「基準日前組合員期間」という。）の計算の基礎となる各月の掛金の標準となつた標準報酬の月額に国家公務員共済組合法等の一部を改正する法律（平成十二年法律第二十一号）附則第十一条第二項に規定する再評価率を乗じて得た額を平均した額をいう。）」と、「相当する金額（当該遺族共済年金の額が第七十二条の二の規定により改定された場合には、当該改定の措置に準じ政令で定めるところにより当該金額を改定した金額）」とあるのは「相当する金額に、基準日前組合員期間の月数を組合員期間の月数で除して得た割合を乗じて得た金額」とする。
3第一項第二号の規定による金額を算定する場合においては、法第九十三条の三中「平均標準報酬額」とあるのは「平均標準報酬額（第七十二条の二中「組合員期間」とあるのを「平成十五年四月以後の組合員期間」と読み替えて同条の規定を適用した場合に算定される平均標準報酬額をいう。）」と、「相当する金額の」とあるのは「相当する金額に、平成十五年四月以後の組合員期間の月数を組合員期間の月数で除して得た割合を乗じて得た金額の」とする。
各年度における平成十六年改正法附則第七条第一項第一号の政令で定めるところにより計算した指数（以下この項において「指数」という。）は、当該年度の前年度における指数に、当該年度において法第七十二条の三第一項又は第三項（法第七十二条の四第一項の規定が適用される受給権者にあっては、同項又は同条第三項）の規定により再評価率（法第七十二条の二に規定する再評価率をいう。次条第一項において同じ。）を改定する際に基準とされる率を乗じて得た数（その数に小数点以下四位未満の端数があるときは、これを四捨五入する。）とする。ただし、平成十六年度における指数は、〇・九九〇（昭和十二年四月一日以前に生まれた受給権者にあっては、〇・九八六）とする。
2平成二十六年度における平成十六年改正法附則第七条第一項第二号の政令で定めるところにより計算した指数は、平成二十五年度における指数に〇・九九三を乗じて得た数（その数に小数点以下四位未満の端数があるときは、これを四捨五入する。）とする。
3前項に規定する平成十六年改正法附則第七条第一項第二号の指数を計算する場合においては、平成十八年度における指数は、〇・九九九九とする。
第五条の規定による改正後の国家公務員共済組合法施行令（以下この条において「新令」という。）第十一条の三の二第二項の規定は、療養の給付を受ける月が平成十八年九月以後の場合について適用し、療養の給付を受ける月が同年八月までの場合については、なお従前の例による。
2新令第十一条の三の三第二項の規定は、同項に規定する被扶養者（以下この条及び次条において「被扶養者」という。）が療養を受ける月が平成十八年九月以後の場合について適用し、被扶養者が療養を受ける月が同年八月までの場合については、なお従前の例による。
新国共済令第十一条の三の六第十二項に規定する資格を喪失した日が平成二十九年八月一日である場合における同項の規定の適用については、同項中「喪失した日の前日」とあるのは、「喪失した日」とする。