法第二十八条第二項第九号の厚生労働省令で定める業務運営に関する事項は、次に掲げる事項及びエイズ治療・研究開発センター（血液製剤の投与によるエイズ問題に関する訴訟に係る裁判上の和解（エイズウイルスに感染した者と国との間で平成八年三月二十九日に成立した裁判上の和解をいう。）に基づく恒久的な対策として、エイズに関する診断及び治療、臨床研究、診療に関する相談、技術者の研修並びに情報の収集及び提供を行うために機構に設置される施設をいう。）における業務の実施に関する計画とする。
法附則第二十条において読み替えて適用する独立行政法人通則法（以下この条及び次条において「附則準用通則法」という。）第五十条の六第一号に規定する離職前五年間に在職していた旧国立国際医療研究センター（法附則第十六条第一項の規定により解散した国立国際医療研究センターをいう。以下この条において同じ。）の内部組織として厚生労働省令で定めるものは、旧国立国際医療研究センターの理事長の直近下位の内部組織として厚生労働大臣が定めるもの（以下この条において「解散時内部組織」という。）であって、附則準用通則法第五十条の六第一号に規定する再就職者（離職後二年を経過した者を除く。以下この条において「再就職者」という。）が離職前五年間に在職していたものとする。
2法の施行の日の前日前に存していた解散時内部組織において当該再就職者が行っていた業務を、当該再就職者の離職後、他の解散時内部組織に在職する者が行っていた場合における前項の規定の適用については、当該他の解散時内部組織について、当該再就職者が離職前五年間に当該解散時内部組織に在職していたものとみなす。
3附則準用通則法第五十条の六第一号に規定する当該中期目標管理法人の内部組織として厚生労働省令で定めるものは、現に存する機構の理事長の直近下位の内部組織のうち、解散時内部組織が行っていた業務を行うものとして厚生労働大臣が定めるものとする。