研究所は、業務方法書で定めるところにより、第十五条第一項第二号の助成金の交付を受けた者であって、当該助成金に係る希少疾病用医薬品、希少疾病用医療機器若しくは希少疾病用再生医療等製品又は特定用途医薬品、特定用途医療機器若しくは特定用途再生医療等製品に関する試験研究を行った者又はその承継人（以下この条において「試験研究実施者等」という。）から、当該希少疾病用医薬品、希少疾病用医療機器若しくは希少疾病用再生医療等製品又は特定用途医薬品、特定用途医療機器若しくは特定用途再生医療等製品の利用により試験研究実施者等が得た収入又は利益の一部を同号に掲げる業務及びこれに附帯する業務に充てるための納付金として徴収することができる。
研究所は、第十五条及び附則第十四条第一項に規定する業務のほか、令和十八年三月三十一日までの間、次の業務を行う。
2研究所は、第十五条並びに附則第十四条第一項及び前項に規定する業務のほか、令和十三年三月三十一日までの間、次の業務を行う。
3前二項の規定による支援は、次条第一項又は附則第二十四条第一項の認定を受けた者について行うものとする。
4第一項及び第二項の業務に関する事項については、研究所に係る通則法における主務大臣は、厚生労働大臣とする。
5第一項及び第二項の業務は、第二十四条第一号の規定の適用については、第十五条に規定する業務とみなす。
施行日が独立行政法人日本医療研究開発機構法（平成二十六年法律第四十九号）附則第八条の規定の施行の日前である場合には、この法律のうち次の表の上欄に掲げる独立行政法人医薬基盤研究所法の改正規定中同表の中欄に掲げる字句は、それぞれ同表の下欄に掲げる字句とする。
2前項の場合において、独立行政法人日本医療研究開発機構法附則第八条（見出しを含む。）中「独立行政法人医薬基盤研究所法」とあるのは、「独立行政法人医薬基盤・健康・栄養研究所法」とし、同条のうち次の表の上欄に掲げる独立行政法人医薬基盤研究所法の改正規定中同表の中欄に掲げる字句は、同表の下欄に掲げる字句とする。