副理事長は、理事長の定めるところにより、機構を代表し、理事長を補佐して機構の業務を掌理する。
2理事は、理事長の定めるところにより、理事長（副理事長が置かれているときは、理事長及び副理事長）を補佐して機構の業務を掌理する。
3通則法第十九条第二項の個別法で定める役員は、副理事長とする。ただし、副理事長が置かれていない場合であって理事が置かれているときは理事、副理事長及び理事が置かれていないときは監事とする。
4前項ただし書の場合において、通則法第十九条第二項の規定により理事長の職務を代理し又はその職務を行う監事は、その間、監事の職務を行ってはならない。
機構は、石炭経過勘定において、中期目標の期間の最後の事業年度に係る通則法第四十四条第一項又は第二項の規定による整理を行った後、経済産業大臣が、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額のうち、石炭経過業務に必要な資金に充てるべき金額を勘案して機構が国庫に納付すべき金額を定めたときは、政令で定めるところにより、当該金額を国庫に納付しなければならない。
2経済産業大臣は、前項の規定により金額を定めようとするときは、財務大臣に協議しなければならない。
3機構は、第一項の規定により納付金を納付したときは、次の各号に掲げる場合の区分に応じ当該各号に定める金額により、それぞれ資本金を減少するものとする。
4前三項に定めるもののほか、納付金の納付の手続その他積立金及び貸付金の償還金の処分に関し必要な事項は、政令で定める。
第三条の規定による改正後の機構法第十二条の規定（機構法第十一条第一項第九号に掲げる業務及び同条第三項の業務に係る部分に限る。）は、平成二十四年十月一日以後に行われる機構法第十一条第一項第九号に掲げる業務又は同条第三項の業務に係る経理の区分について適用し、同年九月三十日以前に行われる同条第一項第九号に掲げる業務又は同条第三項の業務に係る経理の区分については、なお従前の例による。