第三条
国土交通大臣は、一の水系に係る一又は二以上の一級河川につき、区間を限ってこれを特定都市河川として指定することができる。
2前項の規定により指定する河川の区間は、一級河川の連続する区間でなければならない。この場合において、二以上の一級河川を併せて指定するときは、そのうち一の一級河川の連続する区間が、他の一級河川の連続する区間と直接に又は他の一級河川の連続する区間を通じて間接に接続していなければならない。
3前二項の規定により国土交通大臣が特定都市河川を指定するときは、併せて、当該特定都市河川に係る特定都市河川流域を指定しなければならない。
4第一項及び第二項の規定により指定しようとする区間のすべてが河川法第九条第二項に規定する指定区間内にあるときは、第一項及び前項の規定にかかわらず、その特定都市河川及び特定都市河川流域の指定は、都道府県知事が行うものとする。
5都道府県知事は、一の水系に係る一又は二以上の河川法第五条第一項に規定する二級河川につき、区間を限ってこれを特定都市河川として指定することができる。この場合においては、第二項及び第三項の規定を準用する。
6前二項の場合において、指定しようとする特定都市河川流域が二以上の都府県にわたるときのこれらの規定の適用については、これらの規定中「都道府県知事」とあるのは、「都道府県知事（当該特定都市河川流域が二以上の都府県にわたる場合にあっては、都府県知事及び当該特定都市河川流域の区域の一部をその区域に含む他の都府県知事）」とする。
7第三項（第五項において準用する場合に限る。）及び前三項の規定により都道府県知事が特定都市河川及び特定都市河川流域の指定を行おうとするときは、あらかじめ、国土交通大臣に協議し、その同意を得なければならない。
8国土交通大臣は、第一項及び第三項の規定により特定都市河川及び特定都市河川流域の指定を行おうとするときは、あらかじめ、当該特定都市河川流域の区域の全部又は一部をその区域に含む都道府県及び市町村の長並びに当該特定都市河川流域に係る特定都市下水道の下水道管理者の意見を聴かなければならない。
9都道府県知事は、第三項（第五項において準用する場合に限る。）及び第四項から第六項までの規定により特定都市河川及び特定都市河川流域の指定を行おうとするときは、あらかじめ、当該特定都市河川流域の区域の全部又は一部をその区域に含む市町村の長及び当該特定都市河川流域に係る特定都市下水道の下水道管理者の意見を聴かなければならない。
10国土交通大臣又は都道府県知事は、第一項、第三項（第五項において準用する場合を含む。）及び第四項から第六項までの規定により特定都市河川及び特定都市河川流域の指定をするときは、国土交通省令で定めるところにより、これを公示しなければならない。
11前各項の規定は、特定都市河川又は特定都市河川流域の指定の変更又は解除について準用する。