一類感染症の疑似症患者又は二類感染症のうち政令で定めるものの疑似症患者については、それぞれ一類感染症の患者又は二類感染症の患者とみなして、この法律の規定を適用する。
2新型インフルエンザ等感染症の疑似症患者であって当該感染症にかかっていると疑うに足りる正当な理由のあるものについては、新型インフルエンザ等感染症の患者とみなして、この法律の規定を適用する。
3一類感染症の無症状病原体保有者又は新型インフルエンザ等感染症の無症状病原体保有者については、それぞれ一類感染症の患者又は新型インフルエンザ等感染症の患者とみなして、この法律の規定を適用する。
都道府県知事は、当該地域において感染症指定医療機関が不足し、感染症のまん延の防止に著しい支障が生ずると認められる場合には、第三十八条第二項の規定にかかわらず、この法律の施行の際現に存する旧伝染病予防法第十七条に規定する伝染病院又は隔離病舎であって適当と認めるものを一回を限り第二種感染症指定医療機関に指定することができる。
2前項の規定による指定は、施行日から五年を経過したときは、その効力を失うものとする。
3市町村は、感染症指定医療機関が充足するまでの間、第一項の規定による都道府県知事の措置に協力しなければならない。
この法律の施行の際現に新感染症法第六条第二十項に規定する二種病原体等（以下「二種病原体等」という。）を所持している者は、この法律の施行の日から三十日を経過するまでの間（以下「猶予期間」という。）に新感染症法第五十六条の六第一項本文の許可の申請をしなかった場合にあっては猶予期間の経過後遅滞なく、猶予期間に申請した許可を拒否された場合にあってはその処分後遅滞なく、厚生労働省令で定めるところにより、その所持する二種病原体等の滅菌若しくは無害化（以下「滅菌等」という。）又は譲渡し（以下「滅菌譲渡」という。）をしなければならない。
2この法律の施行の際現に二種病原体等を所持している者は、次に掲げる期間は、新感染症法第五十六条の六第一項本文の許可を受けないで、その二種病原体等を所持することができる。その者の従業者がその職務上所持する場合及びその者から運搬又は滅菌等を委託された者（その従業者を含む。）がその委託に係る二種病原体等を当該運搬又は滅菌等のために所持する場合も、同様とする。
3前項の規定により二種病原体等を所持する者は、二種病原体等の保管、使用、運搬（船舶又は航空機による運搬を除く。以下同じ。）又は滅菌等をする場合においては、新感染症法第五十六条の二十五の技術上の基準に従って二種病原体等による感染症の発生の予防及びまん延の防止のために必要な措置を講じなければならない。
4厚生労働大臣は、二種病原体等の保管、使用、運搬又は滅菌等に関する措置が新感染症法第五十六条の二十五の技術上の基準に適合していないと認めるときは、第二項の規定により二種病原体等を所持する者に対し、二種病原体等による感染症の発生の予防及びまん延の防止のために必要な措置を命ずることができる。
5この法律の施行の際現に二種病原体等を所持している者は、新感染症法第五十六条の二十七の規定の適用については同条第一項の二種病原体等許可所持者と、新感染症法第五十六条の二十八、第五十六条の二十九及び第五十六条の三十七の規定の適用についてはこれらの規定の特定病原体等所持者とみなす。
6新感染症法第五十六条の二十二第二項及び第五十六条の三十六の規定は、この法律の施行の際二種病原体等を所持する者がその二種病原体等の滅菌譲渡をする場合について準用する。
厚生労働大臣は、この法律の施行の日（以下「施行日」という。）前においても、第三条改正後感染症法第九条の規定の例により、基本指針（感染症法第九条第一項に規定する基本指針をいう。次項において同じ。）を変更することができる。
2前項の規定により変更された基本指針は、施行日において第三条改正後感染症法第九条第三項の規定により変更されたものとみなす。