第三十八条
特定感染症指定医療機関の指定は、その開設者の同意を得て、当該病院の所在地を管轄する都道府県知事と協議した上、厚生労働大臣が行うものとする。
2第一種感染症指定医療機関、第二種感染症指定医療機関、第一種協定指定医療機関、第二種協定指定医療機関及び結核指定医療機関の指定は、厚生労働大臣の定める基準に適合する病院（第一種協定指定医療機関にあっては病院又は診療所、第二種協定指定医療機関及び結核指定医療機関にあっては病院若しくは診療所又は薬局）について、その開設者の同意を得て、都道府県知事が行うものとする。
3感染症指定医療機関は、厚生労働大臣の定めるところにより、前二条の規定により都道府県が費用を負担する感染症の患者及び新感染症の所見がある者の医療を担当しなければならない。
4特定感染症指定医療機関は、第三十七条第一項各号に掲げる医療のうち新感染症の所見がある者並びに一類感染症、二類感染症及び新型インフルエンザ等感染症の患者に係る医療について、厚生労働大臣が行う指導に従わなければならない。
5第一種感染症指定医療機関は、第三十七条第一項各号に掲げる医療のうち一類感染症、二類感染症及び新型インフルエンザ等感染症の患者に係る医療について、厚生労働省令で定めるところにより都道府県知事が行う指導に従わなければならない。
6第二種感染症指定医療機関は、第三十七条第一項各号に掲げる医療のうち二類感染症及び新型インフルエンザ等感染症の患者に係る医療について、厚生労働省令で定めるところにより都道府県知事が行う指導に従わなければならない。
7第一種協定指定医療機関は、第三十七条第一項各号に掲げる医療のうち新型インフルエンザ等感染症及び指定感染症の患者並びに新感染症の所見がある者に係る医療について、厚生労働省令で定めるところにより都道府県知事が行う指導に従わなければならない。
8第二種協定指定医療機関は、第四十四条の三の二第一項（第四十四条の九第一項の規定に基づく政令によって準用される場合を含む。）又は第五十条の三第一項の厚生労働省令で定める医療について、厚生労働省令で定めるところにより都道府県知事が行う指導に従わなければならない。
9結核指定医療機関は、前条第一項に規定する医療について、厚生労働省令で定めるところにより都道府県知事が行う指導に従わなければならない。
10感染症指定医療機関は、その指定を辞退しようとするときは、辞退の日の一年前（結核指定医療機関にあっては、三十日前）までに、特定感染症指定医療機関については厚生労働大臣に、第一種感染症指定医療機関、第二種感染症指定医療機関、第一種協定指定医療機関、第二種協定指定医療機関及び結核指定医療機関については都道府県知事にその旨を届け出なければならない。
11感染症指定医療機関が、第三項から第九項までの規定に違反したとき、その他前二条に規定する医療を行うについて不適当であると認められるに至ったときは、特定感染症指定医療機関については厚生労働大臣、第一種感染症指定医療機関、第二種感染症指定医療機関、第一種協定指定医療機関、第二種協定指定医療機関及び結核指定医療機関については都道府県知事は、その指定を取り消すことができる。