行政庁は、法第十一条の三第一項（法第九十二条第一項において準用する場合を含む。以下この条において同じ。）の認可（法第十一条の三第一項の変更の認可を含む。以下この条において同じ。）の申請に係る資源管理規程の内容が次の各号のいずれにも該当するときは、同項の認可をするものとする。
2行政庁は、資源管理規程の内容が前項各号に掲げる要件に該当しないものと認められるに至った場合には、法第十一条の三第一項の認可を取り消すことができる。
3法第十一条第一項第一号の事業を行う漁業協同組合又は法第八十七条第一項第一号の事業を行う漁業協同組合連合会は、法第十一条の三第一項の認可を受けた資源管理規程を廃止したときは、遅滞なく、その旨を行政庁に届け出なければならない。
4前三項に定めるもののほか、資源管理規程に関し必要な事項は、農林水産省令で定める。
平成十三年三月三十一日の属する事業年度の開始の時における貯金等合計額（新令第二条の三第一項第一号に規定する貯金等合計額をいう。以下同じ。）が五十億円以上千億円未満であり、かつ、当該事業年度の次の事業年度の開始の時における貯金等合計額が五十億円を下回ることとなった漁業協同組合又は水産加工業協同組合（以下「組合」と総称する。）については、新令第六条の二第二項の規定は、当該次の事業年度の終了後最初に招集される通常総会の終了の時までは、適用しない。
2新令第六条の二第三項の規定は、組合の平成十三年三月三十一日の属する事業年度の開始の時における貯金等合計額が五十億円以上千億円未満であり、かつ、当該組合の当該事業年度の次の事業年度の開始の時における貯金等合計額が五十億円以上である場合について準用する。
水産業協同組合法等の一部を改正する法律附則第二条に規定する漁業協同組合又は水産加工業協同組合に対する第一条の規定による改正後の水産業協同組合法施行令（以下「新令」という。）第四条及び第六条の規定の適用については、平成十七年十二月三十一日までの間は、新令第四条第一項第二号及び第六条中「一億円」とあるのは、「二千万円」とする。
平成十六年三月三十一日の属する事業年度の開始の時における貯金等合計額（新令第五条第一項第一号に規定する貯金等合計額をいう。以下同じ。）が二百億円以上五百億円未満であり、かつ、当該事業年度の次の事業年度の開始の時における貯金等合計額が二百億円を下回ることとなった漁業協同組合又は水産加工業協同組合（以下「組合」と総称する。）については、新令第十四条第二項の規定は、当該次の事業年度の終了後最初に招集される通常総会の終了の時までは、適用しない。
2新令第十四条第三項の規定は、組合の平成十六年三月三十一日の属する事業年度の開始の時における貯金等合計額が二百億円以上五百億円未満であり、かつ、当該組合の当該事業年度の次の事業年度の開始の時における貯金等合計額が二百億円以上である場合について準用する。
平成十七年三月三十一日の属する事業年度の開始の時における貯金等合計額（新令第五条第一項第一号に規定する貯金等合計額をいう。以下同じ。）が二百億円以上五百億円未満であり、かつ、当該事業年度の次の事業年度の開始の時における貯金等合計額が二百億円を下回ることとなった漁業協同組合又は水産加工業協同組合（以下「組合」と総称する。）については、新令第十三条第二項の規定は、当該次の事業年度の終了後最初に招集される通常総会の終了の時までは、適用しない。
2新令第十三条第三項本文の規定は、組合の平成十七年三月三十一日の属する事業年度の開始の時における貯金等合計額が二百億円以上五百億円未満であり、かつ、当該組合の当該事業年度の次の事業年度の開始の時における貯金等合計額が二百億円以上である場合について準用する。
新令第十三条第一項第一号に掲げる漁業協同組合等については、施行日から施行日前に開始した事業年度の終了後最初に招集される通常総会の終了の時までは、当該漁業協同組合等を同項第二号に掲げる漁業協同組合等とみなして、同条の規定を適用する。
2平成十九年四月一日における貯金等合計額が二百億円に達していた漁業協同組合等の平成二十年四月一日に開始する事業年度についての新令第十三条第二項の規定の適用については、同項中「新たに同項各号に定める基準に達しないこととなった場合」とあるのは、「同項各号に定める基準に達していない場合」とする。
3平成十九年四月一日における貯金等合計額が二百億円に達していなかった漁業協同組合等の平成二十年四月一日に開始する事業年度についての新令第十三条第三項の規定の適用については、同項中「新たに同項各号に定める基準に達することとなった場合（合併により設立された漁業協同組合等に係る当該合併による設立の日の属する事業年度については、当該事業年度の開始の時において同項各号に定める基準に達している場合）」とあるのは、「同項各号に定める基準に達している場合」とする。
4この政令の施行の際旧令第十三条第二項の規定の適用を受けている漁業協同組合等については、施行日から同項に規定する事業年度の終了後最初に招集される通常総会の終了の時までは、当該漁業協同組合等は、新令第十三条第一項に定める基準に達しているものとみなす。
5この政令の施行の際旧令第十三条第三項の規定の適用を受けている漁業協同組合等については、施行日から同項に規定する事業年度の開始後最初に招集される通常総会の終了の時までは、当該漁業協同組合等は、新令第十三条第一項に定める基準に達していないものとみなす。ただし、当該漁業協同組合等について前項の規定の適用がある場合は、この限りでない。
法の施行の日前に商工組合中央金庫が発行した短期商工債についての水産業協同組合法施行令の規定の適用については、当該短期商工債を同令第二十二条第二項第五号に掲げる債券とみなす。